Ini adalah perintah gmx-dos yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
gmx-dos - Menganalisis kepadatan status dan properti berdasarkan itu
RINGKASAN
gmx lakukan [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-vacf [<.xvg>]] [-mvacf [<.xvg>]] [-dua [<.xvg>]]
[-g [<.log>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[sekarang]
[-xvg ] [-[tidak]v] [-[tidak]resep] [-[tidak]abs] [-[tidak]norma]
[-T ] [-toleransi ] [-acflen ] [-[tidak]menormalkan]
[-P ] [-fitfn ] [-mulai ]
[-akhir cocok ]
DESKRIPSI
gmx dos menghitung Density of States dari simulasi. Agar ini menjadi
berarti kecepatan harus disimpan dalam lintasan dengan frekuensi yang cukup tinggi
seperti untuk menutupi semua getaran. Untuk sistem fleksibel yang akan menjadi sekitar beberapa fs
antara menabung. Properti berdasarkan DoS dicetak pada output standar. Perhatikan bahwa
kepadatan negara dihitung dari autokorelasi massa-tertimbang, dan secara default
hanya dari kuadrat komponen nyata daripada nilai absolut. Ini berarti
bentuknya dapat berbeda secara substansial dari spektrum daya getaran biasa yang dapat Anda hitung
dengan gmx velacc.
PILIHAN
Opsi untuk menentukan file input:
-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Lintasan presisi penuh: tr cpt tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
File input jalankan xdr portabel
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
File indeks
Opsi untuk menentukan file keluaran:
-vacf [<.xvg>] (vacf.xvg)
file xvgr/xmgr
-mvacf [<.xvg>] (mvacf.xvg)
file xvgr/xmgr
-dua [<.xvg>] (dos.xvg)
file xvgr/xmgr
-g [<.log>] (dos.log)
File log
Pilihan lainnya:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan
-dt (0)
Gunakan frame hanya saat t MOD dt = pertama kali (ps)
-[sekarang (tidak)
Lihat keluaran .xvg, .xpm, .eps dan .pdb arsip
-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tidak ada
-[tidak]v (Iya)
Jadilah keras dan berisik.
-[tidak]resep (tidak)
Gunakan cm^-1 pada sumbu X alih-alih 1/ps untuk plot DoS.
-[tidak]abs (tidak)
Gunakan nilai absolut dari Transformasi Fourier dari VACF sebagai Densitas
Serikat. Defaultnya adalah menggunakan komponen asli saja
-[tidak]norma (tidak)
Normalisasikan DoS sehingga menambahkan hingga 3N. Ini biasanya tidak perlu.
-T (298.15)
Suhu dalam simulasi
-toleransi (1e-06)
[HIDDEN]Toleransi saat menghitung fluiditas menggunakan algoritma bagi dua
-acflen (-1)
Panjang ACF, defaultnya adalah setengah dari jumlah frame
-[tidak]menormalkan (Iya)
Normalisasikan ACF
-P (0)
Orde polinomial Legendre untuk ACF (0 menunjukkan tidak ada): 0, 1, 2, 3
-fitfn (Tidak ada)
Sesuaikan fungsi: tidak ada, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-mulai (0)
Waktu di mana untuk memulai kecocokan eksponensial dari fungsi korelasi
-akhir cocok (-1)
Waktu untuk mengakhiri kecocokan eksponensial dari fungsi korelasi, -1 adalah sampai
akhir
DIKETAHUI MASALAH
· Program ini membutuhkan banyak memori: penggunaan total sama dengan jumlah atom dikalikan 3 kali
jumlah frame kali 4 (atau 8 saat dijalankan dalam presisi ganda).
Gunakan gmx-dos online menggunakan layanan onworks.net
