Ini adalah perintah hhalign yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
hhalign - menyelaraskan perataan kueri/HMM ke perataan template/HMM
RINGKASAN
hhalalign -i pertanyaan [-t Template] [Pilihan]
DESKRIPSI
HHalign versi 2.0.16 (Januari 2013) Sejajarkan perataan kueri/HMM ke template
alignment/HMM by HMM-HMM alignment Jika hanya satu alignment/HMM yang diberikan maka dibandingkan dengan
itu sendiri dan penyelarasan off-diagonal terbaik ditambah semua penyelarasan non-tumpang tindih lebih lanjut
di atas ambang signifikansi ditampilkan. Remmert M, Biegert A, Hauser A, dan Soding J.
HHblits: Pencarian urutan protein iteratif secepat kilat dengan penyelarasan HMM-HMM. Nat.
Metode 9:173-175 (2011). (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas
Hauser
-i
masukan penyelarasan kueri (fasta/a2m/a3m) atau file HMM (.hhm)
-t
masukan penyelarasan template (fasta/a2m/a3m) atau file HMM (.hhm)
Keluaran pilihan:
-o
tulis perataan output ke file
-ofas
tulis perataan dalam FASTA, A2M (-oa2m) atau A3M (-oa3m) format
-Oa3m
tulis perataan kueri dalam format a3m ke file (default=none)
-Aa3m
tambahkan perataan kueri dalam format a3m ke file (default=none)
-atab
tulis perataan sebagai tabel (dengan posterior) ke file (default=none)
-indeks gunakan penyelarasan yang diberikan untuk menghitung skor Viterbi (default = tidak ada)
-v
mode verbose: 0: tidak ada output layar 1: hanya waring 2: verbose
-seq [1, inf[ maks. jumlah urutan kueri/templat yang ditampilkan (def=1)
-nocon
jangan tampilkan urutan konsensus dalam penyelarasan (default=tampilkan)
-tidak ada
jangan tampilkan struktur 2ndary yang diprediksi dalam penyelarasan (default=tampilkan)
-mengangguk
jangan tampilkan struktur 2ndary DSSP dalam keberpihakan (default=tampilkan)
-ssconf
tunjukkan kepercayaan untuk struktur 2ndary yang diprediksi dalam keberpihakan
-aliw int
jumlah kolom per baris dalam daftar perataan (def=80)
-P
untuk perbandingan diri: nilai p maks keberpihakan (def=0.001
-p
probabilitas minimum dalam ringkasan dan daftar penyelarasan (def=0)
-E
nilai-E maksimum dalam ringkasan dan daftar penyelarasan (def=1E+06)
-Z
jumlah maksimum baris dalam daftar hit ringkasan (def=100)
-z
jumlah minimum baris dalam daftar sasaran ringkasan (def=1)
-B
jumlah maksimum perataan dalam daftar perataan (def=100)
-b
jumlah minimum perataan dalam daftar perataan (def=1)
-pangkat int
tentukan peringkat keselarasan untuk menulis dengan -Oa3m or -Aa3m opsi (default=1)
Filter memasukkan penjajaran (pilihan bisa be gabungan):
-Indo [0,100] identitas urutan berpasangan maksimum (%) (def=90)
-berbeda [0,inf[ memfilter rangkaian urutan yang paling beragam, setidaknya simpan ini
banyak urutan di setiap blok >50 kolom (def=100)
-cov [0,100] cakupan minimum dengan kueri (%) (def=0)
-qid [0,100] identitas urutan minimum dengan kueri (%) (def=0)
-qsc [0,100] skor minimum per kolom dengan kueri (def=-20.0)
Memasukkan penjajaran format:
-M a2m menggunakan A2M/A3M (default): huruf besar = Cocok; huruf kecil = Sisipkan; '-' = Hapus; '.' =
celah sejajar dengan sisipan (dapat dihilangkan)
-M pertama
gunakan FASTA: kolom dengan residu di urutan pertama adalah status kecocokan
-M [0,100]
gunakan FASTA: kolom dengan celah kurang dari X% adalah status kecocokan
Hmm-Hmm penjajaran pilihan:
-gumpal/-lok
mode penyelarasan global atau lokal (def=local)
-alt
muncul ke jumlah keberpihakan alternatif ini (def=1)
-menyetel kembali
menyelaraskan kembali hit yang ditampilkan dengan maks. akurasi (MAC) algoritma
-tidak sejajar
JANGAN menyelaraskan kembali hit yang ditampilkan dengan algoritma MAC (def=realign)
-maks [0,1[
ambang probabilitas posterior untuk penyelarasan MAC (def=0.350) Nilai ambang
0.0 menghasilkan keberpihakan global.
-sto
gunakan algoritma pengambilan sampel stokastik global untuk mengambil sampel banyak keberpihakan ini
-kecuali mengecualikan posisi kueri dari perataan, misalnya '1-33,97-168'
-bergeser [-1,1] skor offset (def=-0.030)
-kor [0,1]
bobot istilah untuk korelasi pasangan (def=0.10)
-ssm 0-4 0:tidak ada skor ss [default=2]
1: skor ss setelah penyelarasan 2: skor ss selama penyelarasan
-ssw [0,1] bobot skor ss (def=0.11)
-def baca opsi default dari ./.hhdefaults atau /.hh default.
Contoh: hhalign -i T0187.a3m -t d1hz4a_.hhm -png T0187pdb.png
Keluaran pilihan:
-o
tulis perataan output ke file
-ofas
tulis perataan dalam FASTA, A2M (-oa2m) atau A3M (-oa3m) format
-Oa3m
tulis perataan kueri dalam format a3m ke file (default=none)
-Aa3m
tambahkan perataan kueri dalam format a3m ke file (default=none)
-atab
tulis perataan sebagai tabel (dengan posterior) ke file (default=none)
-v
mode verbose: 0: tidak ada output layar 1: hanya waring 2: verbose
-seq [1, inf[ maks. jumlah urutan kueri/templat yang ditampilkan (def=1)
-nocon
jangan tampilkan urutan konsensus dalam penyelarasan (default=tampilkan)
-tidak ada
jangan tampilkan struktur 2ndary yang diprediksi dalam penyelarasan (default=tampilkan)
-mengangguk
jangan tampilkan struktur 2ndary DSSP dalam keberpihakan (default=tampilkan)
-ssconf
tunjukkan kepercayaan untuk struktur 2ndary yang diprediksi dalam keberpihakan
-aliw int
jumlah kolom per baris dalam daftar perataan (def=80)
-P
untuk perbandingan diri: nilai p maks keberpihakan (def=0.001
-p
probabilitas minimum dalam ringkasan dan daftar penyelarasan (def=0)
-E
nilai-E maksimum dalam ringkasan dan daftar penyelarasan (def=1E+06)
-Z
jumlah maksimum baris dalam daftar hit ringkasan (def=100)
-z
jumlah minimum baris dalam daftar sasaran ringkasan (def=1)
-B
jumlah maksimum perataan dalam daftar perataan (def=100)
-b
jumlah minimum perataan dalam daftar perataan (def=1)
-pangkat int
tentukan peringkat keselarasan untuk menulis dengan -Oa3m or -Aa3m opsi (default=1)
-tc
tulis file perpustakaan TCoffee untuk perbandingan berpasangan
-tct [0,100]
menit probabilitas pasangan residu untuk TCoffee (def=5%)
Opsi untuk menyaring memasukkan penjajaran (pilihan bisa be gabungan):
-Indo [0,100] identitas urutan berpasangan maksimum (%) (def=90)
-berbeda [0, inf[
filter rangkaian urutan yang paling beragam, pertahankan setidaknya banyak urutan ini di masing-masing
blok >50 kolom (def=100)
-cov [0,100] cakupan minimum dengan kueri (%) (def=0)
-qid [0,100] identitas urutan minimum dengan kueri (%) (def=0)
-qsc [0,100] skor minimum per kolom dengan kueri (def=-20.0)
bangunan HMM pilihan:
-M a2m menggunakan A2M/A3M (default): huruf besar = Cocok; huruf kecil = Sisipkan; '-' = Hapus; '.' =
celah sejajar dengan sisipan (dapat dihilangkan)
-M pertama
gunakan FASTA: kolom dengan residu di urutan pertama adalah status kecocokan
-M [0,100]
gunakan FASTA: kolom dengan celah kurang dari X% adalah status kecocokan
-tag JANGAN menetralkan urutan pengenalan His-, C-myc-, FLAG-tag, dan tripsin untuk
distribusi latar belakang
hitung semu (buah) pilihan:
-pcm 0-2 ketergantungan posisi campuran pc 'tau' (mode pc, default=2)
0: tidak ada jumlah semu:
tahu = 0
1: konstan
tau = a
2: bergantung pada keragaman: tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: jumlah
seq efektif di MSA lokal di sekitar kolom i) 3: pseudocount keragaman konstan
-pca [0,1] campuran pseudocount keseluruhan (def=1.0)
-pcb [1,inf[ Nilai ambang batas Neff untuk -pcm 2 (def=1.5)
-pcc [0,3] eksponen kepunahan c untuk -pcm 2 (def=1.0)
-pra_pca [0,1]
campuran pseudocount PREFILTER (def=0.8)
-pre_pcb [1,inf[ ambang PREFILTER untuk Neff (def=1.8)
Khusus konteks hitungan semu:
-nokontxt
gunakan substitusi-matriks alih-alih jumlah semu khusus konteks
-koneksi file konteks untuk menghitung jumlah semu khusus konteks
(default=./data/context_data.lib)
-cslib
file status kolom untuk prafilter basis data cepat (default=./data/cs219.lib)
Celah biaya pilihan:
-gapb [0, inf[
Campuran pseudocount transisi (def=1.00)
-gapd [0, inf[
Campuran pseudocount transisi untuk celah terbuka (default = 0.15)
-melongo [0,1.5]
Campuran pseudocount transisi untuk memperpanjang gap (def=1.00)
-gapf ]0,informasi]
faktor untuk menambah/mengurangi celah terbuka penalti untuk penghapusan (def=0.60)
-gapg ]0,informasi]
faktor untuk menambah/mengurangi penalti celah terbuka untuk sisipan (def=0.60)
-gap ]0,informasi]
faktor untuk menambah/mengurangi kesenjangan memperpanjang hukuman untuk penghapusan (def=0.60)
-gapi ]0,informasi]
faktor untuk menambah/mengurangi kesenjangan memperpanjang hukuman untuk sisipan (def=0.60)
-misalnya [0,inf[ penalti (bit) untuk celah akhir yang disejajarkan dengan residu kueri (def=0.00)
-misalnya [0,inf[ penalti (bit) untuk celah ujung yang disejajarkan dengan residu templat (def=0.00)
Strategi pilihan:
-gumpal/-lok
mode penyelarasan global atau lokal (def=global)
-Mac gunakan penyelarasan Akurasi Maksimum (MAC) alih-alih Viterbi
-maks [0,1]
ambang prob posterior untuk penyelarasan MAC (def=0.350)
-sto
gunakan algoritma pengambilan sampel stokastik global untuk mengambil sampel banyak keberpihakan ini
-sc skor asam amino (tja: template HMM di kolom j) (def=1)
0 = log2 Jumlah(tja*qia/pa) (pa: frekuensi latar belakang)
1 = log2 Jumlah(tja*qia/pqa) (pqa = 1/2*(pa+ta) )
2 = log2 Sum(tja*qia/ta) (ta: av. aa freqs dalam template)
3 = log2 Jumlah(tja*qia/qa) (qa: av. aa freqs in query)
-kor [0,1]
bobot istilah untuk korelasi pasangan (def=0.10)
-bergeser [-1,1]
skor offset (def=-0.030)
-r identifikasi ulang: beberapa pukulan tidak diperlakukan sebagai independen
-ssm 0-2 0:tidak ada skor ss [default=2]
1: skor ss setelah penyelarasan 2: skor ss selama penyelarasan
-ssw [0,1] bobot skor ss dibandingkan skor kolom (def=0.11)
-sa [0,1] ss matriks konfusi = (1-ssa)*I + ssa*psipred-confusion-matrix [def=1.00)
-tenang 0-3
kalibrasi skor empiris 0:query 1:template 2:keduanya (def=off)
Opsi default dapat ditentukan di './.hhdefaults' atau '~/.hhdefault'
Gunakan hhalign online menggunakan layanan onworks.net
