gmx-rotacf - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-rotacf - Hitung fungsi korelasi rotasi untuk molekul

RINGKASAN

gmx putar [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[sekarang] [-xvg ] [-[anggukan] [-[tidak]rata-rata]
[-acflen ] [-[tidak]menormalkan] [-P ]
[-fitfn ] [-mulai ] [-akhir cocok ]

DESKRIPSI

gmx rotacf menghitung fungsi korelasi rotasi untuk molekul. kembar tiga atom
(i,j,k) harus diberikan dalam file indeks, mendefinisikan dua vektor ij dan jk. Rotasi
ACF dihitung sebagai fungsi autokorelasi dari vektor n = ij x jk, yaitu
perkalian silang kedua vektor. Karena tiga atom merentang pada bidang, urutan ketiganya
atom tidak penting. Opsional, dengan menerapkan -d beralih, Anda dapat menghitung
fungsi korelasi rotasi untuk molekul linier dengan menentukan pasangan atom (i,j) dalam
berkas indeks.

CONTOH

gmx rotacf -P 1 -nparm 2 -fft -n indeks -o rotacf-x-P1 -fa expfit-x-P1 -mulai 2.5
-akhir cocok 20.0

Ini akan menghitung fungsi korelasi rotasi menggunakan Legendre orde pertama
polinomial dari sudut vektor yang ditentukan oleh file indeks. Fungsi korelasi
akan dipasang dari 2.5 ps hingga 20.0 ps ke eksponensial dua parameter.

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
File input jalankan xdr portabel

-n [<.ndx>] (indeks.ndx)
File indeks

Opsi untuk menentukan file keluaran:

-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
file xvgr/xmgr

Pilihan lainnya:

-b (0)
Bingkai pertama (ps) yang dibaca dari lintasan

-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari lintasan

-dt (0)
Gunakan frame hanya saat t MOD dt = pertama kali (ps)

-[sekarang (tidak)
Lihat keluaran .xvg, .xpm, .eps dan .pdb arsip

-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tidak ada

-[anggukan (tidak)
Gunakan indeks ganda (vektor) untuk fungsi korelasi alih-alih kembar tiga (pesawat)

-[tidak]rata-rata (Iya)
Rata-rata di atas molekul

-acflen (-1)
Panjang ACF, defaultnya adalah setengah dari jumlah frame

-[tidak]menormalkan (Iya)
Normalisasikan ACF

-P (0)
Orde polinomial Legendre untuk ACF (0 menunjukkan tidak ada): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Tidak ada)
Sesuaikan fungsi: tidak ada, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-mulai (0)
Waktu di mana untuk memulai kecocokan eksponensial dari fungsi korelasi

-akhir cocok (-1)
Waktu untuk mengakhiri kecocokan eksponensial dari fungsi korelasi, -1 adalah sampai
akhir

Gunakan gmx-rotacf online menggunakan layanan onworks.net