mencair - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

peleburan - perhitungan tetangga terdekat dari hibridasi asam nukleat

RINGKASAN

Meltdown [Pilihan]

DESKRIPSI

Lebur menghitung, untuk dupleks asam nukleat, entalpi dan entropi heliks-
transisi koil, dan kemudian suhu lelehnya. Tiga jenis hibridisasi adalah
kemungkinan: DNA/DNA, DNA/RNA, dan RNA/RNA. Program ini menggunakan metode terdekat-
tetangga. Himpunan parameter termodinamika dapat dengan mudah diubah, misalnya
mengikuti terobosan eksperimental. Melting adalah program gratis dalam arti
ketentuan. Itu datang tanpa biaya dan open-source. Selain itu dikodekan dalam ISO C dan
dapat dikompilasi pada sistem operasi apa pun. Beberapa skrip Perl disediakan untuk menunjukkan caranya
mencair dapat digunakan sebagai blok untuk membangun program yang lebih ambisius.

PILIHAN

Opsi diperlakukan secara berurutan. Jika ada konflik antara nilai dua
pilihan, yang terakhir biasanya menghapus yang pertama.

-Afile.nn
Menginformasikan program yang akan digunakan file.nn sebagai alternatif himpunan tetangga terdekat
parameter, bukan default untuk jenis hibridisasi yang ditentukan. NS
distribusi standar peleburan menyediakan beberapa file siap pakai: semua97a.nn
(Allawi dkk 1997), bre86a.nn (Breslauer dkk 1986), san96a.nn (Santa Lucia dkk
1996) sug96a.nn (Sugimoto dkk 1996) san04a.nn (Santalucia dkk 2004) (DNA/DNA),
fre86a.nn (Freier dkk 1986), xia98a.nn (Xia et al 1998), (RNA/RNA), dan sug95a.nn
(Sugimoto dkk 1995), (DNA/RNA).

Program akan mencari file dalam direktori yang ditentukan selama
instalasi. Namun, jika variabel lingkungan NN_PATH didefinisikan, pencairan akan
cari yang ini dulu. Hati-hati, pilihannya -A mengubah parameter default
set ditentukan oleh opsi -H.

-Cpelengkap_urutan
Memasuki urutan komplementer, dari 3' sampai 5'. Opsi ini wajib jika ada
adalah ketidaksesuaian antara dua untai. Jika tidak digunakan, program akan menghitung
itu sebagai pelengkap dari urutan yang dimasukkan dengan opsi -S

-Ddnadnade.nn
Menginformasikan program untuk menggunakan file dnadnade.nn menghitung kontribusi dari
ujung menjuntai ke termodinamika transisi helix-coil. Ujung yang menjuntai adalah
tidak diperhitungkan oleh mode aproksimasi.

-Ffaktor
Ini adalah faktor koreksi yang digunakan untuk memodulasi efek asam nukleat
konsentrasi dalam perhitungan suhu leleh. Lihat bagian ALGORITMA
untuk rincian.

-Gx.xxe-xx
Konsentrasi magnesium (Tidak ada konsentrasi maksimum untuk saat ini). Efeknya
ion pada stabilitas termodinamika dupleks asam nukleat adalah kompleks,
dan fungsi koreksi adalah perkiraan kasar terbaik. Dipublikasikan
Rumus koreksi Tm untuk ion Mg2+ divalen dari Owczarzy et al(2008) bisa
memperhitungkan pengikatan kompetitif ion monovalen dan divalen pada DNA.
Namun rumus ini hanya untuk dupleks DNA.

-h Menampilkan bantuan singkat dan keluar dengan EXIT_SUCCESS.

-Hhibridisasi_type
Menentukan jenis hibridisasi. Ini akan mengatur set tetangga terdekat untuk digunakan jika
tidak ada set alternatif yang disediakan oleh opsi -A (ingat opsi sudah dibaca
berurutan). Selain itu parameter ini menentukan persamaan yang akan digunakan jika
panjang urutan melebihi batas penerapan pendekatan tetangga terdekat
(diatur secara sewenang-wenang oleh penulis). Nilai yang mungkin adalah DNA, dnarna dan rnadna
(sinonim), dan rnana. Untuk alasan kompatibilitas, nilai-nilai sebelumnya
versi pencairan A,B,C,F,R,S,T,U,W masih tersedia meskipun sangat
usang. Gunakan opsi -A membutuhkan seperangkat termodinamika alternatif
parameter. PENTING: Jika dupleks adalah heterodupleks DNA/RNA, urutan
Untai DNA harus dimasukkan dengan opsi -S

-Imasukan_file
Memberikan nama file input yang berisi parameter proses. masukan
harus berisi satu parameter per baris, diformat seperti pada baris perintah. pesanan
tidak penting, serta baris kosong. contoh:

###awal###
-Hdnadna
-Asug96a.nn
-SAGCTCGACTC
-CTCGAGTGAG
-N0.2
-P0.0001
-v
-Ksan96a

###akhir###

-ifile.nn
Menginformasikan program untuk menggunakan file.nn sebagai alternatif set pasangan inosin
parameter, bukan default untuk jenis hibridisasi yang ditentukan.
Distribusi standar peleburan menyediakan beberapa file siap pakai:
san05a.nn
(Santalucia et al 2005) untuk deoxyinosine dalam dupleks DNA, bre07a.nn (Brent M
Znosco
et al 2007) untuk inosin dalam dupleks RNA. Perhatikan bahwa tidak semua inosin
tidak cocok
pasangan goyangan telah diselidiki. Oleh karena itu tidak mungkin untuk
menghitung
Tm dari sebuah dupleks dengan pasangan inosin. Terlebih lagi, pasangan inosin itu bukan
diambil
diperhitungkan dengan mode aproksimasi.

-Kgaram_koreksi
Memungkinkan seseorang untuk memilih koreksi lain untuk konsentrasi dalam natrium. Saat ini,
seseorang dapat memilih antara basah91a, san96a, san98a. Lihat bagian ALGORITMA. TP. DUA.
"-k" "x.xxe-xx"
Konsentrasi kalium (Tidak ada konsentrasi maksimum untuk saat ini). Efeknya
dari ion
pada stabilitas termodinamika dupleks asam nukleat adalah kompleks, dan
mengoreksi
fungsi adalah perkiraan kasar terbaik. Koreksi Tm yang diterbitkan
rumus untuk
ion natrium dari Owczarzy et al (2008) juga berlaku untuk buffer
mengandung Tris atau
KCl. Ion monovalen K+, Na+, Tris+ menstabilkan dupleks DNA
dengan potensi yang sama, dan efeknya pada stabilitas dupleks bersifat aditif.
Namun rumus ini
hanya untuk dupleks DNA.

-L Mencetak informasi hukum dan keluar dengan EXIT_SUCCESS.

-Mdnadnamm.nn
Menginformasikan program untuk menggunakan file dnadnamm.nn menghitung kontribusi dari
ketidaksesuaian dengan termodinamika transisi helix-coil. Perhatikan bahwa tidak semua
pasangan Crick yang tidak cocok telah diselidiki. Oleh karena itu tidak mungkin
untuk menghitung Tm dari dupleks yang tidak cocok. Selain itu, ketidakcocokan itu tidak diambil
diperhitungkan dengan mode aproksimasi.

-Nx.xxe-xx
Konsentrasi natrium (antara 0 dan 10 M). Efek ion pada termodinamika
stabilitas dupleks asam nukleat adalah kompleks, dan fungsi koreksi
adalah perkiraan kasar terbaik. Selain itu, mereka umumnya hanya dapat diandalkan
untuk [Na+] milik [0.1,10M]. Jika tidak ada ion lain dalam
larutan, kita hanya dapat menggunakan koreksi natrium. Dalam kasus lain, kami menggunakan
Owczarzy
algoritma.

-Oberkas keluaran
Output diarahkan ke file ini bukan output standar. Nama dari
file dapat dihilangkan. Nama otomatis kemudian dibuat, dari bentuk
meltingYYYYMMMDD_HHhMMm.out (tentu saja, pada sistem yang sesuai dengan POSIX, Anda dapat meniru
ini dengan pengalihan stdout ke file yang dibuat dengan tanggal program).

-Px.xxe-xx
Konsentrasi untai asam nukleat berlebih (antara 0 dan 0.1 M).

-p Kembalikan direktori yang seharusnya berisi set parameter kalorimetrik dan
keluar dengan EXIT_SUCCESS. Jika variabel lingkungan NN_PATH diatur, itu dikembalikan.
Jika tidak, nilai yang ditentukan secara default selama kompilasi akan dikembalikan.

-q Matikan koreksi interaktif dari parameter yang salah dimasukkan. Berguna untuk lari
melalui server, atau skrip batch. Standarnya adalah OFF (yaitu interaktif aktif). NS
saklar bekerja di kedua arti. Oleh karena itu jika -q telah diatur dalam file input, yang lain
-q pada baris perintah akan mematikan mode diam (hal yang sama jika dua -q diatur
pada baris perintah yang sama).

-Surutan
Urutan satu untai dupleks asam nukleat, dimasukkan 5' sampai 3'. PENTING: Jika
itu adalah heteroduplex DNA / RNA, urutan untai DNA harus dimasukkan.
Uridine dan timidin dianggap identik. Basisnya bisa di atas atau
huruf kecil.

-Txxx Ambang batas ukuran sebelum perhitungan perkiraan. Pendekatan tetangga terdekat
akan digunakan hanya jika panjang urutan lebih rendah dari ambang batas ini.

-tx.xxe-xx
Konsentrasi buffer tris (Tidak ada konsentrasi maksimum untuk saat ini).
Pengaruh ion pada stabilitas termodinamika asam nukleat
dupleks rumit, dan fungsi koreksi adalah yang terbaik
perkiraan kasar. Rumus koreksi Tm yang diterbitkan untuk ion natrium
Owczarzy dkk al(2008) karena itu juga berlaku untuk buffer yang mengandung Tris atau
KCl. Ion monovalen K+, Na+, Tris+ menstabilkan dupleks DNA dengan
potensi, dan
efeknya pada stabilitas dupleks bersifat aditif. Namun rumus ini hanya untuk
DNA
dupleks. Hati-hati, konsentrasi ion Tris+ sekitar setengah dari total
penyangga tris
konsentrasi.

-v Kontrol mode verbose, berikan lebih banyak informasi tentang run saat ini (coba
sekali untuk melihat apakah Anda bisa mendapatkan sesuatu yang menarik). Standarnya adalah MATI. Tombol
bekerja di kedua arti. Oleh karena itu jika -v telah diatur dalam file input, yang lain -v on
baris perintah akan mematikan mode verbose OFF (hal yang sama jika dua -v sudah diatur
baris perintah yang sama).

-V Menampilkan nomor versi dan keluar dengan EXIT_SUCCESS.

-x Paksa program untuk menghitung tm aproksimasi, berdasarkan konten G+C. Pilihan ini
harus digunakan dengan hati-hati. Perhatikan bahwa perhitungan seperti itu semakin salah ketika
panjang dupleks berkurang. Selain itu, tidak memperhitungkan nukleat
konsentrasi asam, yang merupakan kesalahan besar.

ALGORITMA

Termodinamika of helix-coil transisi of nukleat asam
Pendekatan terdekat-tetangga didasarkan pada fakta bahwa transisi helix-coil bekerja sebagai:
ritsleting. Setelah perlekatan awal, hibridisasi menyebar secara lateral.
Oleh karena itu, prosesnya tergantung pada nukleotida yang berdekatan pada setiap untai (Crick's
berpasangan). Dua dupleks dengan pasangan basa yang sama dapat memiliki stabilitas yang berbeda, dan pada
sebaliknya, dua dupleks dengan urutan yang berbeda tetapi set pasangan Crick yang identik
akan memiliki sifat termodinamika yang sama (lihat Sugimoto et al. 1994). Program ini
pertama menghitung entalpi hibridisasi dan entropi dari parameter dasar
setiap pasangan Crick.

DeltaH = deltaH(inisiasi) + SUM(deltaH(pasangan Crick))
DeltaS = deltaS(inisiasi) + SUM(deltaS(pasangan Crick))

Lihat Wetmur JG (1991) dan SantaLucia (1998) untuk ulasan mendalam tentang asam nukleat
hibridisasi dan pada set parameter tetangga terdekat yang berbeda.

Efek of ketidakcocokan dan teruntai berakhir
Pasangan yang tidak cocok juga diperhitungkan. Namun parameter termodinamika
masih belum tersedia untuk setiap kemungkinan kasus (terutama ketika kedua posisi
tidak cocok). Dalam kasus seperti itu, program, yang tidak dapat menghitung hasil yang relevan, akan berhenti
dengan peringatan.

Dua posisi pertama dan posisi tidak dapat disamakan. dalam kasus seperti itu, hasilnya adalah
tidak dapat diprediksi, dan semua kasus mungkin terjadi. misalnya (lihat Allawi dan SanLucia 1997),
dupleks

DI
GTGAGCTCAT
TAKTCGAGTG
TA

lebih stabil dari

AGTGAGCTCATT
TTACTCGAGTGA

Ujung yang menjuntai, yaitu nukleotida terminal umatched, dapat diperhitungkan.

Contoh
DeltaH(
AGCGATGAA-
-CGCTGCTTT
) = DeltaH(AG/-C)+DeltaH(A-/TT)
+DeltaH(initG/C)+DeltaH(initA/T)
+DeltaH(GC/CG)+DeltaH(CG/GC)+2xDeltaH(GA/CT)+DeltaH(AA/TT)
+Delta(AT/TG tidak cocok) +DeltaG(TC/GG tidak cocok)

(Perhitungan yang sama dilakukan untuk DeltaS)

Grafik Meltdown suhu
Kemudian suhu leleh dihitung dengan rumus berikut:

Tm = DeltaH / (DeltaS + Rx ln ([asam nukleat]/F))
Tm in K (untuk [Na+] = 1 M )
+ f([Na+]) - 273.15
koreksi untuk konsentrasi garam (jika hanya ada kation natrium dalam
larutan) dan untuk mendapatkan suhu dalam derajat Celcius. (Bahkan beberapa koreksi adalah
langsung termasuk dalam DeltaS lihat SanLucia 1998)

Koreksi untuk itu konsentrasi of nukleat asam
Jika konsentrasi kedua untai serupa, F adalah 1 dalam kasus komplementer sendiri
oligonukleotida, 4 sebaliknya. Jika satu untai berlebih (misalnya dalam PCR
percobaan), F adalah 2 (Sebenarnya rumusnya harus menggunakan selisih
konsentrasi daripada konsentrasi total, tetapi jika kelebihannya cukup,
konsentrasi total dapat diasumsikan identik dengan konsentrasi untai dalam
kelebihan).

Namun perhatikan, MELTING membuat asumsi tidak ada perakitan sendiri, yaitu perhitungannya
tidak mengambil istilah entropis untuk mengoreksi self-complementarity.

Koreksi untuk itu konsentrasi of garam
Jika hanya ada ion natrium dalam larutan, kita dapat menggunakan koreksi berikut:

Koreksi dapat dipilih antara basah91a, disajikan dalam Wetmur 1991 yaitu
16.6 x log([Na+] / (1 + 0.7 x [Na+])) + 3.85

san96a disajikan dalam SantaLucia et al. 1996 yaitu
12.5 x log[Na+]

dan san98a disajikan di SantaLucia 1998 yaitu koreksi suku entropik tanpa
modifikasi entalpi
DeltaS = DeltaS([Na+]=1M) + 0.368 x (N-1) x ln[Na+]

Di mana N adalah panjang dupleks (SantaLucia 1998 sebenarnya menggunakan 'N' jumlah non-
fosfat terminal, yang secara efektif sama dengan N-1 kami). PERHATIAN, koreksi ini adalah
dimaksudkan untuk mengoreksi nilai entropi yang dinyatakan dalam cal.mol-1.K-1!!!

Koreksi untuk itu konsentrasi of ion ketika lain monovalen ion seperti itu as Tris+ dan K+ or
divalen Mg2 + ion adalah menambahkan
Jika hanya ada ion Na+, kita dapat menggunakan koreksi untuk konsentrasi garam (lihat
di atas). Dalam kasus sebaliknya , kita akan menggunakan koreksi ion magnesium dan monovalen
dari Owczarzy et al (2008). (hanya untuk dupleks DNA)

[Senin+] = [Na+] + [K+] + [Tris+]

Dimana [Tris+] = [Tris buffer]/2. (dalam opsi -t, ini adalah konsentrasi buffer Tris
yang dimasukkan).

Jika [Mon+] = 0, ion divalen adalah satu-satunya ion yang ada
dan suhu lelehnya adalah :

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + a - bx ln([Mg2+]) + Fgc x (c + dx ln([Mg2+]) + 1/(2 x (Nbp -
1)) x (- e +fx ln([Mg2+]) + gx ln([Mg2+]) x ln([Mg2+]))

dimana : a = 3.92/100000. b = 9.11/1000000. c = 6.26/100000. d = 1.42/100000. e =
4.82/10000. f = 5.25/10000. g = 8.31/100000. Fgc adalah fraksi pasangan basa GC dalam
barisan dan Nbp adalah panjang barisan (Jumlah pasangan basa).

Jika [Senin+] > 0, ada beberapa kasus karena kita dapat memiliki ikatan DNA yang kompetitif
antara kation monovalen dan divalen :

Jika rasio [Mg2+]^(0.5)/[Mon+] lebih rendah dari 0.22, pengaruh ion monovalen adalah
dominan, kation divalen dapat diabaikan dan suhu lelehnya adalah :

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + (4.29 x Fgc - 3.95) x 1/100000 x ln([mon+]) + 9.40 x 1/1000000
x ln([Senin+]) x ln([Senin+])

dimana : Fgc adalah fraksi pasangan basa GC dalam barisan tersebut.

Jika rasio [Mg2+]^(0.5)/[Senin+] termasuk dalam [0.22, 6[, kita harus memperhitungkan keduanya
Konsentrasi kation Mg2+ dan monovalen. Suhu lelehnya adalah:

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + a - bx ln([Mg2+]) + Fgc x (c + dx ln([Mg2+]) + 1/(2 x (Nbp -
1)) x (- e + fx ln([Mg2+]) + gx ln([Mg2+]) x ln([Mg2+]))

dimana : a = 3.92/100000 x (0.843 - 0.352 x [Sen+]0.5 x ln([Sen+])).
b = 9.11/1000000. c = 6.26/100000.
d = 1.42/100000 x (1.279 - 4.03/1000 x ln([mon+]) - 8.03/1000 x ln([mon+] x
ln([mon+]). e = 4.82/10000. f = 5.25/10000. g = 8.31/100000 x (0.486 -
0.258 x ln([mon+]) + 5.25/1000 x ln([mon+] x ln([mon+] x ln([mon+]).

Fgc adalah fraksi pasangan basa GC dalam barisan dan Nbp adalah panjang barisan
(Jumlah pasangan basa).

Akhirnya, jika rasio [Mg2+]^(0.5)/[Mon+] lebih besar dari 6, pengaruh ion divalen adalah
dominan, kation monovalen dapat diabaikan dan suhu lelehnya adalah :

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + a - bx ln([Mg2+]) + Fgc x (c + dx ln([Mg2+]) + 1/(2 x (Nbp -
1)) x (- e + fx ln([Mg2+]) + gx ln([Mg2+]) x ln([Mg2+]))

dimana : a = 3.92/100000. b = 9.11/1000000. c = 6.26/100000. d = 1.42/100000. e =
4.82/10000. f = 5.25/10000. g = 8.31/100000.

Fgc adalah fraksi pasangan basa GC dalam barisan dan Nbp adalah panjang barisan
(Jumlah pasangan basa).

Panjang urutan
Penting untuk disadari bahwa pendekatan tetangga terdekat telah ditetapkan pada
oligonukleotida kecil. Oleh karena itu penggunaan peleburan dalam mode non-perkiraan adalah
benar-benar akurat hanya untuk urutan yang relatif pendek (Meskipun jika urutannya dua
pendek, katakanlah <6 bp, pengaruh ekstremitas menjadi terlalu penting dan
keandalan menurun banyak). Untuk urutan panjang mode aproksimasi telah dirancang.
Mode ini diluncurkan jika panjang urutan lebih tinggi dari nilai yang diberikan oleh opsi
-T (ambang default adalah 60 bp).

Suhu leleh dihitung dengan rumus berikut:

DNA/DNA:
Tm = 81.5+16.6*log10([Na+]/(1+0.7[Na+]))+0.41%GC-500/size

DNA/RNA:
Tm = 67+16.6*log10([Na+]/(1.0+0.7[Na+]))+0.8%GC-500/size

RNA/RNA:
Tm = 78+16.6*log10([Na+]/(1.0+0.7[Na+]))+0.7%GC-500/size

Modus ini bagaimanapun sangat putus asa.

bermacam-macam komentar
Pencairan saat ini akurat hanya ketika hibridisasi dilakukan pada pH 71.

Perhitungan ini hanya berlaku untuk hibridisasi yang dilakukan dalam media berair.
Oleh karena itu penggunaan agen denaturasi seperti formamida sepenuhnya membatalkan
hasil.

REFERENSI

Allawi HT, Santa Lucia J. (1997). Termodinamika dan NMR ketidakcocokan GT internal di
DNA. Biokimia 36: 10581-10594

Allawi HT, Santa Lucia J. (1998). Parameter termodinamika Tetangga Terdekat untuk
ketidakcocokan GA internal dalam DNA. Biokimia 37: 2170-2179

Allawi HT, Santa Lucia J. (1998). Termodinamika ketidakcocokan CT internal dalam DNA.
Nuklir Asam Soal 26: 2694-2701.

Allawi HT, Santa Lucia J. (1998). Termodinamika Tetangga Terdekat dari AC internal
ketidakcocokan dalam DNA: ketergantungan urutan dan efek pH. Biokimia 37: 9435-9444.

Bommarito S., Peyret N., SantaLucia J. (2000). Parameter termodinamika untuk sekuens DNA
dengan ujung yang menjuntai. Nuklir Asam Soal 28: 1929-1934

Breslauer KJ, Frank R., Bl�ker H., Marky LA (1986). Memprediksi stabilitas dupleks DNA
dari urutan dasar. Proc Natal acad Sci Amerika Serikat 83: 3746-3750

Freier SM, Kierzek R., Jaeger JA, Sugimoto N., Caruthers MH, Neilson T., Turner DH
(1986). Peningkatan parameter energi bebas untuk prediksi stabilitas dupleks RNA.
Biokimia 83: 9373-9377

Owczarzy R., Moreira BG, You Y., Behlke MB, Walder JA (2008) Memprediksi stabilitas
dupleks DNA dalam larutan yang mengandung Magnesium dan Kation Monovalen. Biokimia 47:
5336-5353.

Peyret N., Seneviratne PA, Allawi HT, SantaLucia J. (1999). Tetangga terdekat
termodinamika dan NMR sekuens DNA dengan ketidakcocokan AA, CC, GG, dan TT internal.
ketergantungan dan efek pH. Biokimia 38: 3468-3477

SantaLucia J.Jr, Allawi HT, Seneviratne PA (1996). Tetangga terdekat yang ditingkatkan
parameter untuk memprediksi stabilitas dupleks DNA. Biokimia 35: 3555-3562

Sugimoto N., Katoh M., Nakano S., Ohmichi T., Sasaki M. (1994). Dupleks hibrid RNA/DNA
dengan pasangan basa tetangga terdekat yang identik memiliki stabilitas yang identik. FEB surat 354:
74-78

Sugimoto N., Nakano S., Katoh M., Matsumura A., Nakamuta H., Ohmichi T., Yoneyama M.,
Sasaki M. (1995). Parameter termodinamika untuk memprediksi stabilitas RNA/DNA hybrid
dupleks. Biokimia 34: 11211-11216

Sugimoto N., Nakano S., Yoneyama M., Honda K. (1996). Parameter termodinamika yang ditingkatkan
dan faktor inisiasi heliks untuk memprediksi stabilitas dupleks DNA. Nuc Asam Soal 24:
4501-4505

Watkins NE, Santalucia J. Jr (2005). Tetangga terdekat t- hermodinamika deoxyinosine
berpasangan dalam dupleks DNA. Penelitian Asam Nukleat 33: 6258-6267

Wright DJ, Rice JL, Yanker DM, Znosko BM (2007). Parameter tetangga terdekat untuk
pasangan inosin-uridin dalam dupleks RNA. Biokimia 46: 4625-4634

Xia T., SantaLucia J., Burkard ME, Kierzek R., Schroeder SJ, Jiao X., Cox C., Turner
DH (1998). Parameter termodinamika untuk model tetangga terdekat yang diperluas untuk
pembentukan dupleks RNA dengan pasangan basa Watson-Crick. Biokimia 37: 14719-14735

Untuk ulasan lihat:

SantaLucia J. (1998) Pandangan terpadu dari DNA polimer, dumbbell, dan oligonukleotida terdekat-
termodinamika tetangga. Proc Natal acad Sci Amerika Serikat 95: 1460-1465

SantaLucia J., Hicks Donald (2004) Termodinamika motif struktural DNA. annu.
Pdt. Biophys. Struktur. 33: 415 -440

Wetmur JG (1991) Probe DNA: aplikasi prinsip-prinsip asam nukleat
hibridisasi. kritik Putaran Biokimia mol Biol 26: 227-259

Gunakan pencairan online menggunakan layanan onworks.net