EnglishFrenchSpanish

Jalankan server | Ubuntu > | Fedora > |


favorit OnWorks

locuspocus - Online di Cloud

Jalankan locuspocus di penyedia hosting gratis OnWorks melalui Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows, atau emulator online MAC OS

Ini adalah locuspocus perintah yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS

PROGRAM:

NAMA


locuspocus - hitung koordinat lokus untuk anotasi gen yang diberikan

RINGKASAN


lokuspokus [Pilihan] gff3file1 [gff3file2 gff3file3 ...]

DESKRIPSI


Opsi dasar:

-d|--debug
cetak pesan debug terperinci ke terminal (kesalahan standar)

-h|--bantuan
cetak pesan bantuan ini dan keluar

-v|--versi
cetak nomor versi dan keluar

penguraian iLocus:

-l|--delta: INT
saat mem-parsing lokus interval, gunakan delta berikut untuk memperluas lokus gen dan sertakan
daerah regulasi potensial; standarnya adalah 500

-s|--lewati
saat menghitung lokus interval, singkirkan yang tidak diberi notasi (dan mungkin tidak lengkap)
iLoci di kedua ujung urutan

-e|--saja
laporkan hanya fragmen iLocus yang tidak lengkap di ujung urutan yang tidak diberi notasi
(pelengkap dari --skipends)

-y|--skipiilocci
jangan laporkan iLoci intergenik

Opsi penyempurnaan:

-r|--haluskan
secara default gen dikelompokkan dalam iLocus yang sama jika mereka memiliki tumpang tindih; 'menyaring'
mode memungkinkan penanganan gen yang tumpang tindih yang lebih bernuansa

-c|--cd
gunakan CDS daripada UTR untuk menentukan tumpang tindih gen; menyiratkan mode 'haluskan'

-m|--minoverlap: INT
jumlah minimum nukleotida dua gen harus tumpang tindih untuk dikelompokkan dalam yang sama
iLokus; defaultnya adalah 1

Pilihan keluaran:

-n|--namefmt: STR
berikan string format gaya printf untuk mengganti format ID default untuk yang baru
lokus yang dibuat; defaultnya adalah 'locus%lu' (locus1, locus2, dll) untuk lokus dan 'iLocus%lu'
(iLocus1, iLocus2, dll) untuk lokus interval; perhatikan format string harus menyertakan a
penentu %lu tunggal untuk diisi dengan nilai integer panjang yang tidak ditandatangani

-i|--ilens: FILE
buat file dengan panjang masing-masing iLocus intergenik

-g|--peta gen: FILE
cetak pemetaan dari setiap anotasi gen ke lokus yang sesuai dengan yang diberikan
fillet

-o|--outfile: FILE
nama file yang hasilnya akan ditulis; defaultnya adalah terminal (standar
keluaran)

-T|--retainid
mempertahankan ID fitur asli dari file input; konflik akan muncul jika input
berisi nilai ID yang digandakan

-t|--transmap: FILE
cetak pemetaan dari setiap anotasi transkrip ke lokus yang sesuai ke
file yang diberikan

-V|--verbose
sertakan semua subfitur lokus (gen, RNA, dll) dalam output GFF3; bawaan
hanya mencakup fitur lokus

Opsi masukan:

-f|--filter: JENIS
daftar jenis fitur yang dipisahkan koma untuk digunakan dalam membangun loci/iLoci; defaultnya adalah
'gen'

-p|--induk: CT:PT
jika fitur tipe $CT ada tanpa induk, buat induk untuk fitur ini
dengan tipe $PT; misalnya, mRNA:gen akan membuat fitur gen sebagai induk untuk
fitur mRNA tingkat atas apa pun; opsi ini dapat ditentukan beberapa kali

-u|--semu
perbaiki pseudogen yang diberi label secara keliru

Gunakan locuspocus online menggunakan layanan onworks.net


Ad


Ad