hmmer - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

HMMER - profil HMM untuk analisis urutan biologis

RINGKASAN

hmmmalign
Sejajarkan urutan ke profil

hmm membangun
Bangun profil dari beberapa perataan urutan

hmm konversi
Konversi file profil ke berbagai format HMMER dan non-HMMER

hmmm
Contoh urutan dari profil

hmm ambil
Ambil profil HMM dari file

hmmpgmd
Daemon digunakan untuk server web hmmer.org, untuk pencarian seperti phmmer-, hmmsearch-, dan hmmscan

hmmmpress
Siapkan database HMM untuk hmmscan

hmscan
Cari urutan protein terhadap database profil protein

hmm cari
Cari profil protein terhadap database urutan protein

hmmm
Kumpulkan distribusi skor profil pada urutan acak

hmmstat
Statistik ringkasan untuk file profil

bodoh
Pencarian berulang dari urutan protein terhadap database urutan protein

tidak
Cari urutan nukleotida, keselarasan, atau profil terhadap urutan nukleotida
Database

nhmmscan
Cari urutan nukleotida terhadap database profil nukleotida

phmmer
Cari urutan protein terhadap database urutan protein

DESKRIPSI

HMMER adalah rangkaian dari beberapa program untuk penyelarasan dan basis data urutan biologis
pencarian homologi. Ini menggunakan model probabilistik yang disebut "model Markov profil tersembunyi"
(profil HMM) untuk mewakili kemungkinan homolog evolusioner dari urutan tunggal atau a
beberapa keselarasan dari keluarga urutan. Sebuah jalan utama penelitian adalah untuk meningkatkan
model prediksi evolusioner di HMMER untuk dapat mengenali dan menyelaraskan secara akurat
homolog semakin jauh, jauh dalam waktu.

HMMER juga digunakan sebagai alat organisasi, untuk mengelompokkan jumlah yang tumbuh secara eksponensial
urutan biologis menjadi satu set yang jauh lebih kecil dari keluarga urutan beranotasi dengan baik. Baru
urutan dapat dijelaskan dengan perbandingan terhadap database keluarga urutan yang dikuratori dari
profil HMMER prebuilt, sebagai tambahan atau bukan perbandingan dengan seluruh urutan
basis data. Basis data seperti Pfam, SMART, dan TIGRfams, antara lain, didasarkan pada ini
prinsip.

HMMER digunakan dalam tiga mode utama: untuk mencari database urutan untuk homolog baru dari a
urutan atau keluarga urutan; untuk mencari database profil (seperti Pfam) untuk menemukan apa yang diketahui
keluarga urutan kueri milik, atau domain apa yang dimilikinya; dan untuk secara otomatis membangun
beberapa keberpihakan besar (yaitu dengan jumlah urutan yang tidak terbatas secara efektif) menggunakan a
perwakilan profil dari keluarga urutan.

Misalkan Anda memiliki penyelarasan beberapa urutan dari keluarga urutan yang diminati, dan Anda
ingin mencari database urutan untuk homolog tambahan. NS hmm membangun pembuatan program
profil dari beberapa perataan. NS hmm cari program pencarian profil protein
terhadap database urutan protein, dan tidak mencari profil nukleotida terhadap a
database urutan nukleotida.

Misalkan Anda memiliki satu urutan minat, dan Anda ingin mencari database urutan
untuk homolog tambahan. NS phmmer program mencari urutan protein tunggal terhadap a
database urutan protein. NS bodoh program melakukan hal yang sama tetapi berulang --
homolog yang terdeteksi di babak sebelumnya dimasukkan ke dalam profil baru, dan yang baru
profil dicari lagi. phmmer digunakan seperti BLASTP, dan bodoh digunakan seperti
protein PSI-BLAST. NS tidak program mencari urutan nukleotida tunggal terhadap a
urutan nukleotida.

Misalkan Anda memiliki urutan yang ingin Anda analisis menggunakan profil berbasis HMMER HMM
database seperti Pfam (http://pfam.sanger.ac.uk). Itu hmmmpress program memformat profil HMM
flatfile (seperti file yang akan Anda unduh dari Pfam) ke dalam database biner HMMER.
The hmscan program mencari urutan protein terhadap database itu. NS nhmmscan
program juga dapat mencari urutan nukleotida terhadap database yang ditekan dari
profil nukleotida, seperti dari Dfam (http://dfam.janelia.org).

Misalkan Anda ingin menyelaraskan banyak urutan. Anda dapat membangun sebuah kecil yang dapat dikelola
penyelarasan serangkaian urutan yang representatif, buat profil dengan hmm membangun, dan gunakan
hmmmalign program untuk menyelaraskan sejumlah urutan ke profil itu.

HMMER juga menyertakan beberapa alat bantu untuk bekerja dengan database profil besar.
hmm ambil mengambil satu atau lebih profil dari database. hmmstat mencetak statistik ringkasan
tentang file profil.

Untuk kompatibilitas dengan perangkat lunak profil lain dan versi HMMER sebelumnya,
hmm konversi program mengkonversi profil ke beberapa format lain. Kami bermaksud untuk menambahkan lebih banyak dukungan
untuk format lain dari waktu ke waktu.

The hmmm program menghasilkan (mensimulasikan) urutan "homolog" dengan mengambil sampel dari a
Profil. Itu juga dapat menghasilkan urutan "konsensus".

The hmmm program adalah simulator yang digunakan untuk mengumpulkan statistik tentang distribusi skor
pada urutan acak.

Setiap program memiliki halaman manualnya sendiri.

Gunakan hmmer online menggunakan layanan onworks.net