macsyfinder - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

macsyfinder - halaman manual untuk macsyfinder 1.0.2

DESKRIPSI

penggunaan: macsyfinder [-h] [--sequence-db SEQUENCE_DB]

[--tipe db {unordered_replicon,order_replicon,gembase,unordered}]
[--replikon-topologi {linear,melingkar}] [--topologi-file TOPOLOGY_FILE] [--idx]
[--inter-gen-max-space INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE]
[--min-mandatory-gen-required MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED] [--min-gen-diperlukan MIN_GENES_REQUIRED
MIN_GENES_REQUIRED] [--max-nb-genes MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES] [--multi-lokus
MULTI_LOCI] [--hmmer HMMER_EXE] [--index-db INDEX_DB_EXE] [--e-pencarian nilai
E_VALUE_RES] [--i-evalue-pilih I_EVALUE_SEL] [--profil-cakupan COVERAGE_PROFILE]
[-d DEF_DIR] [-o OUT_DIR] [-r RES_SEARCH_DIR] [--akhiran-pencarian-res
RES_SEARCH_SUFFIX] [--res-ekstrak-akhiran RES_EXTRACT_SUFFIX] [-p PROFILE_DIR]
[--profil-akhiran PROFILE_SUFFIX] [-w WORKER_NB] [-v] [--log LOG_FILE] [--config
CFG_FILE] [--jalankan sebelumnya PREVIOUS_RUN] sistem [sistem ...]

MacSyFinder adalah alat untuk mendeteksi sistem sekresi protein bakteri diderm
dari kumpulan data protein.

posisi argumen:
sistem
Sistem untuk mendeteksi. Ini adalah opsi wajib tanpa kata kunci yang terkait dengan
dia. Untuk mendeteksi semua sistem sekresi protein dan pelengkap terkait: setel ke
"semua" (tidak peka huruf besar/kecil). Jika tidak, satu atau beberapa sistem dapat ditentukan.
Misalnya: "T2SS T4P".

opsional argumen:
-h, --membantu
tunjukkan pesan bantuan ini dan keluar

Memasukkan kumpulan data pilihan:
--urutan-db URUTAN_DB
Jalur ke kumpulan data urutan dalam format fasta.

--tipe-db {replikon_tidak diurutkan,replikon_dipesan,gembase,tidak diurutkan}
Jenis kumpulan data yang harus ditangani. "unordered_replicon" sesuai dengan
genom non-rakitan, "tidak berurutan" ke set data metagenomik, "dipesan_replikon" ke
genom yang dirakit, dan "gembase" ke satu set replika tempat pengidentifikasi urutan
ikuti konvensi ini: ">RepliconName SequenceID".

--replika-topologi {linier, melingkar}
Topologi replika (opsi ini hanya bermakna jika db_type adalah
'ordered_replicon' atau 'gembase'.

--topologi-file TOPOLOGI_FILE
Jalur file topologi. File topologi memungkinkan seseorang untuk menentukan topologi (linear atau
melingkar) untuk setiap replika (opsi ini hanya bermakna jika db_type adalah
'ordered_replicon' atau 'gembase'. File topologi adalah file tabular dengan dua
kolom: yang pertama adalah nama replika, dan yang kedua adalah topologi yang sesuai:
"Replika Linier"

--idx Memaksa untuk membangun indeks untuk kumpulan data urutan meskipun sebelumnya
dihitung dan ada di lokasi kumpulan data (default = False)

Sistem Energi deteksi pilihan:
--inter-gen-max-space INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE
Kriteria lokalisasi bersama: jumlah maksimum komponen yang tidak cocok dengan profil
diperbolehkan antara dua komponen yang cocok untuk dianggap berdekatan. Pilihan
hanya bermakna untuk kumpulan data 'dipesan'. Nilai pertama harus cocok dengan sistem, nilai
kedua untuk sejumlah komponen. Opsi ini dapat diulang beberapa kali:
"--inter-gen-max-space T2SS 12 --inter-gen-max-space Flagel 20"

--min-wajib-gen-diperlukan MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
Jumlah minimal gen wajib yang diperlukan untuk penilaian sistem. Pertama
nilai harus sesuai dengan nama sistem, nilai kedua ke bilangan bulat. Pilihan ini
dapat diulang beberapa kali: "--minmandatory-gen-required T2SS 15
--min-wajib gen-diperlukan Flagel 10"

--min-gen-diperlukan MIN_GENES_REQUIRED MIN_GENES_REQUIRED
Jumlah minimal gen yang diperlukan untuk penilaian sistem (termasuk keduanya)
komponen 'wajib' dan 'aksesori'). Nilai pertama harus sesuai dengan a
nama sistem, nilai kedua ke bilangan bulat. Opsi ini dapat diulang beberapa
kali: "--min-gen diperlukan T2SS 15 --min-gen-diperlukan Flagel 10"

--max-nb-gen MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES
Jumlah maksimal gen yang diperlukan untuk penilaian sistem. Nilai pertama harus
sesuai dengan nama sistem, nilai kedua bilangan bulat. Opsi ini dapat
diulang beberapa kali: "--max-nb-genes T2SS 5 --max-nb-gen Flagel 10

--multi-lokus MULTI_LOCI
Izinkan penyimpanan sistem multi-lokus untuk sistem yang ditentukan. Sistemnya adalah
ditentukan sebagai daftar yang dipisahkan koma (--multi-lokus sys1, sys2) defaultnya Salah

Opsi untuk Hmm eksekusi dan hit penyaringan:
--hmmer HMMER_EXE
Jalan ke program Hmmer.

--indeks-db INDEX_DB_EXE
Pengindeks yang akan digunakan untuk Hmmer. Nilainya dapat berupa 'makeblastdb' atau
'formatdb' atau jalur ke salah satu biner ini (default = makeblastb)

--e-nilai-pencarian E_VALUE_RES
Nilai elektronik maksimal untuk klik yang akan dilaporkan selama pencarian Hmmer. (bawaan = 1)

--i-evalu-select SAYA_EVALUE_SEL
Nilai elektronik independen maksimal untuk hit Hmmer dipilih untuk deteksi sistem.
(bawaan = 0.001)

--liputan-profil CAKUPAN_PROFILE
Cakupan profil minimal diperlukan dalam penyelarasan klik untuk memungkinkan pemilihan klik
untuk deteksi sistem. (standar = 0.5)

xtra pilihan:
-d DEF_DIR, --def DEF_DIR
Jalur ke file definisi sistem.

-o KELUAR_DIR, --keluar-dir KELUAR_DIR
Path ke direktori tempat menyimpan hasil. jika outdir ditentukan res-search-dir
akan diabaikan.

-r RES_SEARCH_DIR, --res-cari-dir RES_SEARCH_DIR
Jalur ke direktori tempat menyimpan direktori hasil pencarian MacSyFinder
(direktori kerja default saat ini).

--res-pencarian-akhiran RES_SEARCH_SUFFIX
Akhiran untuk diberikan ke file output mentah Hmmer.

--res-ekstrak-akhiran RES_EXTRACT_SUFFIX
Akhiran untuk diberikan ke file keluaran hit yang difilter.

-p PROFIL_DIR, --profil-dir PROFILE_DIR
Jalur ke direktori profil.

--profile-akhiran PROFILE_SUFFIX
Akhiran file profil. Untuk setiap elemen 'Gen', profil yang sesuai adalah
mencari di 'profile_dir', dalam file yang namanya berdasarkan nama Gene + the
akhiran profil. Misalnya, jika Gen diberi nama 'gspG' dan akhirannya adalah
'.hmm3', maka profil harus ditempatkan di lokasi yang ditentukan dan diberi nama
'gspG.hmm3'

Umum pilihan:
-w PEKERJA_NB, --pekerja PEKERJA_NB
Jumlah pekerja yang akan digunakan oleh MacSyFinder. Jika pengguna ingin menjalankan
MacSyFinder dalam mode multithread. (0 berarti semua core akan digunakan, default 1)

-v, --verbositas
Meningkatkan tingkat verbositas. Ada 4 level: Pesan kesalahan (default),
Peringatan (-v), Informasi (-vv) dan Debug.(-vvv)

--catatan LOG_FILE
Jalur ke direktori tempat menyimpan file log 'macsyfinder.log'.

--konfigurasi CFG_FILE
Jalur ke file konfigurasi MacSyFinder yang diduga akan digunakan.

--sebelumnya dijalankan SEBELUMNYA_JALANKAN
Jalur ke direktori run MacSyFinder sebelumnya. Ini memungkinkan seseorang untuk melewati Hmmer
langkah pencarian pada dataset yang sama, karena menggunakan hasil run sebelumnya dan dengan demikian parameter
tentang deteksi Hmmer. File konfigurasi dari proses sebelumnya ini adalah
digunakan. (konflik dengan pilihan --konfigurasi, --urutan-db, --profile-akhiran,
--resextract-akhiran, --e-nilai-res, --tipe-db, --hmmer)

Untuk detail selengkapnya, kunjungi situs web MacSyFinder dan lihat dokumentasi MacSyFinder.

Gunakan macsyfinder online menggunakan layanan onworks.net