gmx-rmsf - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-rmsf - Hitung fluktuasi atom

RINGKASAN

gmx rmsf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-oq [<.pdb>]] [-sapi [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-od [<.xvg>]] [-ok [<.xvg>]] [-dir [<.log>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[sekarang] [-xvg ] [-[tidak]res]
[-[tidak]aniso] [-[tidak]cocok]

DESKRIPSI

gmx rmsf menghitung fluktuasi akar rata-rata kuadrat (RMSF, yaitu standar deviasi) dari
posisi atom dalam lintasan (disertakan dengan -f) setelah (opsional) pas ke a
bingkai referensi (disertakan dengan -s).

Dengan pilihan -oq nilai RMSF dikonversi ke nilai faktor-B, yang ditulis ke a
.pdb file dengan koordinat, file struktur, atau a .pdb mengajukan kapan -q is
ditentukan. Pilihan -sapi menulis faktor-B ke file dengan koordinat rata-rata.

Dengan opsi -od akar deviasi kuadrat rata-rata sehubungan dengan struktur referensi
dihitung.

Dengan opsi -aniso, gmx rmsf akan menghitung faktor suhu anisotropik dan kemudian
juga akan menampilkan koordinat rata-rata dan a .pdb file dengan catatan ANISOU (sesuai dengan
itu -oq or -sapi pilihan). Harap dicatat bahwa nilai U bergantung pada orientasi, jadi sebelumnya
perbandingan dengan data eksperimen, Anda harus memverifikasi bahwa Anda cocok dengan eksperimen
koordinat.

Ketika sebuah .pdb file input diteruskan ke program dan -aniso bendera ditetapkan korelasi
plot Uij akan dibuat, jika ada faktor suhu anisotropik yang ada di
.pdb file.

Dengan pilihan -dir matriks MSF (3x3) rata-rata didiagonalisasi. Ini menunjukkan arah
di mana atom berfluktuasi paling banyak dan paling sedikit.

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur + massa (db): tpr gro g96 pdb baiklah

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opsional)
File indeks

-q [<.pdb>] (eiwit.pdb) (Opsional)
File bank data protein

Opsi untuk menentukan file keluaran:

-oq [<.pdb>] (bfac.pdb) (Opsional)
File bank data protein

-sapi [<.pdb>] (xaver.pdb) (Opsional)
File bank data protein

-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
file xvgr/xmgr

-od [<.xvg>] (rmsdev.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-ok [<.xvg>] (correl.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-dir [<.log>] (rmsf.log) (Opsional)
File log

Pilihan lainnya:

-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan

-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan

-dt (0)
Gunakan frame hanya saat t MOD dt = pertama kali (ps)

-[sekarang (tidak)
Lihat keluaran .xvg, .xpm, .eps dan .pdb arsip

-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tidak ada

-[tidak]res (tidak)
Hitung rata-rata untuk setiap residu

-[tidak]aniso (tidak)
Hitung faktor suhu anisotropik

-[tidak]cocok (Iya)
Lakukan superposisi kuadrat terkecil sebelum menghitung RMSF. Tanpa ini Anda harus membuat
yakin bahwa struktur referensi dan lintasan cocok.

Gunakan gmx-rmsf online menggunakan layanan onworks.net