linsi - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

mafft - Program penyelarasan ganda untuk urutan asam amino atau nukleotida

RINGKASAN

mafft [Pilihan] memasukkan [> keluaran]

jadi memasukkan [> keluaran]

Ginsi memasukkan [> keluaran]

einsi memasukkan [> keluaran]

fftnsi memasukkan [> keluaran]

fftns memasukkan [> keluaran]

baru memasukkan [> keluaran]

nwsi memasukkan [> keluaran]

profil-mafft group1 group2 [> keluaran]

memasukkan, group1 dan group2 harus dalam format FASTA.

DESKRIPSI

MAFFT adalah program penyelarasan beberapa urutan untuk sistem operasi mirip unix. Ini menawarkan
berbagai metode penyelarasan ganda.

Berorientasi pada akurasi metode:
· L-INS-i (mungkin paling akurat; direkomendasikan untuk <200 urutan; penyempurnaan berulang
metode yang menggabungkan informasi penyelarasan berpasangan lokal):

mafft --pasangan lokal --memaksimalkan 1000 memasukkan [> keluaran]

jadi memasukkan [> keluaran]

· G-INS-i (cocok untuk urutan dengan panjang yang sama; direkomendasikan untuk <200 urutan;
metode penyempurnaan berulang yang menggabungkan informasi penyelarasan berpasangan global):

mafft --pasangan global --memaksimalkan 1000 memasukkan [> keluaran]

Ginsi memasukkan [> keluaran]

· E-INS-i (cocok untuk urutan yang berisi daerah besar yang tidak dapat disejajarkan; direkomendasikan untuk
<200 urutan):

mafft --ep 0 --genafpair --memaksimalkan 1000 memasukkan [> keluaran]

einsi memasukkan [> keluaran]

Untuk E-INS-i, --ep 0 pilihan dianjurkan untuk memungkinkan kesenjangan besar.

Berorientasi kecepatan metode:
· FFT-NS-i (metode penyempurnaan berulang; hanya dua siklus):

mafft --retree 2 --memaksimalkan 2 memasukkan [> keluaran]

fftnsi memasukkan [> keluaran]

· FFT-NS-i (metode penyempurnaan berulang; maks. 1000 iterasi):

mafft --retree 2 --memaksimalkan 1000 memasukkan [> keluaran]

· FFT-NS-2 (cepat; metode progresif):

mafft --retree 2 --memaksimalkan 0 memasukkan [> keluaran]

fftns memasukkan [> keluaran]

· FFT-NS-1 (sangat cepat; direkomendasikan untuk >2000 urutan; metode progresif dengan kasar
pohon panduan):

mafft --retree 1 --memaksimalkan 0 memasukkan [> keluaran]

· NW-NS-i (metode penyempurnaan berulang tanpa pendekatan FFT; hanya dua siklus):

mafft --retree 2 --memaksimalkan 2 --tidak ada memasukkan [> keluaran]

nwsi memasukkan [> keluaran]

· NW-NS-2 (cepat; metode progresif tanpa pendekatan FFT):

mafft --retree 2 --memaksimalkan 0 --tidak ada memasukkan [> keluaran]

baru memasukkan [> keluaran]

· NW-NS-PartTree-1 (disarankan untuk ~10,000 hingga ~50,000 urutan; metode progresif
dengan algoritma PartTree):

mafft --retree 1 --memaksimalkan 0 --tidak ada --bagian pohon memasukkan [> keluaran]

Grup-ke-grup keberpihakan

profil-mafft group1 group2 [> keluaran]

atau:

mafft --memaksimalkan 1000 --benih group1 --benih group2 /dev/null [> keluaran]

PILIHAN

Algoritma
--mobil
Secara otomatis memilih strategi yang sesuai dari L-INS-i, FFT-NS-i dan FFT-NS-2,
sesuai dengan ukuran datanya. Default: mati (selalu FFT-NS-2)

---6merpair
Jarak dihitung berdasarkan jumlah 6mer yang dibagikan. Bawaan: aktif

--pasangan global
Semua keberpihakan berpasangan dihitung dengan algoritma Needleman-Wunsch. Lagi
akurat tetapi lebih lambat dari -6merpair. Cocok untuk satu set global alignable
urutan. Berlaku hingga ~200 urutan. Kombinasi dengan --maxiterate 1000
direkomendasikan (G-INS-i). Default: mati (jarak 6mer digunakan)

--pasangan lokal
Semua keberpihakan berpasangan dihitung dengan algoritma Smith-Waterman. Lebih tepat
tapi lebih lambat dari ---6merpair. Cocok untuk satu set urutan yang dapat disejajarkan secara lokal.
Berlaku hingga ~200 urutan. Kombinasi dengan --maxiterate 1000 adalah
direkomendasikan (L-INS-i). Default: mati (jarak 6mer digunakan)

--genafpair
Semua keberpihakan berpasangan dihitung dengan algoritma lokal dengan generalized
biaya kesenjangan affine (Altschul 1998). Lebih akurat tetapi lebih lambat dari ---6merpair. Sesuai
ketika kesenjangan internal yang besar diharapkan. Berlaku hingga ~200 urutan. A
kombinasi dengan --maxiterate 1000 direkomendasikan (E-INS-i). Bawaan: mati (6mer
jarak yang digunakan)

--fastapapair
Semua keberpihakan berpasangan dihitung dengan FASTA (Pearson dan Lipman 1988). CEPAT adalah
yg dibutuhkan. Default: mati (jarak 6mer digunakan)

--bobot jumlah
Faktor pembobotan untuk istilah konsistensi dihitung dari keberpihakan berpasangan. Sah
ketika salah satu dari --globalpair, --localpair, --genafpair, --fastapair atau --blastpair adalah
terpilih. Bawaan: 2.7

--retree jumlah
Pohon panduan dibangun jumlah kali dalam tahap progresif. Berlaku dengan jarak 6mer.
Standar: 2

--memaksimalkan jumlah
jumlah siklus perbaikan berulang dilakukan. Standar: 0

--fft
Gunakan pendekatan FFT dalam penyelarasan grup-ke-grup. Bawaan: aktif

--tidak ada
Jangan gunakan pendekatan FFT dalam penyelarasan grup-ke-grup. Bawaan: mati

--skor
Skor keselarasan tidak diperiksa dalam tahap penyempurnaan berulang. Default: mati (skor
diperiksa)

--memsimpan
Gunakan algoritma Myers-Miller (1988). Default: diaktifkan secara otomatis ketika
panjang keselarasan melebihi 10,000 (aa/nt).

--bagian pohon
Gunakan metode pembangunan pohon cepat (PartTree, Katoh dan Toh 2007) dengan jarak 6mer.
Direkomendasikan untuk memasukkan sejumlah besar (> ~10,000) urutan. Bawaan: mati

--dpparttree
Algoritma PartTree digunakan dengan jarak berdasarkan DP. Sedikit lebih akurat dan
lebih lambat dari --parttree. Direkomendasikan untuk sejumlah besar (> ~10,000) urutan adalah
memasukkan. Bawaan: mati

--fastaparttree
Algoritma PartTree digunakan dengan jarak berdasarkan FASTA. Sedikit lebih akurat
dan lebih lambat dari --parttree. Direkomendasikan untuk sejumlah besar (> ~10,000) urutan
adalah masukan. FAST diperlukan. Bawaan: mati

--ukuran bagian jumlah
Jumlah partisi dalam algoritma PartTree. Standar: 50

--ukuran grup jumlah
Jangan membuat keselarasan lebih besar dari jumlah urutan. Hanya valid dengan --*parttree
pilihan. Default: jumlah urutan input

Parameter
--op jumlah
Penalti pembukaan celah pada penyelarasan grup-ke-grup. Bawaan: 1.53

--ep jumlah
Nilai offset, yang berfungsi seperti penalti perpanjangan celah, untuk penyelarasan grup-ke-grup.
Standar: 0.123

--memangkas jumlah
Penalti pembukaan celah pada penyelarasan berpasangan lokal. Berlaku saat --localpair atau
--genafpair opsi dipilih. Bawaan: -2.00

--lep jumlah
Nilai offset pada penyelarasan berpasangan lokal. Berlaku saat --localpair atau --genafpair
opsi dipilih. Standar: 0.1

--lexp jumlah
Penalti perpanjangan celah pada penyelarasan berpasangan lokal. Berlaku saat --localpair atau
--genafpair opsi dipilih. Bawaan: -0.1

--MEMANGKAS jumlah
Penalti pembukaan celah untuk melewatkan keselarasan. Berlaku jika opsi --genafpair adalah
terpilih. Standar: -6.00

--LEXP jumlah
Penalti perpanjangan celah untuk melewati perataan. Berlaku jika opsi --genafpair adalah
terpilih. Bawaan: 0.00

--bl jumlah
BLOS jumlah matriks (Henikoff dan Henikoff 1992) digunakan. jumlah=30, 45, 62 atau 80.
Standar: 62

--jtt jumlah
JTT PAM jumlah (Jones et al. 1992) matriks digunakan. jumlah>0. Bawaan: BLOSUM62

--tm jumlah
PAM transmembran jumlah (Jones et al. 1994) matriks digunakan. jumlah>0. Bawaan:
BLOSUM62

--amatrix file matriks
Gunakan matriks penilaian AA yang ditentukan pengguna. Format dari file matriks adalah sama dengan
LEDAKAN. Diabaikan ketika urutan nukleotida dimasukkan. Bawaan: BLOSUM62

--model f
Masukkan informasi komposisi AA/nuc ke dalam matriks penilaian. Bawaan: mati

Keluaran
--clusterout
Format keluaran: format kluster. Default: mati (format fasta)

--masukan pesanan
Urutan keluaran: sama dengan masukan. Bawaan: aktif

--urutkan ulang
Urutan keluaran: sejajar. Default: mati (urutan masukan)

--treeout
Pohon panduan adalah output ke memasukkanberkas .pohon. Bawaan: mati

--diam
Jangan laporkan kemajuan. Bawaan: mati

Memasukkan
--nuk
Asumsikan urutannya adalah nukleotida. Bawaan: otomatis

--amino
Asumsikan urutannya adalah asam amino. Bawaan: otomatis

--benih keselarasan1 [--benih keselarasan2 --benih keselarasan3 ...]
Penjajaran benih diberikan dalam keselarasan_n (format fasta) disejajarkan dengan urutan di
memasukkan. Keselarasan dalam setiap benih dipertahankan.

Gunakan linsi online menggunakan layanan onworks.net