Ini adalah perintah masai_mapper yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa stasiun kerja online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
masai_mapper - Pemeta Masai
RINGKASAN
masai_mapper [OPSI]
DESKRIPSI
Masai adalah pembaca peta yang cepat dan akurat berdasarkan perkiraan benih dan banyak
mundur.
Lihat http://www.seqan.de/projects/masai for more information.
(c) Hak Cipta 2011-2012 oleh Enrico Siragusa.
-h, --membantu
Menampilkan pesan bantuan ini.
--Versi: kapan
Menampilkan informasi versi
Opsi Pemetaan:
-mm, --mode pemetaan STR
Pilih mode pemetaan. Salah satu dari semua, semua yang terbaik, dan yang terbaik. Default: apapun-terbaik.
-mb, --pemetaan-blok NUM
Jumlah maksimum pembacaan yang akan dipetakan sekaligus. Dalam jangkauan [10000..inf]. Bawaan:
2147483647.
-e, --kesalahan NUM
Jumlah maksimum kesalahan per pembacaan. Dalam kisaran [0..32]. Standar: 5.
-sl, --panjang biji NUM
Panjang biji minimal. Dalam jangkauan [10..100]. Standar: 33.
-ng, --tidak ada celah
Jangan sejajarkan bacaan dengan celah.
Opsi Indeks Genom:
-x, --indeks STR
Pilih jenis indeks genom. Salah satunya esa, sa, qgram, dan fm. Standar: sa.
-xp, --indeks-awalan STR
Tentukan nama awalan indeks genom. Default: gunakan awalan nama file genom.
Opsi Keluaran:
-o, --berkas keluaran FILE
Tentukan file keluaran. Default: gunakan awalan nama file reads. Jenis file yang valid
adalah: mentah dan sam.
-nc, --tanpa rokok
Jangan mengeluarkan string CIGAR. Ini hanya mempengaruhi keluaran SAM.
Opsi Debug:
-nv, --no-verifikasi
Jangan memverifikasi klik benih.
-nd, --tidak-membuang
Jangan membuang hasil.
-nm, --tidak-banyak
Nonaktifkan beberapa mundur.
VERSION
versi masai_mapper: 0.7.1 [14053] Pembaruan terakhir 2013-05-16
Gunakan masai_mapper online menggunakan layanan onworks.net
