hhconsensus - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

hhconsensus - hitung urutan konsensus untuk file input A3M/FASTA

RINGKASAN

hhkonsensus -i [Pilihan]

DESKRIPSI

HHconsensus versi 2.0.16 (Januari 2013) Hitung urutan konsensus untuk
Berkas masukan A3M/FASTA. (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas
Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A, dan Soding J. HHblits: Iterasi secepat kilat
pencarian urutan protein dengan penyelarasan HMM-HMM. Nat. Metode 9:173-175 (2011).

-i
perataan kueri (A2M, A3M, atau FASTA), atau kueri HMM

Keluaran pilihan:
-s
tambahkan urutan konsensus dalam FASTA (default= )

-o
tulis penyelarasan dengan urutan konsensus di A3M

-oa3m
sama

-oa2m
tulis penyelarasan dengan urutan konsensus di A2M

-ofas
tulis penyelarasan dengan urutan konsensus di FASTA

-v
mode verbose: 0: tidak ada output layar 1: hanya waring 2: verbose

Filter memasukkan penjajaran (pilihan bisa be gabungan):
-Indo [0,100] identitas urutan berpasangan maksimum (%) (def=100)

-berbeda [0,inf[ memfilter rangkaian urutan yang paling beragam, setidaknya simpan ini

banyak urutan di setiap blok >50 kolom (def=0)

-cov [0,100] cakupan minimum dengan kueri (%) (def=0)

-qid [0,100] identitas urutan minimum dengan kueri (%) (def=0)

-qsc [0,100] skor minimum per kolom dengan kueri (def=-20.0)

Memasukkan penjajaran format:
-M a2m menggunakan A2M/A3M (default): huruf besar = Cocok; huruf kecil = Sisipkan; '-' = Hapus; '.' =
celah sejajar dengan sisipan (dapat dihilangkan)

-M pertama
gunakan FASTA: kolom dengan residu di urutan pertama adalah status kecocokan

-M [0,100]
gunakan FASTA: kolom dengan celah kurang dari X% adalah status kecocokan

Lainnya pilihan:
-tambahan tambahkan informasi struktur sekunder yang diprediksi dari PSIPRED

Contoh: hhkonsensus -i stdin -s stdout

Gunakan hhconsensus online menggunakan layanan onworks.net