Ini adalah perintah kmc yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
kmc - hitung kmer dalam urutan genomik
DESKRIPSI
KMC—K-mer Counter adalah utilitas yang dirancang untuk menghitung k-mers (urutan k . berurutan
simbol) dalam satu set bacaan dari proyek pengurutan genom.
RINGKASAN
kmc [opsi]
kmc [opsi] <@input_file_names>
PILIHAN
-v - mode verbose (menunjukkan semua pengaturan parameter); default: salah
-k- panjang k-mer (k dari 1 hingga 256; default: 25)
-m- jumlah maksimal RAM dalam GB (dari 1 hingga 1024); standar: 12
-sm - gunakan mode memori yang ketat (batas memori dari -msakelar tidak akan terlampaui)
-p- panjang tanda tangan (5, 6, 7, 8); standar: 7
-f- masukan dalam format FASTA (-fa), format FASTQ (-fq) atau mulit FASTA (-fm); bawaan:
CEPAT
-q[nilai] - gunakan penghitungan yang kompatibel dengan Quake dengan [nilai] mewakili kualitas terendah
(bawaan: 33)
-ini- mengecualikan k-mer yang muncul kurang dari kali (default: 2)
-cs- nilai maksimal penghitung (default: 255)
-cx- mengecualikan k-mers yang muncul lebih dari kali (default: 1e9)
-b - matikan transformasi k-mers menjadi bentuk kanonik
-r - aktifkan mode khusus RAM
-n- jumlah tempat sampah
-t- jumlah total utas (default: jumlah inti CPU)
-sf- jumlah utas bacaan FASTQ
-sp- jumlah utas pemisah
-sr- jumlah utas penyortir
-jadi- jumlah utas per penyortir tunggal
CONTOH
KMC -k27 -m24 NA19238.fastq NA.res \data\kmc_tmp_dir\
KMC -k27 -q -m24 @files.lst NA.res \data\kmc_tmp_dir\
Gunakan kmc online menggunakan layanan onworks.net
