gmx-helix - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-helix - Hitung sifat dasar heliks alfa

RINGKASAN

gmx heliks [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-cz [<.gro/.g96/...>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[sekarang] [-r0 ] [-[tidak]q] [-[tidak]F]
[-[tidak]db] [-[tidak]ev] [-ahxmulai ] [-ahxend ]

DESKRIPSI

gmx spiral menghitung semua jenis properti heliks. Pertama, peptida diperiksa untuk menemukan
bagian heliks terpanjang, sebagaimana ditentukan oleh ikatan hidrogen dan sudut phi/psi. Sedikit itu adalah
dipasang ke heliks ideal di sekitar z-sumbu dan berpusat di sekitar titik asal. Kemudian
properti berikut dihitung:

· Jari-jari heliks (file radius.xvg). Ini hanyalah penyimpangan RMS dalam dua dimensi
untuk semua atom Calpha. itu dihitung sebagai kuadrat((sum_i (x^2(i)+y^2(i)))/N) di mana N adalah
jumlah atom tulang punggung. Untuk heliks ideal jari-jarinya adalah 0.23 nm.

· Putar (file memutar.xvg). Sudut heliks rata-rata per residu dihitung. Untuk sebuah
alpha-helix itu adalah 100 derajat, untuk 3-10 heliks akan lebih kecil, dan untuk 5-heliks
itu akan lebih besar.

· Naik per residu (file naik.xvg). Kenaikan heliks per residu diplot sebagai
perbedaan z-koordinat antar atom Calpha. Untuk heliks ideal, ini adalah 0.15 nm.

· Total panjang heliks (file len-ahx.xvg). Panjang total heliks dalam nm. Ini adalah
hanya kenaikan rata-rata (lihat di atas) kali jumlah residu heliks (lihat di bawah).

· Helix dipole, hanya tulang punggung (file dip-ahx.xvg).

· Penyimpangan RMS dari heliks ideal, dihitung hanya untuk atom Calpha (file
rms-ahx.xvg).

· Rata-rata Calpha - Calpha sudut dihedral (file phi-ahx.xvg).

· Sudut phi dan psi rata-rata (file phipsi.xvg).

· Elips pada 222 nm menurut Hirst dan Brooks.

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
File input jalankan xdr portabel

-n [<.ndx>] (indeks.ndx)
File indeks

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

Opsi untuk menentukan file keluaran:

-cz [<.gro/.g96/...>] (zconf.gro)
File struktur: gro g96 pdb tapi khususnya

Pilihan lainnya:

-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan

-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan

-dt (0)
Gunakan frame hanya saat t MOD dt = pertama kali (ps)

-[sekarang (tidak)
Lihat keluaran .xvg, .xpm, .eps dan .pdb arsip

-r0 (1)
Nomor residu pertama dalam urutan

-[tidak]q (tidak)
Periksa di setiap langkah bagian mana dari urutan yang heliks

-[tidak]F (Iya)
Beralih pas ke heliks sempurna

-[tidak]db (tidak)
Info cetak men-debug

-[tidak]ev (tidak)
Tulis file 'lintasan' baru untuk ED

-ahxmulai (0)
Residu pertama dalam heliks

-ahxend (0)
Residu terakhir di helix

Gunakan gmx-helix online menggunakan layanan onworks.net