Ini adalah perintah mcmc_analysis yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
mcmc_analysis - Analisis MCMC
RINGKASAN
mcmc_analisis [PILIHAN] Data MCMC ...
DESKRIPSI
Program ini membaca keluaran MCMC, dari satu atau beberapa file, dari program dalam BIP
kemasan. Penting bahwa kolom yang sama ada di setiap file input.
Masukkan format:
Output dari iterasi MCMC pada format
dimana
adalah logaritma dari kemungkinan dalam format float
adalah spasi tab yang memisahkan bidang
adalah bilangan bulat untuk ordinal dari iterasi
adalah daftar bidang yang dipisahkan oleh titik koma yang berisi
parameter MCMC.
Params MCMC diketik dan diberi nama oleh baris pertama dalam file,
yang ada di format
# L n [ ( )]+
Nama harus unik, tetapi tidak harus unik. NS adalah satu
of
mengapung
logfloat
bilangan bulat
pohon
pasangan ortologi
dan digunakan untuk menyimpulkan bagaimana mengurai dan menganalisis sisa baris.
Format output:
Sebuah laporan tentang MCMC run, dengan perkiraan posterior dari parameter.
PILIHAN
-b [MENGApung|INT]
Persentase (0 <= x <1), atau jumlah (x adalah bilangan bulat >= 1) dari input yang menjadi
dibuang sebagai burnin. Standar: 0.1.
-p STRING
Plot parameter bernama . Outputnya adalah dua kolom, nomor iterasi dan
nilai parameter dalam iterasi.
-i STRING
Abaikan parameter bernama. Lihat baris header di output MCMC untuk nama kolom. Anda
dapat memberi nama beberapa kolom sekaligus menggunakan format yang dibatasi koma, (mis. -i
Panjang, Nama). Tidak boleh ada spasi di antara nama kolom.
-t Keluarkan LaTex untuk analisis.
-l Hitung dan laporkan jumlah sampel dalam file input.
-mp NT Jumlah maksimum poin untuk diplot.
-sp Secara eksplisit menunjukkan titik-titik dalam plot.
-koda File keluaran untuk paket CODA dalam R
-pohon kode
Sama seperti -coda, tetapi menyertakan parameter pohon. Setiap pohon dikeluarkan sebagai ID bilangan bulat
(urutan kunjungan berantai, 1,2,...). Pastikan untuk menggunakan -i untuk menyembunyikan pohon apa pun
mengandung panjang/waktu/tarif.
-P Rantai paralel. Ini menyiratkan bahwa beberapa file sampel (paralel) terdaftar.
URL
Halaman rumah prime-phylo: http://prime.sbc.su.se
Gunakan mcmc_analysis online menggunakan layanan onworks.net
