gmx-rdf - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-rdf - Hitung fungsi distribusi radial

RINGKASAN

gmx rdf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-cn [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-Anda ] [-xvg ] [-[tidak]rmpbc]
[-[tidak]pbc] [-sf ] [-selrpos ] [-tipe sel ]
[-tempat sampah ] [-[tidak]norma] [-[tidak]xy] [-[tidak]kecuali] [-memotong ]
[-max ] [-berselancar ] [-ref ]
[-sel ]

DESKRIPSI

gmx rdf menghitung fungsi distribusi radial dari satu set referensi posisi (set
dengan -ref) ke satu atau lebih set posisi (diatur dengan -sel). Untuk menghitung RDF dengan
terhadap posisi terdekat dalam himpunan -ref sebagai gantinya, gunakan -berselancar: jika disetel, maka -ref is
dipartisi menjadi himpunan berdasarkan nilai -berselancar, dan posisi terdekat pada setiap himpunan adalah
digunakan. Untuk menghitung RDF di sekitar sumbu sejajar dengan z-sumbu, yaitu, hanya di x-y pesawat,
menggunakan -xy.

Untuk mengatur lebar nampan dan jarak maksimum untuk digunakan di RDF, gunakan -tempat sampah dan -max,
masing-masing. Yang terakhir dapat digunakan untuk membatasi biaya komputasi jika RDF tidak
bunga hingga default (setengah dari ukuran kotak dengan PBC, tiga kali ukuran kotak
tanpa PBC).

Untuk menggunakan pengecualian dari topologi (-s), mengatur -kecuali dan pastikan keduanya -ref dan -sel
hanya memilih atom. Alternatif yang lebih kasar untuk mengecualikan puncak intra-molekul adalah dengan mengatur -memotong
ke nilai bukan nol untuk menghapus RDF pada jarak kecil.

RDF dinormalisasi dengan 1) jumlah rata-rata posisi di -ref (jumlah kelompok
dengan -berselancar), 2) volume wadah, dan 3) kerapatan partikel rata-rata -sel posisi untuk
seleksi itu. Untuk hanya menggunakan faktor pertama untuk normalisasi, set -nonnorma. Pada kasus ini,
RDF hanya diskalakan dengan lebar nampan untuk membuat integral dari kurva mewakili
jumlah pasangan dalam suatu rentang. Perhatikan bahwa pengecualian tidak memengaruhi normalisasi: genap
if -kecuali diatur, atau -ref dan -sel mengandung seleksi yang sama, faktor normalisasi adalah
masih N*M, bukan N*(M-dikecualikan).

Untuk -berselancar, pilihan yang disediakan untuk -ref harus memilih atom, yaitu pusat massa tidak
didukung. Lebih jauh, -nonnorma tersirat, karena tempat sampah memiliki bentuk dan volume yang tidak beraturan
bin tidak mudah dihitung.

pilihan -cn menghasilkan jumlah kumulatif RDF, yaitu jumlah rata-rata partikel dalam
jarak r

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opsional)
Lintasan masukan atau konfigurasi tunggal: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opsional)
Struktur masukan: tpr gro g96 pdb baiklah

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
Grup indeks ekstra

Opsi untuk menentukan file keluaran:

-o [<.xvg>] (rdf.xvg)
RDF yang dihitung

-cn [<.xvg>] (rdf_cn.xvg) (Opsional)
RDF kumulatif

Pilihan lainnya:

-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan

-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan

-dt (0)
Gunakan frame hanya jika t MOD dt == pertama kali (ps)

-Anda (ps)
Satuan untuk nilai waktu: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgrace)
Pemformatan plot: tidak ada, xmgrace, xmgr

-[tidak]rmpbc (Iya)
Buat molekul utuh untuk setiap bingkai

-[tidak]pbc (Iya)
Gunakan kondisi batas periodik untuk perhitungan jarak

-sf
Berikan pilihan dari file

-selrpos (atom)
Pemilihan posisi referensi: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, sebagian_res_com,
bagian_res_cog, bagian_mol_com, bagian_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
din_mol_cog

-tipe sel (atom)
Posisi keluaran pemilihan default: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, sebagian_res_com,
bagian_res_cog, bagian_mol_com, bagian_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
din_mol_cog

-tempat sampah (0.002)
Lebar nampan (nm)

-[tidak]norma (Iya)
Normalisasi untuk volume dan kepadatan nampan

-[tidak]xy (tidak)
Gunakan hanya komponen x dan y dari jarak

-[tidak]kecuali (tidak)
Gunakan pengecualian dari topologi

-memotong (0)
Jarak terpendek (nm) yang harus dipertimbangkan

-max (0)
Jarak terbesar (nm) untuk dihitung

-berselancar (tidak)
RDF sehubungan dengan permukaan referensi: tidak, mol, res

-ref
Pilihan referensi untuk perhitungan RDF

-sel
Pilihan untuk menghitung RDF dari referensi

Gunakan gmx-rdf online menggunakan layanan onworks.net