kmer-mask - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

kmer-mask - kumpulan topeng dan filter urutan nukleotida menurut konten kmer

RINGKASAN

kmer-topeng {-novel|-dikonfirmasi} [-mdb mer-database] [-MS ukuran mer] [-edb database yang ada] [-m
ukuran minimal] [-e memperpanjang-ukuran] [-ambang rendah l] [-ambang batas h] [-t benang] [-v] [-h
histogram] [-memajukan|-menurunkan|-membuang] -1 di.1.fastq [-2 di.2.fastq] -o keluaran-awalan

DESKRIPSI

Masker dan filter set urutan (dianggap dibaca) oleh konten kmer. Penyamaran bisa
dilakukan untuk mempertahankan urutan baru yang tidak ada dalam database, atau untuk mempertahankan urutan yang dikonfirmasi saat ini
dalam database. Pemfilteran akan memisahkan urutan sepenuhnya, sebagian atau tidak ditutupi.

PILIHAN

-mdb mer-database
memuat masking kmers dari meril(1) mer-database

-MS ukuran mer

-edb database yang ada
simpan masking kmers ke adaDB(1) berkas database yang ada untuk restart lebih cepat

-1 di.1.fastq

-2 di.2.fastq
input membaca file dalam format fastq, fastq.gz, fastq.bz2 atau fastq.xz. Yang kedua adalah
opsional, tetapi mengacaukan klasifikasi output jika tidak ada.

-o di luar
awalan untuk pembacaan keluaran

di luar.bertopeng penuh.[12].fastq
membaca dengan basis 'lowthreshold' di bawah dipertahankan

di luar.bertopeng sebagian.[12].fastq
membaca di antara

di luar.ditahan.[12].fastq
membaca dengan lebih dari basis 'hightreshold' dipertahankan

di luar.dibuang.[12].fastq
membaca dengan status yang bertentangan

-m ukuran minimal
abaikan hit basis data di bawah banyak kmers berturut-turut ini (0)

-e memperpanjang-ukuran
perpanjang hit basis data di banyak kmers yang hilang ini (0)

-novel MEMPERTAHANKAN urutan novel tidak ada dalam database

-dikonfirmasi
MEMPERTAHANKAN urutan yang dikonfirmasi ada dalam database

-memajukan
promosikan bacaan yang DIPERTAHANKAN lebih rendah ke status bacaan yang lebih DIPERTAHANKAN
read1=sepenuhnya tertutup dan read2=tertutup sebagian -> keduanya tertutup sebagian

-menurunkan
turunkan bacaan yang lebih DIPERTAHANKAN ke status bacaan yang DIPERTAHANKAN lebih rendah
read1=sepenuhnya tertutup dan read2=tertutup sebagian -> keduanya tertutup sepenuhnya

-membuang
buang pasangan dengan status yang bertentangan (DEFAULT) read1=fullymasked and
read2=partiallymasked -> keduanya dibuang

statistik on stderr, jumlah of urutan dengan jumlah DIPERTAHANKAN:
-ambang rendah t
(0.3333)

-ambang batas t
(0.6667)

-h histogram
tulis histogram dari jumlah urutan yang DIPERTAHANKAN

-t t menggunakan t menghitung utas

-v menunjukkan kemajuan

Gunakan kmer-mask online menggunakan layanan onworks.net