mauveToXMFA - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

addUnalignedIntervals - bagian dari paket mauveAligner
alignmentProjector - bagian dari paket mauveAligner
backbone_global_to_local - bagian dari paket mauveAligner
bbAnalyze - bagian dari paket mauveAligner
createBackboneMFA - bagian dari paket mauveAligner
getAlignmentWindows - bagian dari paket mauveAligner
getOrthologList - bagian dari paket mauveAligner
makeBadgerMatrix - bagian dari paket mauveAligner
mauveToXMFA - bagian dari paket mauveAligner
mfa2xmfa - bagian dari paket mauveAligner
projectAndStrip - bagian dari paket mauveAligner
randomGeneSample - bagian dari paket mauveAligner
scoreAlignment - bagian dari paket mauveAligner
stripGapColumns - bagian dari paket mauveAligner
stripSubsetLCBs - bagian dari paket mauveAligner
toGrimmFormat - bagian dari paket mauveAligner
toMultiFastA - bagian dari paket mauveAligner
toRawSequence - bagian dari paket mauveAligner
uniqueMerCount - bagian dari paket mauveAligner
uniquifyTrees - bagian dari paket mauveAligner
xmfa2maf - bagian dari paket mauveAligner

DESKRIPSI

Alat-alat ini termasuk dalam paket mauveAligner. Mereka tidak didokumentasikan secara eksplisit tetapi
sedang mencetak baris sinopsis yang diulang di sini.

tambahkan Interval Tidak Sejajar selang berkas> <keluaran selang berkas>

keselarasanProyektor xmfa> <keluaran xmfa> <mfa seq masukan> <mfa seq keluaran> <daftar of
urutan untuk termasuk, mulai at 0>

tulang punggung_global_ke_lokal <xmfa berkas> <tulang punggung berkas> <keluaran berkas>

bbAnalisis <xmfa berkas> <panduan pohon> <tulang punggung seqpos berkas> <tulang punggung col berkas> <diberi keterangan
seq indeks> <keluaran berkas>

indeks seq beranotasi dimulai dari 0.

buatBackboneMFA selang berkas> <keluaran MFA nama>

dapatkan AlignmentWindows <XMFA keselarasan> <jendela panjang> <jendela bergeser jumlah> <dasar keluaran
nama file>

dapatkanDaftarOrtholog dapatkanDaftarOrtholog xmfa> <tulang punggung seq berkas> <referensi genom> <CDS
ahli ortologi nama file> <CDS penjajaran mendasarkan nama>

makeBadgerMatrix makeBadgerMatrix xmfa> <keluaran luak berkas> <LCB mengkoordinasikan berkas>

ungu mudaToXMFA ungu mudaToXMFA <Ungu Strategi masukan> <XMFA keluaran>

mfa2xmfa <MFA penjajaran masukan> <XMFA penjajaran keluaran> [Tidak selaras CepatA keluaran]

proyekDanStrip xmfa> <keluaran xmfa> ...

Pengidentifikasi urutan numerik mulai dari 0.

sampelGen acak xmfa> <tulang punggung seq berkas> <sampel genom> <nomor of gen>
<keluaran mendasarkan nama> [acak benih]

skorAlignment <benar keselarasan> <dihitung keselarasan> [berevolusi urutan mengajukan] [slagan]

stripGapColumns XMFA> <keluaran XMFA>

stripSubsetLCB xmfa> bbcol> <keluaran xmfa> [menit AML ukuran] [menit genom]
[secara acak subsampel untuk X kb]

keGrimmFormat <Ungu Perataan> <genom 1 chr panjang>... N chr panjang>

keMultiFastA selang berkas> <keluaran mendasarkan nama>

untukMentahSequence urutan> <keluaran berkas>

unikMerCount <Diurutkan Mer Daftar>

uniquifyPohon <perhubungan memasukkan berkas> <perhubungan keluaran berkas>

Semua pohon dalam file input harus memiliki jumlah taksa dan takson yang sama
label

xmfa2maf <xmfa masukan> <maf keluaran>

Gunakan mauveToXMFA online menggunakan layanan onworks.net