Ini adalah perintah gmx-check yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
gmx-check - Periksa dan bandingkan file
RINGKASAN
cek gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-f2 [<.xtc/.trr/...>]] [-S1 [<.tpr>]]
[-S2 [<.tpr>]] [-c [<.tpr/.gro/...>]] [-e [<.edr>]]
[-e2 [<.edr>]] [-n [<.ndx>]] [-m [<.tex>]] [-vdwfac ]
[-bonlo ] [-bonhi ] [-[tidak]rmsd] [-to ]
[-abstol ] [-[tidak]ab] [-pengelas ]
DESKRIPSI
gmx memeriksa membaca lintasan (.tng, .trr or .xtc), file energi (.edr) atau file indeks
(.ndx) dan mencetak informasi yang berguna tentang mereka.
pilihan -c memeriksa keberadaan koordinat, kecepatan dan kotak dalam file, untuk dekat
kontak (lebih kecil dari -vdwfac dan tidak terikat, yaitu tidak antara -bonlo dan -bonhi, semua
relatif terhadap jumlah jari-jari Van der Waals) dan atom di luar kotak (ini mungkin
sering terjadi dan tidak ada masalah). Jika ada kecepatan, perkiraan suhu akan
dihitung dari mereka.
Jika file indeks, diberikan isinya akan diringkas.
Jika lintasan dan a .tpr file yang diberikan (dengan -S1) program akan memeriksa apakah
panjang ikatan yang ditentukan dalam file tpr memang benar dalam lintasan. Jika bukan kamu
mungkin memiliki file yang tidak cocok karena misalnya deshuffle atau karena masalah dengan situs virtual.
Dengan bendera-bendera ini, gmx memeriksa menyediakan pemeriksaan cepat untuk masalah seperti itu.
Program dapat membandingkan dua input run (.tpr) file ketika keduanya -S1 dan -S2 disediakan.
Demikian pula sepasang file lintasan dapat dibandingkan (menggunakan -f2 pilihan), atau sepasang
file energi (menggunakan -e2 pilihan).
Untuk simulasi energi bebas, topologi keadaan A dan B dari satu file input yang dijalankan dapat:
dibandingkan dengan pilihan -S1 dan -ab.
Dalam kasus -m flag diberikan file LaTeX akan ditulis terdiri dari garis besar kasar
untuk bagian metode untuk makalah.
PILIHAN
Opsi untuk menentukan file input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opsional)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-f2 [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opsional)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-S1 [<.tpr>] (atas1.tpr) (Opsional)
File input jalankan xdr portabel
-S2 [<.tpr>] (atas2.tpr) (Opsional)
File input jalankan xdr portabel
-c [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opsional)
Struktur + massa (db): tpr gro g96 pdb baiklah
-e [<.edr>] (ener.edr) (Opsional)
file energi
-e2 [<.edr>] (ener2.edr) (Opsional)
file energi
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
File indeks
Opsi untuk menentukan file keluaran:
-m [<.tex>] (dok.tex) (Opsional)
File LaTeX
Pilihan lainnya:
-vdwfac (0.8)
Bagian dari jumlah jari-jari VdW yang digunakan sebagai batas peringatan
-bonlo (0.4)
min. pecahan. jumlah jari-jari VdW untuk atom-atom yang terikat
-bonhi (0.7)
Maks. pecahan. jumlah jari-jari VdW untuk atom-atom yang terikat
-[tidak]rmsd (tidak)
Cetak RMSD untuk x, v dan f
-to (0.001)
Toleransi relatif untuk membandingkan nilai riil yang didefinisikan sebagai 2*(ab)/(|a|+|b|)
-abstol (0.001)
Toleransi mutlak, berguna ketika jumlah mendekati nol.
-[tidak]ab (tidak)
Bandingkan topologi A dan B dari satu file
-pengelas
Istilah energi terakhir untuk membandingkan (jika tidak diberikan semua diuji). Masuk akal untuk naik
sampai Tekanan.
Gunakan gmx-check online menggunakan layanan onworks.net
