gmx-convert-tpr - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-convert-tpr - Membuat file run-input yang dimodifikasi

RINGKASAN

gmx konversi-tpr [-s [<.tpr>]] [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.edr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr>]] [-memperpanjang ]
[-sampai ] [-nlangkah ] [-waktu ]
[-[tidak]nolq] [-[novel] [-[tidak]lanjutan]
[-init_fep_state ]

DESKRIPSI

gmx konversi-tpr dapat mengedit file input run dalam empat cara.

1. dengan memodifikasi jumlah langkah dalam menjalankan file input dengan opsi -memperpanjang, -sampai or
-nlangkah (nsteps=-1 berarti jumlah langkah tidak terbatas)

2. (OBSOLETE) dengan membuat file input run untuk kelanjutan run ketika simulasi Anda telah
crash karena misalnya disk penuh, atau dengan membuat file input menjalankan kelanjutan. Pilihan ini
sudah usang, karena mdrun sekarang menulis dan membaca file pos pemeriksaan. Note bahwa bingkai dengan
koordinat dan kecepatan yang diperlukan. Saat tekanan dan/atau suhu Nose-Hoover
kopling digunakan file energi dapat dipasok untuk mendapatkan kelanjutan yang tepat dari
lari asli.

3. dengan membuat file .tpx untuk subset dari file tpx asli Anda, yang berguna ketika
Anda ingin menghapus pelarut dari file .tpx Anda, atau ketika Anda ingin membuat misalnya murni
File Calpha .tpx. Perhatikan bahwa Anda mungkin perlu menggunakan -nlangkah -1 (atau serupa) untuk mendapatkan ini
kerja. PERINGATAN: ini .tpx fillet is tidak sepenuhnya fungsionil.

4. dengan menetapkan biaya kelompok tertentu ke nol. Ini berguna saat melakukan gratis
estimasi energi menggunakan metode LIE (Linear Interaction Energy).

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
File input jalankan xdr portabel

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr) (Opsional)
Lintasan presisi penuh: tr cpt tng

-e [<.edr>] (ener.edr) (Opsional)
file energi

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
File indeks

Opsi untuk menentukan file keluaran:

-o [<.tpr>] (tprout.tpr)
File input jalankan xdr portabel

Pilihan lainnya:

-memperpanjang (0)
Perpanjang waktu proses dengan jumlah ini (ps)

-sampai (0)
Perpanjang waktu proses hingga waktu berakhir ini (ps)

-nlangkah (0)
Ubah jumlah langkah

-waktu (-1)
Lanjutkan dari bingkai saat ini (ps) alih-alih bingkai terakhir

-[tidak]nolq (tidak)
Tetapkan muatan grup (dari indeks) ke nol

-[novel (Iya)
Membutuhkan kecepatan dari lintasan

-[tidak]lanjutan (Iya)
Untuk kelanjutan yang tepat, batasan tidak boleh diterapkan sebelum langkah pertama

-init_fep_state (0)
status fep untuk diinisialisasi dari

Gunakan gmx-convert-tpr online menggunakan layanan onworks.net