mafft-homologs - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

mafft-homologs - menyelaraskan urutan bersama dengan homolog yang dikumpulkan secara otomatis dari
SwissProt melalui NCBI BLAST

RINGKASAN

homolog-mafft [Pilihan] memasukkan [> keluaran]

DESKRIPSI

Keakuratan penyelarasan beberapa urutan yang terkait jauh meningkat secara signifikan
ketika disejajarkan bersama dengan homolog dekat mereka. Alasan peningkatannya adalah
mungkin sama dengan PSI-BLAST. Artinya, posisi yang sangat dilestarikan
residu, yang memiliki banyak celah dan informasi tambahan lainnya dibawa dengan dekat
homolog. Menurut Katoh dkk. (2005), peningkatan dengan menambahkan homolog dekat adalah
10% atau lebih, yang sebanding dengan peningkatan dengan memasukkan informasi struktural
dari sepasang barisan. Mafft-homolog di server mafft berfungsi seperti ini:

1. Kumpulkan nomor (50 secara default) dari homolog dekat (E=1e-10 secara default) dari input
urutan

2. Sejajarkan urutan input dan homolog semuanya menggunakan strategi L-INS-i.

3. Hapus homolog.

PILIHAN

-a n
Jumlah urutan yang dikumpulkan (default: 50).

-e n
Nilai ambang (default: 1e-10).

-o xxx
Opsi untuk mafft (default: " --op 1.53 --ep 0.123 --maxiterate 1000 --localpair
--urutkan ulang").

-l
Secara lokal melakukan pencarian BLAST alih-alih NCBI BLAST (memerlukan diinstal secara lokal
BLAST dan database).

-f
Keluaran juga mengumpulkan homolog (default: off).

-w
seluruh urutan dikenakan pencarian BLAST (default: hanya wilayah yang selaras)

PERSYARATAN

Versi MAFFT > 5.58.

Salah satu dari

lynx (ketika server BLAST jarak jauh digunakan)

BLAST dan database urutan protein (bila BLAST lokal digunakan)

REFERENSI

Katoh, Kuma, Toh dan Miyata (Res. Asam Nukleat 33:511-518, 2005) MAFFT versi 5:
peningkatan akurasi beberapa urutan keselarasan.

Gunakan mafft-homolog online menggunakan layanan onworks.net