Ini adalah perintah gmx-rama yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
gmx-rama - Hitung plot Ramachandran
RINGKASAN
gmx rama [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[sekarang] [-xvg ]
DESKRIPSI
gmx rama memilih kombinasi dihedral phi/psi dari file topologi Anda dan menghitung
ini sebagai fungsi waktu. Menggunakan alat Unix sederhana seperti grep Anda dapat memilih keluar
residu tertentu.
PILIHAN
Opsi untuk menentukan file input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
File input jalankan xdr portabel
Opsi untuk menentukan file keluaran:
-o [<.xvg>] (rama.xvg)
file xvgr/xmgr
Pilihan lainnya:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan
-dt (0)
Gunakan frame hanya saat t MOD dt = pertama kali (ps)
-[sekarang (tidak)
Lihat keluaran .xvg, .xpm, .eps dan .pdb arsip
-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tidak ada
Gunakan gmx-rama online menggunakan layanan onworks.net
