maskfeate - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

maskfeat - Tulis urutan dengan fitur bertopeng

RINGKASAN

maskfeat -urutan seqall [-Jenis string] [-menurunkan toggle] -topeng string -outseq urutan

maskfeat -bantu

DESKRIPSI

maskfeat adalah program baris perintah dari EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paket Perangkat Lunak"). Ini adalah bagian dari grup perintah "Edit, Feature tables".

PILIHAN

Memasukkan bagian
-urutan seqall

Tambahan bagian
-Jenis string
Secara default, fitur apa pun di tabel fitur dengan tipe yang dimulai 'ulangi' akan disamarkan.
Anda dapat mengatur ini menjadi jenis fitur apa pun yang ingin Anda sembunyikan. Lihat
http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ untuk daftar jenis fitur EMBL dan lihat
Lampiran A dari manual pengguna Swissprot di http://www.expasy.org/sprot/userman.html
untuk daftar tipe fitur Swissprot. Jenisnya mungkin di-wilcard dengan menggunakan '*'. Jika
Anda ingin menutupi lebih dari satu jenis, pisahkan namanya dengan spasi atau koma, misalnya:
*UTR ulangi* Nilai default: ulangi*

-menurunkan toggle
Wilayah dapat 'ditutupi' dengan mengubah karakter urutan menjadi huruf kecil, beberapa
program non-EMBOSS misalnya fasta dapat menafsirkan ini sebagai wilayah bertopeng. Urutannya adalah
tidak berubah selain dari perubahan kasus. Anda mungkin ingin memastikan bahwa seluruh urutan
dalam huruf besar sebelum menutupi wilayah yang ditentukan menjadi huruf kecil dengan menggunakan
bendera '-makan malam'. Nilai default: N

-topeng string
Karakter yang digunakan saat masking. Defaultnya adalah 'X' untuk urutan protein, 'N' untuk nukleat
urutan. Jika karakter topeng diatur menjadi karakter SPACE atau karakter null,
kemudian urutannya 'bertopeng' dengan mengubahnya menjadi huruf kecil, seperti halnya
bendera '-huruf kecil'. Nilai default: @($(acdprotein)?X:N)

Keluaran bagian
-outseq urutan

Gunakan maskfeate online menggunakan layanan onworks.net