gmx-tune_pme - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gmx-tune_pme - Waktu mdrun sebagai fungsi peringkat PME untuk mengoptimalkan pengaturan

RINGKASAN

gmx lagu_pme [-s [<.tpr>]] [-cpi [<.cpt>]] [-meja [<.xvg>]]
[-tabletf [<.xvg>]] [-meja [<.xvg>]]
[-meja [<.xvg>]] [-memutarkan lagi [<.xtc/.trr/...>]]
[-ei [<.edi>]] [-p [<.keluar>]] [-berbuat salah [<.log>]]
[-jadi [<.tpr>]] [-o [<.trr/.cpt/...>]] [-x [<.xtc/.tng>]]
[-cpo [<.cpt>]] [-c [<.gro/.g96/...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.log>]] [-dhdl [<.xvg>]] [-bidang [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>]] [-tpid [<.xvg>]] [-eo [<.xvg>]]
[-taat [<.xvg>]] [-runav [<.xvg>]] [-px [<.xvg>]]
[-hal [<.xvg>]] [-ro [<.xvg>]] [-ra [<.log>]]
[-rs [<.log>]] [-rt [<.log>]] [-mtx [<.mtx>]]
[-dn [<.ndx>]] [-menukar [<.xvg>]] [-bo [<.trr/.cpt/...>]]
[-bx [<.xtc>]] [-bcpo [<.cpt>]] [-bc [<.gro/.g96/...>]]
[-menjadi [<.edr>]] [-bg [<.log>]] [-beo [<.xvg>]]
[-bdhdl [<.xvg>]] [-bfield [<.xvg>]] [-btpi [<.xvg>]]
[-btpid [<.xvg>]] [-bdevout [<.xvg>]] [-brunav [<.xvg>]]
[-bpx [<.xvg>]] [-bpf [<.xvg>]] [-kakak [<.xvg>]]
[-BH [<.log>]] [-brs [<.log>]] [-brt [<.log>]]
[-bmtx [<.mtx>]] [-bdn [<.ndx>]] [-tukar [<.xvg>]]
[-xvg ] [-mdrun ] [-misalnya ]
[-npstring ] [-ntmpi ] [-r ]
[-maks ] [-min ] [-npm ] [-memperbaiki ]
[-max ] [-rmin ] [-[tidak]skalavdw]
[-ntpr ] [-Langkah ] [-reset langkah ]
[-nlangkah ] [-[tidak]peluncuran] [-[tidak]bangku] [-[tidak]periksa]
[-gpu_id ] [-[tidak]tambahkan] [-[tidak]cpnum]
[-deffnm ]

DESKRIPSI

Untuk nomor tertentu -misalnya or -ntmpi dari peringkat, gmx lagu_pme sistematis kali gmx mdrun
dengan berbagai jumlah peringkat khusus PME dan menentukan pengaturan mana yang tercepat. Itu akan
juga menguji apakah kinerja dapat ditingkatkan dengan memindahkan beban dari timbal balik ke
ruang nyata bagian dari jumlah Ewald. Cukup lewati .tpr file untuk gmx lagu_pme bersama
dengan pilihan lain untuk gmx mdrun sesuai kebutuhan.

gmx lagu_pme perlu menelepon gmx mdrun dan karenanya mengharuskan Anda menentukan cara memanggil mdrun
dengan argumen untuk -mdrun parameter. Tergantung bagaimana Anda membangun GROMACS, nilai
seperti 'gmx mdrun', 'gmx_d mdrun', atau 'mdrun_mpi' mungkin diperlukan.

Program yang menjalankan program MPI dapat diatur dalam variabel lingkungan MPIRUN (default
menjadi 'mpirun'). Perhatikan bahwa untuk kerangka kerja MPI tertentu, Anda perlu menyediakan mesin atau
file host. Ini juga dapat diteruskan melalui variabel MPIRUN, mis

ekspor MPIRUN="/usr/local/mpirun -file mesin tuan rumah" Perhatikan bahwa dalam kasus seperti itu adalah
biasanya diperlukan untuk mengkompilasi dan/atau menjalankan gmx lagu_pme tanpa dukungan MPI, sehingga dapat
sebut program MPIRUN.

Sebelum melakukan benchmark sebenarnya, gmx lagu_pme akan melakukan pemeriksaan cepat apakah gmx
mdrun bekerja seperti yang diharapkan dengan pengaturan paralel yang disediakan jika -memeriksa pilihannya adalah
diaktifkan (default). Tolong hubungi gmx lagu_pme dengan opsi normal yang akan Anda lewati
untuk gmx mdrun dan tambahkan -misalnya untuk jumlah peringkat untuk melakukan tes, atau -ntmpi untuk
jumlah benang. Anda juga dapat menambahkan -r untuk mengulang setiap tes beberapa kali untuk menjadi lebih baik
statistik.

gmx lagu_pme dapat menguji berbagai beban kerja ruang nyata / ruang timbal balik untuk Anda. Dengan -ntpr
Anda mengontrol berapa banyak ekstra .tpr file akan ditulis dengan cutoff yang diperbesar dan lebih kecil
masing-masing grid Fourier. Biasanya, tes pertama (nomor 0) akan dengan
pengaturan dari input .tpr mengajukan; tes terakhir (nomor ntpr) akan memiliki Coulomb
batas yang ditentukan oleh -max dengan grid PME agak lebih kecil pada waktu yang sama. Dalam yang terakhir ini
tes, jarak Fourier dikalikan dengan rmax/rcoulomb. Yang tersisa .tpr file akan
memiliki jari-jari Coulomb dengan jarak yang sama (dan jarak Fourier) di antara ekstrem-ekstrem ini. Note bahwa
Anda dapat mengatur -ntpr ke 1 jika Anda hanya mencari jumlah peringkat PME saja yang optimal; dalam hal itu
masukan Anda .tpr file akan tetap tidak berubah.

Untuk benchmark berjalan, default 1000 langkah waktu sudah cukup untuk sebagian besar sistem MD.
Penyeimbangan beban dinamis membutuhkan sekitar 100 langkah waktu untuk beradaptasi dengan ketidakseimbangan beban lokal,
oleh karena itu penghitung langkah waktu secara default diatur ulang setelah 100 langkah. Untuk sistem besar
(>1M atom), serta untuk akurasi pengukuran yang lebih tinggi, Anda harus mengatur
-reset langkah ke nilai yang lebih tinggi. Dari entri ketidakseimbangan beban 'DD' di keluaran md.log
file Anda dapat memberitahu setelah berapa banyak langkah beban cukup seimbang. Contoh panggilan:

gmx lagu_pme -misalnya 64 -s protein.tpr -meluncurkan

Setelah menelepon gmx mdrun beberapa kali, informasi kinerja terperinci tersedia di
file keluaran kinerja.out. Note bahwa selama benchmark, beberapa file sementara
ditulis (pilihan -B*), ini akan dihapus secara otomatis setelah setiap pengujian.

Jika Anda ingin simulasi dimulai secara otomatis dengan parameter yang dioptimalkan, gunakan
opsi baris perintah -meluncurkan.

Dukungan dasar untuk GPU-enabled mdrun ada. Berikan string yang berisi ID GPU
yang ingin Anda gunakan dalam pengoptimalan di -gpu_id argumen baris perintah. Tidak seperti
mdrun -gpu_id, ini tidak menyiratkan pemetaan tetapi hanya kumpulan yang memenuhi syarat. g_tune_pme akan
buat panggilan ke mdrun yang menggunakan set ini dengan tepat, dengan asumsi bahwa peringkat PP dengan rendah
indeks harus dipetakan ke GPU dengan indeks rendah, dan meningkat secara monoton selama
set masing-masing.

PILIHAN

Opsi untuk menentukan file input:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
File input jalankan xdr portabel

-cpi [<.cpt>] (negara.cpt) (Opsional)
File pos pemeriksaan

-meja [<.xvg>] (tabel.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-tabletf [<.xvg>] (tabletf.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-meja [<.xvg>] (tabel.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-meja [<.xvg>] (tabel.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-memutarkan lagi [<.xtc/.trr/...>] (jalankan ulang.xtc) (Opsional)
Lintasan: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-ei [<.edi>] (sam.edi) (Opsional)
Masukan pengambilan sampel ED

Opsi untuk menentukan file keluaran:

-p [<.keluar>] (sempurna)
File keluaran umum

-berbuat salah [<.log>] (bencherr.log)
File log

-jadi [<.tpr>] (disetel.tpr)
File input jalankan xdr portabel

-o [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Lintasan presisi penuh: tr cpt tng

-x [<.xtc/.tng>] (traj_comp.xtc) (Opsional)
Lintasan terkompresi (format tng atau format xdr portabel)

-cpo [<.cpt>] (negara.cpt) (Opsional)
File pos pemeriksaan

-c [<.gro/.g96/...>] (confout.gro)
File struktur: gro g96 pdb tapi khususnya

-e [<.edr>] (ener.edr)
file energi

-g [<.log>] (md.log)
File log

-dhdl [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-bidang [<.xvg>] (bidang.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-tpi [<.xvg>] (tpi.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-tpid [<.xvg>] (tpidist.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-eo [<.xvg>] (edsam.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-taat [<.xvg>] (deviatie.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-runav [<.xvg>] (runaver.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-px [<.xvg>] (tarikx.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-hal [<.xvg>] (pull.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-ro [<.xvg>] (rotasi.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-ra [<.log>] (rotangles.log) (Opsional)
File log

-rs [<.log>] (rotslabs.log) (Opsional)
File log

-rt [<.log>] (rottorque.log) (Opsional)
File log

-mtx [<.mtx>] (nm.mtx) (Opsional)
Matriks Hessian

-dn [<.ndx>] (dipol.ndx) (Opsional)
File indeks

-menukar [<.xvg>] (swapion.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-bo [<.trr/.cpt/...>] (bangku.trr)
Lintasan presisi penuh: tr cpt tng

-bx [<.xtc>] (bangku.xtc)
Lintasan terkompresi (format xdr portabel): xtc

-bcpo [<.cpt>] (bangku.cpt)
File pos pemeriksaan

-bc [<.gro/.g96/...>] (bangku.gro)
File struktur: gro g96 pdb tapi khususnya

-menjadi [<.edr>] (bangku.edr)
file energi

-bg [<.log>] (bangku.log)
File log

-beo [<.xvg>] (bangku.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-bdhdl [<.xvg>] (bangkudhdl.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-bfield [<.xvg>] (bangku.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-btpi [<.xvg>] (benchtpi.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-btpid [<.xvg>] (benchtpid.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-bdevout [<.xvg>] (benchdev.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-brunav [<.xvg>] (benchrnav.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-bpx [<.xvg>] (bangkupx.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-bpf [<.xvg>] (bangkupf.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-kakak [<.xvg>] (bangku.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

-BH [<.log>] (benchrota.log) (Opsional)
File log

-brs [<.log>] (bangku.log) (Opsional)
File log

-brt [<.log>] (benchrott.log) (Opsional)
File log

-bmtx [<.mtx>] (bangku.mtx) (Opsional)
Matriks Hessian

-bdn [<.ndx>] (bangku.ndx) (Opsional)
File indeks

-tukar [<.xvg>] (bangkuswp.xvg) (Opsional)
file xvgr/xmgr

Pilihan lainnya:

-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tidak ada

-mdrun
Baris perintah untuk menjalankan simulasi, misalnya 'gmx mdrun' atau 'mdrun_mpi'

-misalnya (1)
Jumlah peringkat untuk menjalankan tes (harus > 2 untuk peringkat PME terpisah)

-npstring (np)
Nama dari $MPIRUN opsi yang menentukan jumlah peringkat yang akan digunakan ('np', atau 'n';
gunakan 'tidak ada' jika tidak ada opsi seperti itu): np, n, tidak ada

-ntmpi (1)
Jumlah utas MPI untuk menjalankan tes (mematikan MPI & mpirun)

-r (2)
Ulangi setiap tes ini sesering mungkin

-maks (0.5)
Fraksi maksimum peringkat PME untuk diuji dengan

-min (0.25)
Fraksi minimum peringkat PME untuk diuji dengan

-npm (mobil)
Dalam -min dan -max, tolok ukur semua nilai yang mungkin untuk -npm, atau hanya masuk akal
bagian. Otomatis mengabaikan -min dan -max dan memilih nilai yang masuk akal di sekitar tebakan
untuk npme berasal dari .tpr: auto, all, subset

-memperbaiki (-2)
Jika >= -1, jangan memvariasikan jumlah peringkat hanya PME, alih-alih gunakan nilai tetap ini
dan hanya memvariasikan rcoulomb dan jarak grid PME.

-max (0)
Jika >0, rcoulomb maksimal untuk -ntpr>1 (peningkatan rcoulomb menghasilkan grid fourier
penurunan skala)

-rmin (0)
Jika >0, rcoulomb minimal untuk -ntpr>1

-[tidak]skalavdw (Iya)
Skala rvdw bersama dengan rcoulomb

-ntpr (0)
Jumlah .tpr file untuk dijadikan patokan. Buat banyak file ini dengan rcoulomb yang berbeda
faktor penskalaan tergantung pada -rmin dan -rmax. Jika < 1, secara otomatis memilih
jumlah .tpr file untuk diuji

-Langkah (1000)
Ambil waktu untuk banyak langkah ini dalam benchmark run

-reset langkah (100)
Biarkan dlb menyeimbangkan banyak langkah ini sebelum pengaturan waktu diambil (reset penghitung siklus
setelah ini banyak langkah)

-nlangkah (-1)
Jika non-negatif, lakukan banyak langkah ini dalam proses yang sebenarnya (menimpa nsteps dari
.tpr, tambahkan .cpt Langkah)

-[tidak]peluncuran (tidak)
Luncurkan simulasi nyata setelah pengoptimalan

-[tidak]bangku (Iya)
Jalankan tolok ukur atau buat input saja .tpr file?

-[tidak]periksa (Iya)
Sebelum benchmark berjalan, periksa apakah mdrun bekerja secara paralel

-gpu_id
Daftar id perangkat GPU yang memenuhi syarat untuk digunakan (tidak seperti mdrun, tidak menyiratkan apapun
pemetaan)

-[tidak]tambahkan (Iya)
Tambahkan ke file keluaran sebelumnya saat melanjutkan dari pos pemeriksaan alih-alih menambahkan
nomor bagian simulasi untuk semua nama file (hanya untuk peluncuran)

-[tidak]cpnum (tidak)
Simpan dan beri nomor file pos pemeriksaan (hanya peluncuran)

-deffnm
Setel nama file default (hanya peluncuran)

Gunakan gmx-tune_pme online menggunakan layanan onworks.net