GWAMA - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

GWAMA - Analisis Meta Asosiasi Genome-Wide

RINGKASAN

GWAMA [Pilihan]

DESKRIPSI

Perangkat lunak GWAMA (Genome-Wide Association Meta Analysis) melakukan meta-analisis dari
hasil studi GWA fenotipe biner atau kuantitatif. Efek tetap dan acak
meta-analisis dilakukan untuk SNP yang digenotipe dan diperhitungkan secara langsung menggunakan perkiraan
rasio odds alelik dan interval kepercayaan 95% untuk sifat biner, dan perkiraan
ukuran efek alelik dan kesalahan standar untuk fenotipe kuantitatif. GWAMA dapat digunakan
untuk menganalisis hasil dari semua model genetik yang berbeda (perkalian, aditif,
dominan, resesif). Perangkat lunak ini menggabungkan fasilitas perangkap kesalahan untuk mengidentifikasi
kesalahan penyelarasan untai dan pembalikan alel, dan melakukan tes heterogenitas
efek antar studi.

PILIHAN

-i, --daftar file=nama file
Tentukan file hasil studi. Default = gwama.in

-o, --keluaran=akar file
Tentukan root file untuk output analisis. Default = gwama (gwama.out, gwama.gc.out)

-r, --acak
Gunakan koreksi efek acak. Default = dinonaktifkan

-gc, --genomic_control
Gunakan kontrol genomik untuk menyesuaikan file hasil studi. Default = dinonaktifkan

-gco, --genomic_control_output
Gunakan kontrol genomik pada ringkasan meta-analisis (yaitu hasil meta-analisis adalah
dikoreksi untuk gc). Default = dinonaktifkan

-qt, --kuantitatif
Pilih versi sifat kuantitatif (kolom BETA dan SE). Default = sifat biner

-m, --peta=nama file
Pilih nama file untuk peta penanda.

-t, --ambang=0-1
Ambang p-nilai untuk menunjukkan arah dalam arah efek ringkasan. Standar =
1

--no_alleles
Tidak ada informasi alel yang diberikan. Mengharapkan selalu EA yang sama.

--indel_alleles
Label alel mungkin berisi lebih dari satu huruf. Tidak ada pemeriksaan untai.

--seks Jalankan analisis diferensiasi gender dan heterogenitas gender (metode dijelaskan dalam
kertas Magi, Lindgren & Morris 2010). Info jenis kelamin harus disediakan dalam file daftar file.
(kolom kedua setelah nama file adalah M atau F).

--nama_penanda
Header alternatif untuk nama penanda col.

--nama_strand
Header alternatif untuk kolom untai.

--nama_n
Header alternatif untuk ukuran sampel col.

--nama_ea
Header alternatif untuk mempengaruhi kolom alel.

--nama_nea
Header alternatif ke kolom alel non-efek.

--nama_eaf
Header alternatif untuk mempengaruhi kolom frekuensi alel.

--nama_beta
Header alternatif untuk kolom beta.

--nama_se
Header alternatif untuk std. berbuat salah. kol.

--nama_atau
Header alternatif untuk kolom OR.

--nama_atau_95l
Header alternatif untuk kolom OR 95L.

--nama_atau_95u
Header alternatif untuk kolom OR 95U.

-h, --membantu
Cetak bantuan ini.

-v, --Versi: kapan
Cetak nomor versi GWAMA. Halaman manual ini harus tidak mencukupi. Silakan gunakan
opsi bantuan untuk pengingat cepat tentang opsi gwama atau buka halaman beranda
dengan dokumentasi online atau manual yang dapat diunduh.

Gunakan GWAMA online menggunakan layanan onworks.net