go2fmtp - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - alat konversi dan pembungkusnya

RINGKASAN

go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontologi/*.ontologi
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontologi/gene_ontology.obo

DESKRIPSI

mem-parsing file ontologi gaya GO/OBO dan menulis sebagai format yang berbeda

ARGUMEN
-e ERFILE

menulis kesalahan penguraian dalam XML - default ke STDERR (seharusnya tidak ada kesalahan penguraian dalam sumur
file yang dibentuk)

-p FORMAT

menentukan parser mana yang akan digunakan; jika dibiarkan tidak ditentukan, akan membuat tebakan berdasarkan file
akhiran. Lihat di bawah untuk format

-w|penulis FORMAT

format untuk output - lihat di bawah untuk daftar

-|xslt XSLT

Nama atau nama file dari transformasi XSLT

Ini bisa menjadi jalur absolut ke file di mana saja di sistem file, atau bisa saja
menjadi nama xslt; misalnya

go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo

Jika nama ditentukan, maka pertama-tama $GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl akan dicari; jika
GO_ROOT tidak disetel, maka dir modul perl tempat GO diinstal akan dicari (
xslts akan diinstal di sini secara otomatis jika Anda mengikuti proses instalasi normal)

-gunakan_cache
Jika sakelar ini ditentukan, maka mode caching diaktifkan.

Dengan mode caching, pertama kali Anda mengurai file, maka file tambahan akan menjadi
diekspor dalam format khusus yang cepat diurai. File ini akan memiliki nama file yang sama
sebagai file asli, kecuali itu akan memiliki akhiran ".cache".

Lain kali Anda mengurai file, program ini akan secara otomatis memeriksa keberadaannya
dari file ".cache". Jika ada, dan lebih baru dari file yang Anda tentukan, ini
diuraikan sebagai gantinya. Jika tidak ada, itu dibangun kembali.

Ini akan membawa peningkatan kecepatan untuk b dari format output di bawah ini (seperti
daftar jalur). Sebagian besar format keluaran bekerja dengan penguraian berbasis peristiwa, jadi caching objek membawa
tidak ada manfaat dan sebenarnya akan lebih lambat daripada melewati cache

FORMAT
format yang dapat ditulis adalah

pergi_ont
File dengan akhiran ".ontology"

Ini menyimpan DAG ontologi

pergi_def
File dengan akhiran ".defs"

pergi_xref
Referensi database eksternal untuk istilah GO

File dengan akhiran "2go" (misalnya ec2go, metacyc2go)

go_assoc
Anotasi gen atau produk gen menggunakan GO

File dengan awalan "asosiasi gen."

obo_teks
File dengan akhiran ".obo"

Ini adalah pengganti format file baru untuk format file datar GO yang ada. Dia
menangani ontologi, definisi, dan xref (tetapi bukan asosiasi)

obo_xml
File dengan akhiran ".obo.xml" atau ".obo-xml"

Ini adalah versi XML dari format file datar OBO di atas

prolog
fakta prolog - Anda akan memerlukan kompiler/penerjemah prolog untuk menggunakannya. Kamu bisa
alasan atas fakta-fakta ini menggunakan Obol atau proyek Bio-LP yang akan datang

tbl representasi tabel sederhana (lossy)

ringkasan
dapat digunakan pada file ontologi dan file asosiasi

daftar jalur
menunjukkan semua jalur ke root

format burung hantu OWL (default: OWL-DL)

OWL adalah format standar W3C untuk ontologi

Anda memerlukan file XSL dari distribusi go-dev lengkap untuk menjalankan ini; lihat XMLnya
bagian dalamhttp://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
representasi YAML dari GO::Model::Graph objek

obj_storable
Dump dari objek perl GO::Model::Graph. Anda perlu Dapat Disimpan dari CPAN untuk ini
kerja. Ini dimaksudkan untuk menyimpan objek di sistem file, untuk akses cepat. NS
representasi obj_storable mungkin tidak portabel

teks_html
Format keluaran OBO yang di-html-ified

godb_prestore
XML yang memetakan langsung ke skema relasional GODB (kemudian dapat dimuat menggunakan
rusa-storenode.pl)

chadodb_prestore
XML yang memetakan langsung ke skema relasional Chado (kemudian dapat dimuat menggunakan
rusa-storenode.pl)

DOKUMENTASI
<http://www.godatabase.org/dev>

Gunakan go2fmtp online menggunakan layanan onworks.net