hmmalign - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

hmmalign - menyelaraskan urutan ke profil HMM

RINGKASAN

hmmmalign [pilihan]

DESKRIPSI

Lakukan penyelarasan beberapa urutan dari semua urutan di dengan menyelaraskannya
secara individual ke profil HMM di . Perataan baru adalah output ke stdout in
format Stockholm.

Grafik harus hanya berisi satu profil. Jika berisi lebih banyak, hanya yang pertama
profile dalam file yang akan digunakan.

Salah satu or (tapi tidak keduanya) mungkin '-' (tanda hubung), yang berarti membaca ini
masukan dari stdin bukannya file.

Urutan dalam disejajarkan dalam mode penyelarasan lokal unitit. Oleh karena itu mereka
seharusnya sudah diketahui hanya berisi satu domain (atau fragmen dari satu domain). NS
keselarasan optimal dapat menetapkan beberapa residu sebagai nonhomolog (keadaan N dan C), di mana
kasus residu ini masih termasuk dalam keselarasan yang dihasilkan, tetapi didorong ke luar
tepi. Untuk memangkas residu nonhomolog yang tidak selaras ini dari hasilnya, lihat: --memangkas
.

PILIHAN

-h Membantu; cetak pengingat singkat tentang penggunaan baris perintah dan semua opsi yang tersedia.

-o Arahkan penyelarasan output ke file , daripada ke stdout.

--mapali
Gabungkan perataan yang ada dalam file ke dalam hasil, di mana adalah persis
keselarasan yang sama yang digunakan untuk membangun model di . Ini dilakukan dengan menggunakan
peta kolom penyelarasan ke posisi profil konsensus yang disimpan di
. Beberapa keselarasan di akan persis direproduksi dalam nya
kolom konsensus (seperti yang didefinisikan oleh profil), tetapi perataan yang ditampilkan di
kolom sisipan dapat diubah, karena sisipan relatif terhadap profil adalah
dianggap oleh konvensi sebagai data yang tidak selaras.

--memangkas Pangkas residu nonhomolog (ditugaskan ke status N dan C dalam keberpihakan optimal)
dari beberapa keluaran keselarasan yang dihasilkan.

--amino
Tentukan bahwa semua urutan dalam adalah protein. Secara default, tipe alfabet adalah
autodetected dari melihat komposisi residu.

--dna Tentukan bahwa semua urutan dalam adalah DNA.

--rna Tentukan bahwa semua urutan dalam adalah RNA.

--informasi
Nyatakan bahwa inputnya dalam format . Format file urutan yang diterima
termasuk FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm, dan SELEX. Standarnya adalah untuk
otomatis mendeteksi format file.

--format
Tentukan bahwa beberapa penyelarasan output dalam format . Saat ini
menerima beberapa format file urutan penyelarasan hanya mencakup Stockholm dan SELEX.

Gunakan hmmalign online menggunakan layanan onworks.net