gmx-covar - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-covar - Menghitung dan mendiagonalisasi matriks kovarians

RINGKASAN

gmx kovar [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-dari [<.gro/.g96/...>]] [-l [<.log>]] [-ascii [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-Anda ] [-xvg ] [-[tidak]cocok]
[-[tidak]ref] [-[tidak]mwa] [-terakhir ] [-[tidak]pbc]

DESKRIPSI

gmx kovar menghitung dan mendiagonalisasi matriks kovarians (berbobot massa). Semua
struktur dipasang ke struktur dalam file struktur. Ketika ini bukan lari
periodisitas file input tidak akan diperhitungkan. Ketika kelompok fit dan analisis
identik dan analisisnya tidak berbobot massa, kecocokannya juga tidak
berbobot massa.

Vektor eigen ditulis ke file lintasan (-v). Ketika atom yang sama digunakan untuk
analisis fit dan kovarians, struktur referensi untuk fit ditulis terlebih dahulu
dengan t=-1. Rata-rata (atau referensi ketika -ref digunakan) struktur ditulis dengan t=0,
eigenvectors ditulis sebagai frame dengan nomor eigenvector sebagai timestamp.

Vektor eigen dapat dianalisis dengan gmx anaeig.

pilihan -ascii menulis seluruh matriks kovarians ke file ASCII. Urutan dari
elemennya adalah: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...

pilihan -xpm menulis seluruh matriks kovarians ke an .xpm file.

pilihan -xpma menulis matriks kovarians atom ke .xpm file, yaitu untuk setiap pasangan atom
jumlah kovarians xx, yy dan zz ditulis.

Perhatikan bahwa diagonalisasi matriks membutuhkan memori dan waktu yang akan meningkat pada
setidaknya secepat kuadrat dari jumlah atom yang terlibat. Sangat mudah untuk kehabisan
memori, dalam hal ini alat ini mungkin akan keluar dengan 'Kesalahan segmentasi'. Anda harus
pertimbangkan baik-baik apakah set atom yang dikurangi akan memenuhi kebutuhan Anda dengan biaya yang lebih rendah.

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur + massa (db): tpr gro g96 pdb baiklah

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
File indeks

Opsi untuk menentukan file keluaran:

-o [<.xvg>] (eigenval.xvg)
file xvgr/xmgr

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Lintasan presisi penuh: tr cpt tng

-dari [<.gro/.g96/...>] (rata-rata.pdb)
File struktur: gro g96 pdb tapi khususnya

-l [<.log>] (covar.log)
File log

-ascii [<.dat>] (covar.dat) (Opsional)
File data umum

-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (Opsional)
File matriks yang kompatibel dengan X PixMap

-xpma [<.xpm>] (covara.xpm) (Opsional)
File matriks yang kompatibel dengan X PixMap

Pilihan lainnya:

-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan

-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan

-dt (0)
Gunakan frame hanya saat t MOD dt = pertama kali (ps)

-Anda (ps)
Satuan untuk nilai waktu: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tidak ada

-[tidak]cocok (Iya)
Sesuai dengan struktur referensi

-[tidak]ref (tidak)
Gunakan penyimpangan dari konformasi dalam file struktur alih-alih dari
rata-rata

-[tidak]mwa (tidak)
Analisis kovarians berbobot massa

-terakhir (-1)
Vektor eigen terakhir untuk dihapus (-1 sampai yang terakhir)

-[tidak]pbc (Iya)
Terapkan koreksi untuk kondisi batas periodik

Gunakan gmx-covar online menggunakan layanan onworks.net