InggrisPerancisSpanyol

Ad


favorit OnWorks

impala - Online di Cloud

Jalankan impala di penyedia hosting gratis OnWorks melalui Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows, atau emulator online MAC OS

Ini adalah perintah impala yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS

PROGRAM:

NAMA


bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast, rpsblast,
seedtop - Alat Pencarian Perataan Lokal Dasar

RINGKASAN


bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I "awal berhenti"] [-J "awal berhenti"] [-M str]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a nama file] [-d N] [-e X] [-g F] -i nama file
-j nama file [-m] [-o nama file] -p str [-q N] [-r N] [-t N]

ledakan2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I "awal berhenti"]
[-J "awal berhenti"] [-K N] [-L] [-M str] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d str] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i nama file]
[-j nama file] [-k str] [-m N] [-n] [-o nama file] -p str [-q N] [-r N] [-S] [-T N] [-kamu]
[-v N] [-w N] [-y N] [-z N]

ledakan semua [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L mulai berhenti] [-M str] [-O nama file] [-P N] [-Q N] [-R nama file] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i nama file]
[-l str] [-m N] [-n] [-o nama file] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

blastall_old [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L mulai berhenti] [-M str] [-O nama file] [-P N] [-Q N] [-R nama file] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i nama file] [-l str]
[-m N] [-n] [-o nama file] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

ledakancl3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L mulai berhenti]
[-M str] [-O nama file] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i nama file] [-m N] [-n] [-o nama file] -p str [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u str] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastpgp [-] [-A N] [-B nama file] [-C nama file] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M str] [-N X] [-O nama file] [-P N] [-Q nama file] [-R nama file] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i nama file] [-j N] [-k nama file] [-l str] [-m N] [-o nama file] [-p str] [-q N] [-s]
[-t N[u]] [-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

impala [-] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M str] [-O nama file] [-P nama file]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-h X] [-i nama file] [-j N] [-m N] [-o nama file]
[-v N] [-y X] [-z N]

megablas [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L mulai berhenti] [-M N]
[-N N] [-O nama file] [-P N] [-Q nama file] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f] [-g F] [-i nama file] [-l str] [-m N] [-n]
[-o nama file] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

rpsblast [-] [-F str] [-I] [-J] [-L mulai berhenti] [-N X] [-O nama file] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d nama file [-e X] [-i nama file] [-l nama file] [-m N]
[-o nama file] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

puncak benih [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M str] [-O nama file]
[-S N] [-X N] [-d str] [-e X] [-f] [-i nama file] [-k nama file] [-o nama file] [-p str]
[-q N] [-r N]

DESKRIPSI


Halaman manual ini mendokumentasikan secara singkat perintah bl2seq, ledakan, ledakan semua, ledakancl3,
blastpgp, impala, megablas, rpsblast, dan puncak benih. Perintah-perintah ini didokumentasikan
bersama-sama karena mereka memiliki banyak pilihan umum.

bl2seq melakukan perbandingan antara dua urutan menggunakan blastn atau blastp
algoritma. Kedua urutan harus berupa nukleotida atau protein.

ledakan2 membandingkan urutan terhadap database lokal atau urutan kedua; dia
menggabungkan sebagian besar fungsi keduanya bl2seq dan ledakan semua, tetapi menggunakan semi-
mesin internal baru eksperimental.

ledakan semua dan blastall_old menemukan kecocokan terbaik dalam database lokal untuk suatu urutan.
ledakan semua menggunakan mesin yang lebih baru dari blastall_old secara default, tetapi mendukung penggunaan yang lebih lama
mesin juga (ketika dipanggil dengan opsi -V F).

ledakancl3 mengakses mesin pencari NCBI BLAST terbaru (versi 2.0). Perangkat lunak di belakang
BLAST versi 2.0 ditulis dari awal untuk memungkinkan BLAST menangani tantangan baru
ditimbulkan oleh database urutan di tahun-tahun mendatang. Pembaruan perangkat lunak ini akan
berlanjut di tahun-tahun mendatang.

blastpgp melakukan pencarian blastp gapped dan dapat digunakan untuk melakukan pencarian berulang di
mode psi-blast dan phi-blast.

impala mencari database matriks skor, disiapkan oleh peniru(1), menghasilkan seperti BLAST
output.

megablas menggunakan algoritma serakah dari Webb Miller et al. untuk urutan nukleotida
pencarian keselarasan dan menggabungkan banyak kueri untuk menghemat waktu yang dihabiskan untuk memindai database.
Program ini dioptimalkan untuk menyelaraskan urutan yang sedikit berbeda sebagai akibat dari
pengurutan atau "kesalahan" serupa lainnya. Ini hingga 10 kali lebih cepat daripada yang lebih umum
program kesamaan urutan dan oleh karena itu dapat digunakan untuk membandingkan dua set besar dengan cepat
urutan terhadap satu sama lain.

rpsblast (Reverse PSI-BLAST) mencari urutan kueri terhadap database profil.
Ini adalah kebalikan dari PSI-BLAST yang mencari profil terhadap database urutan,
maka 'Terbalik'. rpsblast menggunakan algoritma seperti BLAST, menemukan kata tunggal atau ganda
klik dan kemudian melakukan ekstensi tanpa celah pada kecocokan kandidat ini. Jika sebuah
keselarasan tanpa celah dengan skor cukup tinggi dihasilkan, perpanjangan celah dilakukan
dan keberpihakan (gapped) dengan nilai harapan yang cukup rendah dilaporkan. Ini
Prosedur ini berbeda dengan IMPALA yang melakukan perhitungan Smith-Waterman antara
kueri dan setiap profil, daripada menggunakan pendekatan klik kata untuk mengidentifikasi kecocokan yang
harus diperpanjang.

puncak benih menjawab dua pertanyaan yang relatif sederhana:
1. Diberikan urutan dan basis data pola, pola mana yang terjadi dalam urutan
dan dimana?
2. Diberikan pola dan database urutan, urutan mana yang berisi pola dan
dimana?

Beberapa dari perintah ini mendukung beberapa jenis perbandingan, diatur oleh -p
("program") bendera:

blastp membandingkan urutan kueri asam amino dengan database urutan protein.

blastn membandingkan urutan kueri nukleotida dengan database urutan nukleotida.

blastx membandingkan produk terjemahan konseptual enam bingkai dari kueri nukleotida
urutan (kedua untai) terhadap database urutan protein. Untuk bl2seq, yang
nukleotida harus menjadi urutan pertama yang diberikan.

psitblastn membandingkan urutan kueri protein dengan database urutan nukleotida
diterjemahkan secara dinamis di keenam kerangka bacaan (keduanya) menggunakan a
posisi matriks khusus yang dibuat oleh PSI-BLAST.

tblastn membandingkan urutan kueri protein dengan database urutan nukleotida
diterjemahkan secara dinamis di semua enam bingkai bacaan (keduanya). Untuk bl2seq,
nukleotida harus menjadi urutan kedua yang diberikan.

tblastx membandingkan terjemahan enam bingkai dari urutan kueri nukleotida terhadap
terjemahan enam-bingkai dari database urutan nukleotida.

PILIHAN


Ringkasan opsi disertakan di bawah ini.

- Cetak pesan penggunaan

-A (bl2seq)
Urutan input dalam bentuk accession.version

-A N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast)
Ukuran jendela Beberapa Hit; umumnya default ke 0 (untuk ekstensi single-hit), tapi
default ke 40 saat menggunakan template terpisah.

-B N (ledakan2)
Menghasilkan output saat itu juga:
0 tidak ada (bawaan)
1 tabel offset dan nilai kualitas
2 tambahkan data urutan
3 teks ASN.1
4 biner ASN.1

-B N (ledakan, ledakan_tua)
Jumlah kueri gabungan, dalam mode blastn atau tblastn

-B nama file (ledakanpgp)
Masukan Alignment File untuk PSI-BLAST Restart

-C X (ledakan2, ledakanall, blastall_old, blastcl3)
Gunakan statistik berbasis komposisi untuk blastp atau tblastn:
T, t, D, atau d
Bawaan (setara dengan 1 untuk ledakan2 dan blastall_old dan untuk 2 untuk ledakan semua
dan ledakancl3)
0, F, atau f
Tidak ada statistik berbasis komposisi
1 Statistik berbasis komposisi seperti pada Nar 29:2994-3005, 2001
2 Penyesuaian skor berbasis komposisi seperti pada Bioinformatika 21:902-911, 2005,
dikondisikan pada properti urutan
3 Penyesuaian skor berbasis komposisi seperti pada Bioinformatika 21:902-911, 2005,
tanpa syarat
Saat mengaktifkan statistik di blastall, blastall_old, atau blastcl3 (yaitu, bukan ledakan2),
menambahkan u (tidak peka huruf besar/kecil) ke mode memungkinkan penggunaan nilai-p terpadu
menggabungkan keselarasan dan nilai p komposisi di putaran 1 saja.

-C nama file (ledakanpgp)
File Keluaran untuk Pos Pemeriksaan PSI-BLAST

-C N (biji bibit)
Skor saja atau tidak (default = 1)

-D N (bl2seq)
Format output:
0 tradisional (default)
1 tabel

-D N (ledakan2, ledakanall, blastall_old, blastcl3)
Terjemahkan urutan dalam database sesuai dengan kode genetik N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (defaultnya adalah 1; hanya berlaku untuk tblast*)

-D N (megablas)
Jenis keluaran:
0 titik akhir penyelarasan dan skor
1 semua titik akhir segmen yang tidak terbuka
2 keluaran BLAST tradisional (default)
3 format satu baris yang dibatasi tab
4 teks tambahan ASN.1
5 biner tambahan ASN.1

-D N (biji bibit)
Penurunan biaya untuk menyelaraskan (default = 99999)

-E N (bl2seq, blastcl3, megaledakan)
Memperpanjang kesenjangan biaya N (-1 memanggil perilaku default)

-E N (ledakan2, ledakanall, blastall_old)
Memperpanjang kesenjangan biaya N (-1 memanggil perilaku default: non-affine jika serakah, 2
sebaliknya)

-E N (blastpgp, impala, seedtop)
Memperpanjang kesenjangan biaya N (defaultnya adalah 1)

-F str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastpgp,
blastcl3, impala, megablast, rpsblast) Opsi filter untuk DUST atau SEG; default untuk
T untuk bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, dan megablast, dan untuk F untuk
blastpgp, impala, dan rpsblast.

-F (biji bibit)
Filter urutan dengan SEG.

-G N (bl2seq, blastcl3, megaledakan)
Membuka biaya celah N (-1 memanggil perilaku default)

-G N (ledakan2, ledakanall, blastall_old)
Membuka biaya celah N (-1 memanggil perilaku default: non-affine jika serakah, 5 jika
menggunakan pemrograman dinamis)

-G N (blastpgp, impala, seedtop)
Membuka biaya celah N (defaultnya adalah 11)

-H (ledakan2)
Menghasilkan keluaran HTML

-H N (ledakanpgp)
Akhir wilayah yang diperlukan dalam kueri (-1 menunjukkan akhir kueri)

-H (impala)
Bantuan cetak (berbeda dari pesan penggunaan)

-H N (megablas)
Jumlah maksimum HSP untuk disimpan per urutan basis data (default adalah 0, tidak terbatas)

-I "awal berhenti" (bl2seq, ledakan2)
Lokasi pada urutan (permintaan) pertama (hanya berlaku jika file ditentukan dengan -i mengandung
satu urutan)

-I (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) Tampilkan GI di deflines

-J "awal berhenti" (bl2seq, ledakan2)
Lokasi pada urutan kedua (subjek) (berlaku hanya jika file ditentukan dengan -j
berisi satu urutan)

-J (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) Percayai kueri defline

-K N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Jumlah hits terbaik dari suatu wilayah untuk disimpan. Mati secara default. Jika digunakan nilai 100
direkomendasikan. Nilai yang sangat tinggi -v or -b juga disarankan.

-K N (biji bibit)
Pengganda ukuran buffer hit internal (panjang kueri wrt; default = 2)

-L (ledakan2)
Gunakan tabel pencarian (Mega BLAST klasik) dengan lebar 12

-L mulai berhenti (blastall, blastall_old, blastcl3, megablast,
rpsblast) Lokasi pada urutan kueri (untuk rpsblast, hanya berlaku dalam mode blastp)

-M str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, seedtop) Gunakan matriks str (standar = BLOSUM62)

-M N (megablas)
Panjang total kueri maksimal untuk satu penelusuran (default = 5000000)

-N (ledakan2)
Tampilkan hanya aksesi untuk ID urutan dalam output tabel

-N X (ledakanpgp, rpsledakan)
Jumlah bit untuk memicu gapping (default = 22.0)

-N N (megablas)
Jenis templat kata yang tidak bersebelahan:
0 pengkodean (default)
1 optimal
2 dua secara bersamaan

-O nama file (ledakan, ledakan_tua, ledakancl3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, seedtop) Tulis (ASN.1) perataan urutan
untuk nama file; hanya berlaku untuk blastpgp, impala, rpsblast, dan seedtop dengan -J, dan
hanya berlaku untuk megablast dengan -D2.

-P X (ledakan2)
Batas persentase identitas

-P N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, rpsblast)
Atur ke 1 untuk mode single-hit atau 0 untuk mode multiple-hit (default). Tidak berlaku
untuk meledak.

-P nama file (impala)
Baca profil matriks dari database nama file

-P N (megablas)
Jumlah maksimum posisi untuk nilai hash (diatur ke 0 [default] untuk diabaikan)

-Q N (ledakan2, ledakanall, blastall_old, blastcl3)
Terjemahkan kueri menurut kode genetik N di /usr/share/ncbi/data/gc.prt (default
adalah 1)

-Q nama file (ledakanpgp)
File Output untuk Matriks PSI-BLAST di ASCII

-Q nama file (megablas)
Keluaran kueri bertopeng; memerlukan -D 2

-R (ledakan2)
Hitung keberpihakan Smith-Waterman yang optimal secara lokal. (Opsi ini hanya tersedia
untuk gapped tblastn.)

-R nama file (ledakan, ledakan_tua)
Baca file pos pemeriksaan PSI-TBLASTN nama file

-R (ledakancl3)
Pencarian ledakan RPS

-R nama file (ledakanpgp)
File Masukan untuk Restart PSI-BLAST

-R (megablas)
Laporkan informasi log di akhir keluaran

-S N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast) Untaian kueri untuk mencari basis data untuk blastn, blastx, tblastx:
1 atas
2 bawah
3 keduanya (default)

-S N (ledakanpgp)
Awal wilayah yang diperlukan dalam kueri (default = 1)

-S N (biji bibit)
Biaya pisah batas (default = 30)

-T (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) Menghasilkan keluaran HTML

-T N (ledakan2)
Jenis templat kata yang tidak bersebelahan:
0 pengkodean (default)
1 optimal
2 dua secara bersamaan

-U (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) Gunakan pemfilteran huruf kecil untuk urutan kueri

-V (bl2seq, ledakan, megaledakan)
Paksa penggunaan mesin lawas

-V (ledakan2)
Gunakan pendekatan ukuran kata variabel untuk pemindaian basis data

-W N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Gunakan kata-kata ukuran N (panjang kecocokan terbaik;
zero memanggil perilaku default, kecuali dengan megablast, yang defaultnya adalah 28, dan
blastpgp, yang default ke 3. Nilai default untuk perintah lain bervariasi dengan
"program": 11 untuk blastn, 28 untuk megablast, dan 3 untuk yang lainnya.)

-X N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast, seedtop) Nilai penurunan X untuk penyelarasan celah (dalam
bit) (nol memanggil perilaku default, kecuali dengan megablast, yang defaultnya adalah 20,
dan rpsblast dan seedtop, yang defaultnya adalah 15. Nilai default untuk yang lainnya
perintah bervariasi dengan "program": 30 untuk blastn, 20 untuk megablast, 0 untuk tblastx, dan
15 untuk yang lainnya.)

-Y X (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Panjang efektif ruang pencarian (gunakan nol untuk
ukuran sebenarnya)

-Z N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
megablast, rpsblast) Nilai drop-off X untuk [pemrograman dinamis?] akhir dengan gap
keselarasan dalam bit (default adalah 100 untuk blastn dan megablast, 0 untuk tblastx, 25 untuk
yang lain)

-a nama file (bl2seq)
Tulis teks output ASN.1 ke nama file

-a N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Jumlah utas yang digunakan (default adalah satu)

-b N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Jumlah urutan basis data untuk menunjukkan keberpihakan untuk
(B) (default adalah 250)

-c (ledakan2)
Tutup huruf kecil

-c N (impala)
Konstan dalam pseudocounts untuk versi multipass; 0 (default) menggunakan metode entropi;
jika tidak, nilai mendekati 30 direkomendasikan

-c N (impala)
Konstan dalam pseudocounts untuk versi multipass (default adalah 10)

-d N (bl2seq)
Gunakan ukuran DB teoritis dari N (nol berarti ukuran sebenarnya)

-d str (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, seedtop) Basis data yang akan digunakan (default adalah nr untuk semua yang dapat dieksekusi
kecuali blast2, yang membutuhkan urutan FASTA kedua jika ini tidak disetel)

-d nama file (ledakan rps)
Basis Data RPS BLAST

-e X Nilai harapan (E) (default = 10.0)

-f X (ledakan2, ledakanall, blastall_old, blastcl3)
Ambang batas untuk memperpanjang hit, default jika nol: 0 untuk blastn dan megablast, 11 untuk
blastp, 12 untuk blastx, dan 13 untuk tblasn dan tblastx.

-f N (ledakanpgp)
Ambang batas untuk memperluas klik (default 11)

-f (megablas)
Tampilkan ID lengkap di output (default: hanya GI atau aksesi)

-f (biji bibit)
Paksa mencari pola bahkan jika itu terlalu mungkin

-g F (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3)
Jangan lakukan perataan gapped (T/A untuk tblastx)

-g (ledakan2)
Gunakan algoritma serakah untuk ekstensi gapped

-g F (megablas)
Buat megablast yang terpisah menghasilkan kata-kata untuk setiap basis basis data
(wajib dengan mesin BLAST saat ini)

-h N (ledakan2)
Hukuman pergeseran bingkai untuk celah di luar bingkai (hanya blastx, tblastn; defaultnya adalah
nol)

-h X (blastpgp, impala)
ambang e-nilai untuk dimasukkan dalam model multipass (default = 0.002 untuk blastpgp,
0.005 untuk impala)

-i nama file
Baca (pertama, kueri) urutan atau atur dari nama file (defaultnya adalah stdin; tidak diperlukan untuk
blastpgp jika memulai ulang dari scoremat)

-j nama file (bl2seq, ledakan2)
Baca urutan (subjek) kedua atau atur dari nama file

-j N (ledakanpgp)
Jumlah maksimum pass untuk digunakan dalam versi multipass (default = 1)

-k str (ledakan2)
Pola untuk PHI-BLAST

-k nama file (blastpgp, seedtop)
Masukkan file hit untuk PHI-BLAST (default = hit_file)

-l str (blastall, blastall_old, blastpgp, megaledakan)
Batasi pencarian database ke daftar [String] GI

-l nama file (ledakan rps)
Masuk pesan ke nama file daripada kesalahan standar.

-m (bl2seq)
Gunakan Mega Blast untuk pencarian

-m N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) opsi tampilan penyelarasan:
0 berpasangan (default)
1 berlabuh kueri menunjukkan identitas
2 pertanyaan-berlabuh, tidak ada identitas
3 berlabuh kueri datar, tunjukkan identitas
4 berlabuh kueri datar, tanpa identitas
5 pertanyaan-berlabuh, tidak ada identitas dan ujung tumpul
6 pertanyaan-berlabuh datar, tidak ada identitas dan ujung tumpul
7 keluaran XML Blast (tidak tersedia untuk impala)
8 tabular (tidak tersedia untuk impala)
9 tabel dengan baris komentar (tidak tersedia untuk impala)
10 teks ASN.1 (tidak tersedia untuk impala atau rpsblast)
11 ASN.1 biner (tidak tersedia untuk impala atau rpsblast)

-n (ledakan2)
Tampilkan GI dalam ID urutan

-n (ledakan, ledakan_lama, ledakancl3)
Pencarian MegaBlast

-n (megablas)
Gunakan ekstensi non-serakah (pemrograman dinamis) untuk skor kesenjangan affine

-o nama file
Tulis laporan penyelarasan akhir ke nama file daripada stdout

-p str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Gunakan "program" (jenis perbandingan) str. itu DESKRIPSI bagian mencakup ini
pilihan secara lebih rinci.

-p str (ledakanpgp)
pilihan program untuk PHI-BLAST (default = blastpgp)

-p X (megablas)
Batas persentase identitas (default = 0)

-p F (ledakan rps)
Urutan kueri adalah nukleotida, bukan protein

-p str (biji bibit)
nama program:
patmatchp menunjukkan pola mana yang terjadi secara berurutan
patternp menunjukkan urutan mana yang berisi pola

-q N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Hukuman untuk ketidakcocokan nukleotida (hanya blastn) (default = -10
untuk seedtop, -3 untuk yang lainnya)

-q N (ledakanpgp)
ASN.1 Scoremat input data posko:
0 tidak ada masukan skor (default)
1 restart dari file pos pemeriksaan scoremat ASCII
2 mulai ulang dari file pos pemeriksaan skor biner

-r N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Hadiah untuk kecocokan nukleotida (hanya blastn) (default = 10 untuk
seedtop, -10 untuk yang lainnya)

-s (ledakan2)
No-op (sebelumnya diminta menghasilkan kata-kata untuk setiap basis database)

-s (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Hitung keberpihakan Smith-Waterman yang optimal secara lokal. Untuk blastall, blastall_old, dan
blastcl3, ini hanya tersedia dalam mode tblastn gapped.

-s N (megablas)
Skor hit minimal untuk dilaporkan (0 untuk perilaku default)

-t N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Panjang templat kata yang terpisah (intron terbesar yang diizinkan dalam terjemahan
urutan nukleotida saat menghubungkan beberapa tugas yang berbeda; standar = 0;
nilai negatif menonaktifkan penautan untuk blastall, blastall_old, dan blastcl3.)

-t N[u] (ledakanpgp)
Penyesuaian skor berbasis komposisi. Karakter pertama ditafsirkan sebagai berikut:
0, F, atau f
tidak ada statistik berbasis komposisi
1 statistik berbasis komposisi seperti pada Nar 29:2994-3005, 2001
2, T, atau t
penyesuaian skor berbasis komposisi seperti pada Bioinformatika 21:902-911, 2005,
dikondisikan pada properti urutan di putaran 1 (default)
3 penyesuaian skor berbasis komposisi seperti pada Bioinformatika 21:902-911, 2005,
tanpa syarat di babak 1

Saat statistik berbasis komposisi sedang digunakan, tambahkan u (tidak peka huruf besar/kecil) terhadap
argumen meminta nilai p terpadu yang menggabungkan nilai p penyelarasan dan p- komposisi
nilai di babak 1 saja.

-t N (megablas)
Panjang templat kata yang tidak bersebelahan (kata yang bersebelahan jika 0 [default])

-u (ledakan2)
Lakukan hanya perataan tanpa celah (selalu BENAR untuk tblastx)

-u str (ledakancl3)
Batasi pencarian database ke hasil pencarian Entrez2

-u N (ledakanpgp)
ASN.1 keluaran Scoremat dari data pos pemeriksaan:
0 tidak ada keluaran scoremat (default)
1 output file pos pemeriksaan skor ASCII (memerlukan -J)
2 output file pos pemeriksaan skor biner (memerlukan -J)

-v N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Jumlah deskripsi satu baris untuk ditampilkan (V) (default =
500)

-w N (ledakan2)
Ukuran jendela (jarak maksimum yang diizinkan antara sepasang pukulan awal; 0 panggilan
perilaku default, -1 mematikan banyak klik)

-w N (ledakan, ledakan_lama, ledakancl3)
Penalti pergeseran bingkai (algoritma OOF untuk blastx)

-y X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, rpsblast) X dropoff untuk ekstensi yang tidak dibuka dalam bit (0.0 memanggil default
perilaku: 20 untuk blastn, 10 untuk megablast, dan 7 untuk yang lainnya.)

-y N (megablas)
Nilai dropoff X untuk ekstensi yang tidak dibuka (defaultnya adalah 10)

-z N (ledakan2)
Panjang intron terpanjang untuk tautan HSP celah yang tidak rata (hanya tblastn; defaultnya adalah 0)

-z N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala,
megablast, rpsblast) Panjang efektif database (gunakan nol untuk ukuran sebenarnya)

Gunakan impala online menggunakan layanan onworks.net


Server & Workstation Gratis

Unduh aplikasi Windows & Linux

  • 1
    DivFix + +
    DivFix + +
    DivFix++ adalah perbaikan video AVI Anda dan
    perangkat lunak pratinjau. Ini dirancang untuk perbaikan
    dan pratinjau file yang sedang diunduh
    dari ed2k(emule), torrent, gnutella, ftp...
    Unduh DivFix++
  • 2
    Komunitas JBoss
    Komunitas JBoss
    Proyek berbasis komunitas yang menampilkan
    inovasi terbaru untuk terdepan
    aplikasi. Proyek unggulan kami JBoss AS adalah
    Sumber Terbuka terkemuka,
    sesuai standar...
    Unduh Komunitas JBoss
  • 3
    Filer Django
    Filer Django
    django Filer adalah manajemen file
    aplikasi untuk Django yang membuat
    menangani file dan gambar dengan mudah.
    django-filer adalah manajemen berkas
    aplikasi untuk djang...
    Unduh Django Filer.dll
  • 4
    xCAT
    xCAT
    Toolkit Administrasi Klaster Ekstrim.
    xCAT adalah manajemen klaster yang dapat diskalakan
    dan alat penyediaan yang menyediakan
    kontrol perangkat keras, penemuan, dan OS
    disk/di...
    Unduh xCAT.dll
  • 5
    Psi
    Psi
    Psi adalah XMPP lintas platform yang kuat
    klien dirancang untuk pengguna berpengalaman.
    Ada build yang tersedia untuk MS
    Windows, GNU/Linux dan macOS.. Pemirsa:
    Pengguna akhir...
    Unduh Psi.dll
  • 6
    Bola Voli 2
    Bola Voli 2
    Kelanjutan resmi dari yang terkenal
    Game arkade Blobby Volley 1.x..
    Audiens: Pengguna Akhir/Desktop. Pengguna
    antarmuka: OpenGL, SDL. Pemrograman
    Bahasa: C++, Lua. C...
    Unduh Blobby Volley 2
  • Lebih banyak lagi »

Perintah Linux

Ad