Ini adalah perintah gmx-confrms yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
gmx-confrms - Pasang dua struktur dan hitung RMSD
RINGKASAN
konfirmasi gmx [-f1 [<.tpr/.gro/...>]] [-f2 [<.gro/.g96/...>]]
[-n1 [<.ndx>]] [-n2 [<.ndx>]] [-o [<.gro/.g96/...>]]
[-tidak [<.ndx>]] [-[sekarang] [-[tidak]satu] [-[tidak]mw] [-[tidak]pbc]
[-[tidak]cocok] [-[tanpa nama] [-[tidak]label] [-[tidak]bfac]
DESKRIPSI
gmx konfirmasi menghitung deviasi kuadrat rata-rata akar (RMSD) dari dua struktur setelah
kuadrat terkecil yang sesuai dengan struktur kedua pada struktur pertama. Kedua struktur TIDAK
harus memiliki jumlah atom yang sama, hanya dua kelompok indeks yang digunakan untuk kesesuaian yang perlu
menjadi identik. Dengan -nama hanya nama atom yang cocok dari grup yang dipilih yang akan digunakan
untuk perhitungan fit dan RMSD. Ini dapat berguna ketika membandingkan mutan dari suatu protein.
Struktur yang ditumpangkan ditulis ke file. Di sebuah .pdb file dua struktur akan
ditulis sebagai model terpisah (gunakan rasmol -nmrpdb). Juga di .pdb file, faktor-B dihitung
dari nilai MSD atom dapat ditulis dengan -bfac.
PILIHAN
Opsi untuk menentukan file input:
-f1 [<.tpr/.gro/...>] (conf1.gro)
Struktur + massa (db): tpr gro g96 pdb baiklah
-f2 [<.gro/.g96/...>] (conf2.gro)
File struktur: gro g96 pdb tapi khususnya tpr
-n1 [<.ndx>] (fit1.ndx) (Opsional)
File indeks
-n2 [<.ndx>] (fit2.ndx) (Opsional)
File indeks
Opsi untuk menentukan file keluaran:
-o [<.gro/.g96/...>] (cocok.pdb)
File struktur: gro g96 pdb tapi khususnya
-tidak [<.ndx>] (pertandingan.ndx) (Opsional)
File indeks
Pilihan lainnya:
-[sekarang (tidak)
Lihat keluaran .xvg, .xpm, .eps dan .pdb arsip
-[tidak]satu (tidak)
Hanya tulis struktur yang pas ke file
-[tidak]mw (Iya)
Pemasangan berbobot massal dan RMSD
-[tidak]pbc (tidak)
Cobalah untuk membuat molekul utuh kembali
-[tidak]cocok (Iya)
Lakukan superposisi kuadrat terkecil dari struktur target ke referensi
-[tanpa nama (tidak)
Hanya bandingkan nama atom yang cocok
-[tidak]label (tidak)
Menambahkan label rantai A untuk struktur pertama dan B untuk struktur kedua
-[tidak]bfac (tidak)
Keluarkan faktor-B dari nilai MSD atomik
Gunakan gmx-confrms online menggunakan layanan onworks.net
