gt-seed_extend - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

gt-seed_extend - Hitung keberpihakan lokal menggunakan algoritma seed dan extend.

RINGKASAN

gt benih_perpanjang [opsi ...] encseq_basename [encseq_basename]

DESKRIPSI

-ii [string]
Indeks input untuk urutan yang disandikan encseq

-qii [string]
Indeks masukan kueri (encseq)

-panjang biji [nilai]
Panjang minimum default seed: logaritma panjang input ke ukuran alfabet dasar

-diagbandwidth [nilai]
Logaritma lebar pita diagonal (untuk filter) (default: 6)

-mincoverage [nilai]
Cakupan minimum dalam dua pita diagonal yang berdekatan (untuk filter) default: 2.5 x
panjang biji

-frekuensi maksimal [nilai]
Frekuensi maksimum k-mer (untuk filter) (default: undefined)

-membatasi [string]
Penggunaan memori maksimum untuk menentukan frekuensi maksimum k-mer (untuk filter)
(default: tidak ditentukan)

-perpanjangxdrop [nilai]
Perluas seed ke kedua sisi menggunakan algoritme xdrop, / parameter opsional menentukan
sensitivitas (default: 97)

-xdropbawah [nilai]
Tentukan skor cutoff xdrop (0 berarti ditentukan secara otomatis tergantung pada minidentity)

-memperpanjang serakah [nilai]
Perluas benih ke kedua sisi menggunakan algoritma serakah, parameter opsional menentukan
sensitivitas (default: 97)

-l [nilai]
Panjang keselarasan minimum (untuk ekstensi benih) (default: tidak ditentukan)

-minidentitas [nilai]
Identitas minimum kecocokan (untuk ekstensi benih) (default: 80)

-a [nilai]
tampilkan perataan/urutan (argumen opsional adalah jumlah kolom per baris) (default:
70)

-tidak-terbalik [ya|tidak]
jangan menghitung kecocokan pada untai yang dilengkapi terbalik (default: tidak)

-tidak-maju [ya|tidak]
jangan menghitung kecocokan pada untaian maju (default: tidak)

-v [ya|tidak]
bertele-tele (default: tidak)

-bantu
tampilkan bantuan dan keluar

-versi
tampilkan informasi versi dan keluar

PELAPORAN BUG

Laporkan bug ke[email dilindungi]>.

Gunakan gt-seed_extend online menggunakan layanan onworks.net