gmx-energy - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-energy - Menulis energi ke file xvg dan menampilkan rata-rata

RINGKASAN

energi gmx [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[-biola [<.xvg>]] [-pasangan [<.xvg>]] [-ora [<.xvg>]]
[-ort [<.xvg>]] [-oda [<.xvg>]] [-odr [<.xvg>]]
[-odt [<.xvg>]] [-oten [<.xvg>]] [-kor [<.xvg>]]
[-lihat [<.xvg>]] [-ravg [<.xvg>]] [-odh [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[sekarang] [-xvg ] [-[tidak]biaya]
[-fetemp ] [-nol ] [-[tidak]jumlah] [-[tidak]dp]
[-nbmin ] [-nbmaks ] [-[tidak]mutot] [-melewati ]
[-[tidak]rata-rata] [-nmol ] [-[tidak]fluct_props]
[- [tidak] driftcorr] [-[tidak]fluk] [-[tidak]orinst] [-[tidak]ovec]
[-acflen ] [-[tidak]menormalkan] [-P ]
[-fitfn ] [-mulai ] [-akhir cocok ]

DESKRIPSI

gmx energi mengekstrak komponen energi atau data pembatasan jarak dari file energi. NS
pengguna diminta untuk secara interaktif memilih istilah energi yang diinginkan.

Rata-rata, RMSD, dan drift dihitung dengan presisi penuh dari simulasi (lihat
panduan tercetak). Drift dihitung dengan melakukan pencocokan kuadrat terkecil dari data ke a
garis lurus. Penyimpangan total yang dilaporkan adalah perbedaan kecocokan pada yang pertama dan terakhir
titik. Perkiraan kesalahan rata-rata diberikan berdasarkan rata-rata blok lebih dari 5 blok
menggunakan rata-rata presisi penuh. Estimasi kesalahan dapat dilakukan melalui beberapa blok
panjang dengan pilihan -nbmin dan -nbmaks. Note bahwa dalam banyak kasus file energi
berisi rata-rata untuk semua langkah MD, atau lebih banyak poin daripada jumlah bingkai di
berkas energi. Hal ini membuat gmx energi keluaran statistik lebih akurat daripada .xvg
keluaran. Ketika rata-rata yang tepat tidak ada dalam file energi, statistik disebutkan
di atas hanya di atas nilai energi per-frame tunggal.

Istilah fluktuasi memberikan RMSD di sekitar kuadrat terkecil yang cocok.

Beberapa sifat yang bergantung pada fluktuasi dapat dihitung dengan syarat energi yang benar
dipilih, dan bahwa opsi baris perintah -fluct_props diberikan. Pengikut
properti akan dihitung:

┌────────────────────────────────┬──────────────── ─────┐
Properti Diperlukan istilah energi
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
Kapasitas panas C_p (NPT sims): Entalpi, Temp
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
Kapasitas panas C_v (NVT sims): Etot, Temp
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
Koefisien ekspansi termal. (NPT): Entalpi, Vol, Temp
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
Kompresibilitas isotermal: Vol, Temp
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
Modulus curah adiabatik: Vol, Temp
└────────────────────────────────┴──────────────── ─────┘

Anda selalu perlu mengatur jumlah molekul -nmol. Perhitungan C_p/C_v melakukan tidak
termasuk koreksi untuk efek kuantum. Menggunakan gmx dos program jika Anda membutuhkannya (dan
Anda lakukan).

Ketika -biola opsi diatur, pelanggaran waktu rata-rata diplot dan berjalan
jumlah pelanggaran rata-rata waktu dan seketika dihitung ulang. Selain itu berjalan
jarak rata-rata waktu dan sesaat antara pasangan yang dipilih dapat diplot dengan
-pasangan .

Opsi -ora, -ort, -oda, -odr dan -odt digunakan untuk menganalisis data pengekangan orientasi.
Dua opsi pertama memplot orientasi, tiga terakhir penyimpangan dari
orientasi dari nilai-nilai eksperimental. Opsi yang diakhiri dengan plot 'a'
rata-rata dari waktu ke waktu sebagai fungsi pengekangan. Opsi yang diakhiri dengan 't' meminta
pengguna untuk nomor label pembatasan dan plot data sebagai fungsi waktu. Pilihan -odr
memplot deviasi RMS sebagai fungsi pengekangan. Saat lari menggunakan waktu atau ansambel
pengekangan orientasi rata-rata, opsi -orinst dapat digunakan untuk menganalisis sesaat,
bukan orientasi dan penyimpangan rata-rata ansambel alih-alih waktu dan ansambel
rata-rata.

pilihan -oten memplot nilai eigen dari tensor orde molekul untuk setiap orientasi
percobaan pengekangan. Dengan pilihan -ovec juga vektor eigen diplot.

pilihan -odh mengekstrak dan memplot data energi bebas (perbedaan Hamilton dan/atau
turunan Hamiltonian dhdl) dari energi.edr file.

Dengan -biaya perkiraan dihitung untuk perbedaan energi bebas dengan gas ideal
negara:

Delta A = A(N,V,T) - A_gas ideal(N,V,T) = kT ln( )
Delta G = G(N,p,T) - G_gas ideal(N,p,T) = kT ln( )

di mana k adalah konstanta Boltzmann, T ditentukan oleh -fetemp dan rata-rata melebihi ansambel
(atau waktu dalam lintasan). Perhatikan bahwa ini pada prinsipnya hanya benar ketika rata-rata
atas keseluruhan (Boltzmann) ansambel dan menggunakan energi potensial. Ini juga memungkinkan untuk
perkiraan entropi menggunakan:

Delta S(N,V,T) = S(N,V,T) - S_gas ideal(N,V,T) = ( - Delta A)/T
Delta S(N,p,T) = S(N,p,T) - S_gas ideal(N,p,T) = ( + pV - Delta G)/T

Ketika file energi kedua ditentukan (-f2), perbedaan energi bebas dihitung:

dF = -kT ln( _A) ,

di mana E_A dan E_B adalah energi dari file energi pertama dan kedua, dan rata-rata
melebihi ansambel A. Rata-rata berjalan dari perbedaan energi bebas dicetak ke a
file yang ditentukan oleh -ravg. Note bahwa energi keduanya harus dihitung dari yang sama
lintasan.

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-f [<.edr>] (ener.edr)
file energi

-f2 [<.edr>] (ener.edr) (Opsional)
file energi

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (Opsional)
File input jalankan xdr portabel

Opsi untuk menentukan file keluaran:

-o [<.xvg>] (energi.xvg)
file xvgr/xmgr

-biola [<.xvg>] (violaver.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-pasangan [<.xvg>] (pasangan.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-ora [<.xvg>] (orienta.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-ort [<.xvg>] (orient.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-oda [<.xvg>] (orideva.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-odr [<.xvg>] (oridevr.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-odt [<.xvg>] (oridevt.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-oten [<.xvg>] (oriten.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-kor [<.xvg>] (enecorr.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-lihat [<.xvg>] (visco.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-ravg [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-odh [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

Pilihan lainnya:

-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan

-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan

-[sekarang (tidak)
Lihat keluaran .xvg, .xpm, .eps dan .pdb arsip

-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tidak ada

-[tidak]biaya (tidak)
Lakukan perkiraan energi gratis

-fetemp (300)
Suhu referensi untuk perhitungan energi bebas

-nol (0)
Kurangi energi titik nol

-[tidak]jumlah (tidak)
Jumlahkan istilah energi yang dipilih daripada tampilkan semuanya

-[tidak]dp (tidak)
Mencetak energi dengan presisi tinggi

-nbmin (5)
Jumlah minimum blok untuk estimasi kesalahan

-nbmaks (5)
Jumlah maksimum blok untuk estimasi kesalahan

-[tidak]mutot (tidak)
Hitung momen dipol total dari komponen

-melewati (0)
Lewati jumlah bingkai di antara titik data

-[tidak]rata-rata (tidak)
Juga cetak rata-rata yang tepat dan rmsd yang disimpan dalam bingkai energi (hanya ketika 1 istilah
Diminta)

-nmol (1)
Jumlah molekul dalam sampel Anda: energi dibagi dengan angka ini

-[tidak]fluct_props (tidak)
Hitung properti berdasarkan fluktuasi energi, seperti kapasitas panas

- [tidak] driftcorr (tidak)
Berguna hanya untuk perhitungan properti fluktuasi. Pergeseran di
yang dapat diamati akan dikurangi sebelum menghitung properti fluktuasi.

-[tidak]fluk (tidak)
Hitung autokorelasi fluktuasi energi daripada energi itu sendiri

-[tidak]orinst (tidak)
Analisis data orientasi sesaat

-[tidak]ovec (tidak)
Juga plot vektor eigen dengan -oten

-acflen (-1)
Panjang ACF, defaultnya adalah setengah dari jumlah frame

-[tidak]menormalkan (Iya)
Normalisasikan ACF

-P (0)
Orde polinomial Legendre untuk ACF (0 menunjukkan tidak ada): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Tidak ada)
Sesuaikan fungsi: tidak ada, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-mulai (0)
Waktu di mana untuk memulai kecocokan eksponensial dari fungsi korelasi

-akhir cocok (-1)
Waktu untuk mengakhiri kecocokan eksponensial dari fungsi korelasi, -1 adalah sampai
akhir

Gunakan gmx-energy online menggunakan layanan onworks.net