gmx-nmtraj - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-nmtraj - Menghasilkan lintasan berosilasi virtual dari vektor eigen

RINGKASAN

gmx nmtraj [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-eignr ]
[-fase ] [-temp ] [-amplitudo ]
[-nframe ]

DESKRIPSI

gmx nmtraj menghasilkan lintasan virtual dari vektor eigen, sesuai dengan a
osilasi kartesius harmonik di sekitar struktur rata-rata. Vektor eigen harus
biasanya berbobot massa, tetapi Anda dapat menggunakan vektor eigen yang tidak berbobot untuk menghasilkan
gerakan ortogonal. Bingkai keluaran ditulis sebagai file lintasan yang mencakup keseluruhan
periode, dan kerangka pertama adalah struktur rata-rata. Jika Anda menulis lintasan di (atau
konversi ke) format PDB Anda dapat melihatnya langsung di PyMol dan juga membuat fotorealistik
film. Amplitudo gerak dihitung dari nilai eigen dan suhu preset,
dengan asumsi ekuipartisi energi di semua mode. Untuk membuat gerakan terlihat jelas di
PyMol Anda mungkin ingin memperkuatnya dengan menyetel suhu tinggi yang tidak realistis.
Namun, ketahuilah bahwa perpindahan linear Cartesian dan pembobotan massa akan
menyebabkan deformasi struktur yang serius untuk amplitudo tinggi - ini hanyalah batasan
dari model mode normal Cartesian. Secara default, vektor eigen yang dipilih diatur ke 7, karena
enam mode normal pertama adalah derajat kebebasan translasi dan rotasi.

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur + massa (db): tpr gro g96 pdb baiklah

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Lintasan presisi penuh: tr cpt tng

Opsi untuk menentukan file keluaran:

-o [<.xtc/.trr/...>] (nmtraj.xtc)
Lintasan: xtc tr gro g96 pdb tng

Pilihan lainnya:

-eignr (7)
String vektor eigen untuk digunakan (pertama adalah 1)

-fase (0.0)
String fase (default adalah 0.0)

-temp (300)
Suhu (K)

-amplitudo (0.25)
Amplitudo untuk mode dengan nilai eigen<=0

-nframe (30)
Jumlah bingkai yang akan dihasilkan

Gunakan gmx-nmtraj online menggunakan layanan onworks.net