gmx-h2order - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-h2order - Hitung orientasi molekul air

RINGKASAN

gmx h2pesanan [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-nm [<.ndx>]]
[-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[sekarang] [-xvg ] [-d ]
[-sl ]

DESKRIPSI

gmx pesanan h2 menghitung orientasi molekul air sehubungan dengan normal dari
kotak. Program menentukan cosinus rata-rata dari sudut antara momen dipol
air dan sumbu kotak. Kotak dibagi dalam irisan dan orientasi rata-rata per
irisan dicetak. Setiap molekul air ditugaskan ke irisan, per kerangka waktu, berdasarkan:
posisi oksigen. Kapan -nm digunakan, sudut antara dipol air dan
sumbu dari pusat massa ke oksigen dihitung bukan sudut antara
dipol dan sumbu kotak.

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (indeks.ndx)
File indeks

-nm [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
File indeks

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
File input jalankan xdr portabel

Opsi untuk menentukan file keluaran:

-o [<.xvg>] (pesanan.xvg)
file xvgr/xmgr

Pilihan lainnya:

-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan

-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan

-dt (0)
Gunakan frame hanya saat t MOD dt = pertama kali (ps)

-[sekarang (tidak)
Lihat keluaran .xvg, .xpm, .eps dan .pdb arsip

-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tidak ada

-d (Z)
Ambil garis normal pada membran dalam arah X, Y atau Z.

-sl (0)
Hitung parameter pesanan sebagai fungsi panjang kotak, bagi kotak dalam angka ini
dari irisan.

DIKETAHUI MASALAH

· Program ini memberikan molekul air utuh ke irisan, berdasarkan atom pertama dari tiga
dalam grup file indeks. Diasumsikan orde O,H,H. Nama tidak penting, tapi urutannya
adalah. Jika permintaan ini tidak terpenuhi, menugaskan molekul ke irisan berbeda.

Gunakan gmx-h2order online menggunakan layanan onworks.net