frendp - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

frend.pl -- Render a Bio::Graphics Feature File di web

RINGKASAN

http://your.host.com/cgi-bin/frend.pl

DESKRIPSI

Skrip frend.pl adalah ujung depan tipis di sekitar modul Bio::Graphics. Ia menerima
daftar file yang berisi urutan (protein, nukleotida) koordinat fitur dari
file yang terdaftar pada baris perintah atau pada input standar, merendernya, dan menghasilkan PNG
file pada keluaran standar.

INSTALASI

Salin skrip ini ke direktori cgi-bin situs web Anda. Beri nama apa pun yang Anda inginkan.

Fitur File dibentuk

Skrip ini menerima dan memproses anotasi urutan dalam format tab-delimited sederhana atau
dalam format GFF.

Format file fitur memiliki bagian konfigurasi dan bagian data. Konfigurasi
bagian mengatur ukuran dan properti keseluruhan gambar, dan bagian data memberikan
data fitur itu sendiri.

konfigurasi Bagian
Jika tidak disediakan, skrip ini menghasilkan bagian konfigurasi default yang masuk akal untuk
Anda, jadi Anda tidak perlu menyediakan bagian konfigurasi untuk mendapatkan gambar yang wajar.
Namun, untuk menyempurnakan tampilan gambar, Anda mungkin ingin mengubah
konfigurasi. Berikut adalah kutipan dari bagian konfigurasi:

#contoh file
[umum]
basis = -1000..21000
tinggi = 12

[EST]
mesin terbang = segmen
bgcolor = kuning
konektor = padat
tinggi = 5

[FGEN]
mesin terbang = transkrip2
bgwarna = hijau
deskripsi = 1

Bagian konfigurasi dibagi menjadi satu set bagian, masing-masing diberi label dengan a
[judul bagian]. Bagian [umum] menentukan opsi global untuk seluruh gambar.
Bagian lain berlaku untuk jenis fitur tertentu. Pada contoh di atas, konfigurasi
di bagian [EST] berlaku untuk fitur berlabel EST, sedangkan konfigurasi di
Bagian [FGENES] berlaku untuk fitur yang dilabeli sebagai prediksi dari gen FGENES
program prediksi.

Di dalam setiap bagian adalah serangkaian pasangan nama=nilai, di mana nama adalah nama dari sebuah
pilihan untuk mengatur. Anda dapat meletakkan spasi di sekitar tanda = untuk membuatnya lebih mudah dibaca, atau bahkan
gunakan titik dua (:) jika Anda mau. Nama opsi berikut dikenali:

Contoh Nilai Opsi
------ ------------

basis Min & maks rentang urutan (bp) 1200..60000
lebar lebar gambar (piksel) 600
tinggi Tinggi setiap elemen grafis (piksel) 10
Glyph Style setiap elemen grafis (lihat di bawah) transkrip
fgcolor Warna latar depan setiap elemen kuning
bgcolor Warna latar belakang setiap elemen biru
lebar garis Lebar garis 3
label Cetak nama fitur 1
deskripsi Apakah akan mencetak deskripsi fitur 0
bump Elemen tidak diperbolehkan bertabrakan 1
kutu Cetak tanda centang pada panah 1
konektor Jenis konektor grup (putus-putus, topi atau padat) putus-putus

Opsi "dasar" dan "lebar" hanya relevan di bagian [umum]. Mereka
ditimpa oleh opsi baris perintah yang bernama sama.

Sisa opsi dapat ditemukan di bagian mana pun, tetapi jika ada di
Bagian [umum] akan mengatur default untuk yang lain.

Warna adalah nama warna bahasa Inggris atau warna #RRGGBB gaya Web (lihat buku tentang HTML
untuk penjelasan). Nilai benar/salah adalah 1 untuk benar, dan 0 untuk salah. Rentang numerik bisa
diekspresikan dalam mode start..end dengan dua titik, atau sebagai awal-akhir dengan tanda hubung.

Opsi "mesin terbang" mengontrol bagaimana fitur dirender. Glyph berikut adalah
dilaksanakan:

Deskripsi Nama
---- -----------

kotak Sebuah persegi panjang penuh, nondirectional.
elips Sebuah oval.
panah Sebuah panah; bisa searah atau
dua arah. Itu juga mampu menampilkan
skala dengan tanda centang mayor dan minor, dan dapat
berorientasi horizontal atau vertikal.
segmen Sekumpulan persegi panjang yang diisi dihubungkan oleh solid
garis. Digunakan untuk fitur yang terputus, seperti
keberpihakan gapped dan kelompok ekson.
transkrip Mirip dengan segmen, tetapi garis penghubungnya adalah
bentuk "topi", dan arah
transkripsi ditunjukkan oleh panah kecil.
transkrip2 Mirip dengan transkrip, tetapi arahnya
transkripsi ditunjukkan oleh segmen terminal
dalam bentuk anak panah.
primers Dua panah menunjuk ke dalam dihubungkan oleh sebuah garis. Digunakan untuk STS.

Opsi bump adalah opsi terpenting untuk mengontrol tampilan gambar. Jika diatur
menjadi false (angka 0), maka fitur-fitur tersebut diperbolehkan untuk overlap. Jika disetel ke true (
nomor 1), maka fitur akan bergerak secara vertikal untuk menghindari bertabrakan. Jika tidak ditentukan,
bump diaktifkan jika jumlah fitur urutan jenis apa pun lebih besar dari 50.

Data Bagian
Bagian data dapat mengikuti atau melanjutkan bagian konfigurasi. Kedua bagian dapat
juga bercampur. Bagian data adalah tab atau file yang dibatasi spasi yang dapat Anda
ekspor dari aplikasi spreadsheet atau file pengolah kata (pastikan untuk menyimpan sebagai teks
hanya!)

Berikut adalah contoh bagian data:

kosmid B0511 . 516-619 Kosmid B0511 . 3185-3294 Kosmid
B0511 . 10946-11208 Kosmid B0511 . 13126-13511 Kosmid
B0511 . 66-208 Kosmid B0511 . 6354-6499 Cosmid B0511
. 13955-14115 EST yk595e6.5 + 3187-3294 EST yk846e07.3 -
11015-11208 EST yk53c10
yk53c10.5+18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800 EST yk53c10.5 +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 Ikan Swedia FGENESH "Gene
1" - 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 Domain transmembran
FGENESH "Gen 2" - 16626-17396,17451-17597 Kinase dan domain sushi

Setiap baris file berisi lima kolom. Kolom-kolom tersebut adalah:

Kolom # Deskripsi
-------------------

1 jenis fitur
2 nama fitur
Untai 3
4 koordinat
5 deskripsi

Jenis fitur
Jenis fitur harus sesuai dengan salah satu judul [jenis fitur] di
bagian konfigurasi. Jika tidak, opsi [umum] akan diterapkan ke
fitur saat merendernya. Nama fitur adalah nama untuk fitur tersebut. Gunakan "." atau
"-" jika ini tidak relevan. Jika namanya mengandung spasi, tulis satu atau dua kali
tanda kutip ("") di sekitar nama.

Untai
Untai menunjukkan untai mana fitur tersebut berada. Ini adalah salah satu "+" untuk forward
untai, "-" untuk untai terbalik, atau "." untuk fitur yang tidak terdampar.

Koordinat
Kolom koordinat adalah kumpulan satu atau lebih rentang yang ditempati fitur.
Rentang ditulis menggunakan ".." seperti pada start..stop, atau dengan tanda hubung, seperti pada start-stop.
Untuk fitur yang terdiri dari beberapa rentang &em; misalnya transkrip yang
memiliki banyak ekson &em; Anda dapat menempatkan rentang pada baris yang sama dipisahkan oleh
koma atau spasi, atau letakkan rentang pada baris individual dan cukup gunakan fitur yang sama
beri nama dan ketik untuk mengelompokkannya. Pada contoh di atas, fitur Cosmid B0511 menggunakan
gaya garis individual, sedangkan fitur FGENESH menggunakan all-ranges-on-one-line
gaya.

Deskripsi Produk
Kolom terakhir berisi beberapa teks deskriptif. Jika opsi deskripsi diatur ke
benar, teks ini akan dicetak di bawah fitur dalam rendering.

Akhirnya, dimungkinkan untuk mengelompokkan fitur terkait bersama-sama. Contohnya adalah EST
yk53c10.5 dan yk53c10.3, yang terkait dengan dibaca dari kedua ujung klon
yk53c10. Untuk menunjukkan hubungan ini, buat bagian yang terlihat seperti ini:

EST yk53c10
yk53c10.5+18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

Grup ditunjukkan oleh garis yang hanya berisi dua kolom yang berisi fitur
ketik dan nama unik untuk grup. Ikuti baris ini dengan semua fitur yang membentuk
grup, tetapi biarkan kolom pertama (tipe fitur) kosong. Grup akan dirender oleh
menggambar garis putus-putus di antara semua anggota kelompok. Anda dapat mengubah ini dengan
menentukan opsi konektor yang berbeda di bagian konfigurasi untuk fitur ini
mengetik.

Gunakan frendp online menggunakan layanan onworks.net