Ini adalah perintah gmx-mdmat yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
gmx-mdmat - Hitung peta kontak residu
RINGKASAN
gmx mdmat [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-berarti [<.xpm>]] [-frame [<.xpm>]] [-tidak [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-xvg ]
[-t ] [-nlevel ]
DESKRIPSI
gmx mdmat membuat matriks jarak yang terdiri dari jarak terkecil antara residu
berpasangan. Dengan -frame, matriks jarak ini dapat disimpan untuk melihat perbedaan
struktur tersier sebagai fungsi waktu. Jika Anda memilih opsi Anda dengan tidak bijaksana, ini mungkin
menghasilkan file output yang besar. Secara default, hanya matriks rata-rata secara keseluruhan
lintasan adalah keluaran. Juga hitungan jumlah kontak atom yang berbeda antara
residu di seluruh lintasan dapat dibuat. Outputnya dapat diproses dengan gmx
xpm2ps untuk membuat plot PostScript (tm).
PILIHAN
Opsi untuk menentukan file input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur + massa (db): tpr gro g96 pdb baiklah
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
File indeks
Opsi untuk menentukan file keluaran:
-berarti [<.xpm>] (dm.xpm)
File matriks yang kompatibel dengan X PixMap
-frame [<.xpm>] (dmf.xpm) (Opsional)
File matriks yang kompatibel dengan X PixMap
-tidak [<.xvg>] (angka.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr
Pilihan lainnya:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan
-dt (0)
Gunakan frame hanya saat t MOD dt = pertama kali (ps)
-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tidak ada
-t (1.5)
jarak terpotong
-nlevel (40)
Diskretisasi jarak dalam jumlah level ini
Gunakan gmx-mdmat online menggunakan layanan onworks.net
