mkdssp - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

mkdssp - Hitung struktur sekunder untuk protein dalam file PDB

RINGKASAN

mkdssp [OPSI] pdbfile [dsspfile]

DESKRIPSI

Grafik mkdssp Program ini awalnya dirancang oleh Wolfgang Kabsch dan Chris Sander untuk
standarisasi penugasan struktur sekunder. DSSP adalah database struktur sekunder
tugas (dan banyak lagi) untuk semua entri protein di Protein Data Bank (PDB) dan
mkdssp adalah aplikasi yang menghitung entri DSSP dari entri PDB. Tolong dicatat
bahwa mkdssp tidak tidak meramalkan struktur sekunder.

PILIHAN

Jika Anda memanggil mkdssp dengan hanya satu parameter, itu akan ditafsirkan sebagai file PDB untuk
proses dan output akan dikirim ke stdout. Jika parameter kedua ditentukan, ini adalah
diartikan sebagai nama file DSSP yang akan dibuat. Baik file input dan output
nama mungkin memiliki .gz atau .bz2 sebagai ekstensi yang menghasilkan kompresi yang tepat.

-i, --memasukkan nama file
Nama file a PDB file berformat yang berisi data struktur protein. Ini
file dapat berupa file yang dikompresi oleh gzip atau bzip2.

-o, --keluaran nama file
Nama file a DSSP berkas untuk dibuat. Jika nama file berakhiran .gz atau .bz2 a
file terkompresi dibuat.

-v, --bertele-tele
Tuliskan informasi diagnostik.

--Versi: kapan
Cetak nomor versi dan keluar.

-h, --membantu
Cetak pesan bantuan dan keluar. Direktori yang berisi skrip parser untuk
Nyonya.

TEORI

Program DSSP bekerja dengan menghitung penugasan struktur sekunder yang paling mungkin diberikan
struktur 3D protein. Ini dilakukan dengan membaca posisi atom dalam a
protein (catatan ATOM dalam file PDB) diikuti dengan perhitungan energi ikatan-H
antara semua atom. Dua ikatan H terbaik untuk setiap atom kemudian digunakan untuk menentukan
kemungkinan kelas struktur sekunder untuk setiap residu dalam protein.

Ini berarti Anda harus memiliki struktur 3D yang lengkap dan valid agar protein dapat
menghitung struktur sekunder. Tidak ada keajaiban di DSSP, jadi misalnya tidak bisa menebak
struktur sekunder untuk protein bermutasi yang Anda tidak memiliki struktur 3D.

DSSP FILE FORMAT

Bagian header dari setiap file DSSP menjelaskan sendiri, berisi beberapa informasi
disalin dari file PDB dan ada beberapa statistik yang dikumpulkan saat menghitung
struktur sekunder.

Paruh kedua file berisi informasi struktur sekunder yang dihitung per
residu. Berikut adalah penjelasan singkat untuk masing-masing kolom.

Kolom Nama Deskripsi Produk
────────────────────────────────────────────────── ─────────────────────────────────────────
# Jumlah residu yang dihitung oleh mkdssp
RESIDUE Nomor residu seperti yang ditentukan oleh file PDB
diikuti oleh pengidentifikasi rantai.

AA Kode satu huruf untuk asam amino. Jika ini
huruf kecil artinya ini a
sistein yang membentuk jembatan belerang dengan
asam amino lain di kolom ini dengan yang sama
huruf kecil.
STRUKTUR Ini adalah kolom kompleks yang berisi banyak sub
kolom. Kolom pertama berisi surat
menunjukkan struktur sekunder yang ditugaskan untuk
residu ini. Nilai yang valid adalah:
Kode Deskripsi Produk
H Alfa Helix
Jembatan B Beta
Untai E
G Heliks-3
Saya Helix-5
T Putar
S tikungan
Berikut ini adalah tiga kolom yang menunjukkan untuk
masing-masing dari tiga jenis heliks (3, 4 dan 5)
apakah residu ini merupakan kandidat dalam pembentukan
heliks ini. A > karakter menunjukkan itu dimulai
heliks, angka menunjukkan itu ada di dalam seperti
heliks dan a < karakter berarti mengakhiri heliks.
Kolom berikutnya berisi karakter S jika ini
residu adalah kemungkinan tikungan.
Lalu ada kolom yang menunjukkan kiralitas
dan ini bisa positif atau negatif
(yaitu torsi alfa positif atau
negatif).
Dua kolom terakhir berisi label jembatan beta.
Huruf kecil di sini berarti jembatan paralel dan dengan demikian
huruf besar berarti anti paralel.
BP1 dan BP2 Calon pasangan jembatan pertama dan kedua, ini
diikuti dengan huruf yang menunjukkan lembar tersebut.
ACC Aksesibilitas residu ini, ini adalah
luas permukaan dinyatakan dalam persegi ngstrom yang
dapat diakses oleh molekul air.
NH-->O..O-->HN Empat kolom, mereka memberikan untuk setiap residu
Energi ikatan-H dengan residu lain di mana
residu saat ini adalah akseptor atau donor.
Setiap kolom berisi dua angka, yang pertama adalah
offset dari residu saat ini ke
residu mitra dalam ikatan-H ini (dalam DSSP
penomoran), angka kedua adalah yang dihitung
energi untuk ikatan-H ini.
TCO Kosinus sudut antara C=O dari
residu saat ini dan C=O residu sebelumnya. Untuk
alfa-heliks, TCO mendekati +1, untuk lembar beta
TCO mendekati -1. Tidak digunakan untuk struktur
definisi.
Kappa Sudut ikatan maya (sudut lengkung) ditentukan oleh
tiga atom C-alpha dari arus residu
- 2, arus dan arus + 2. Digunakan untuk mendefinisikan
tikungan (kode struktur 'S').
Sudut torsi tulang punggung peptida PHI dan PSI IUPAC.
X-CA, Y-CA dan Z-CA Koordinat C-alpha

SEJARAH

Aplikasi DSSP asli ditulis oleh Wolfgang Kabsch dan Chris Sander di Pascal.
Versi ini adalah penulisan ulang lengkap dalam C++ berdasarkan kode sumber aslinya. Beberapa bug
telah diperbaiki sejak itu dan algoritme telah diubah di sana-sini.

SEMUA

Kode sangat membutuhkan pembaruan. Hal pertama yang perlu diterapkan adalah
pengenalan yang lebih baik dari pi-heliks. Peningkatan kedua adalah menggunakan sudut bergantung
Perhitungan energi ikatan-H.

Gunakan mkdssp online menggunakan layanan onworks.net