prof - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

prof - struktur sekunder dan prediktor aksesibilitas pelarut

RINGKASAN

Prof [FILE MASUKAN+] [OPSI]

DESKRIPSI

Struktur sekunder diprediksi oleh sistem peringkat jaringan saraf pada tingkat yang diharapkan
akurasi rata-rata > 72% untuk tiga keadaan helix, strand dan loop (Rost & Sander, PNAS,
1993 , 90, 7558-7562; Rost & Sander, JMB, 1993, 232, 584-599; dan Rost & Sander,
Protein, 1994, 19, 55-72; evaluasi akurasi). Dievaluasi pada kumpulan data yang sama,
PROFsec dinilai sepuluh poin persentase akurasi tiga-negara yang lebih tinggi daripada metode yang menggunakan
hanya informasi urutan tunggal, dan lebih dari enam poin persentase lebih tinggi dari,
misalnya, metode yang menggunakan informasi penyelarasan berdasarkan statistik (Levin, Pascarella, Argos &
Garnier, Prot. Engng., 6, 849-54, 1993). Prediksi PHDsec memiliki tiga fitur utama:

1. meningkatkan akurasi melalui informasi evolusioner dari beberapa penyelarasan urutan
2. meningkatkan prediksi untai beta melalui prosedur pelatihan yang seimbang
3. prediksi segmen struktur sekunder yang lebih akurat dengan menggunakan sistem multi-level

Aksesibilitas pelarut diprediksi oleh peringkat metode jaringan saraf pada korelasi
koefisien (korelasi antara pelarut relatif yang diamati secara eksperimental dan diprediksi
aksesibilitas) 0.54 divalidasi silang pada set 238 protein globular (Rost & Sander,
Protein, 1994, 20, 216-226; evaluasi akurasi). Output dari jaringan saraf
kode untuk 10 status aksesibilitas relatif. Dinyatakan dalam satuan selisih
antara prediksi dengan pemodelan homologi (metode terbaik) dan prediksi secara acak (terburuk
metode), PROFacc sekitar 26 poin persentase lebih unggul dari jaringan saraf yang sebanding
menggunakan tiga status keluaran (terkubur, menengah, terbuka) dan tidak menggunakan informasi dari
beberapa keselarasan.

Heliks transmembran dalam protein membran integral diprediksi oleh sistem saraf
jaringan. Kekurangan dari sistem jaringan adalah bahwa heliks yang terlalu panjang sering
diprediksi. Ini dipotong oleh filter empiris. Prediksi akhir (Rost et al.,
Ilmu Protein, 1995, 4, 521-533; evaluasi akurasi) memiliki perkiraan per-residu
akurasi sekitar 95%. Jumlah positif palsu, yaitu heliks transmembran
diprediksi dalam protein globular, adalah sekitar 2%. Prediksi jaringan saraf
heliks transmembran (PHDhtm) disempurnakan oleh algoritma seperti pemrograman dinamis. Ini
metode menghasilkan prediksi yang benar dari semua heliks transmembran untuk 89% dari 131
protein yang digunakan dalam uji validasi silang; lebih dari 98% dari heliks transmembran adalah
diprediksi dengan benar. Keluaran dari metode ini digunakan untuk memprediksi topologi, yaitu
orientasi suku-N terhadap membran. Akurasi yang diharapkan dari
prediksi topologi > 86%. Akurasi prediksi lebih tinggi dari rata-rata untuk eukariotik
protein dan lebih rendah dari rata-rata untuk prokariota. PHDtopology lebih akurat dari semua
metode lain diuji pada set data yang identik.

Jika tidak ada opsi file keluaran (seperti --fileRdb or --fileKeluar) diberikan format RDB
keluaran ditulis menjadi ./INPUTFILENAME.prof di mana 'prof' menggantikan ekstensi dari
berkas masukan. Kurangnya ekstensi '.prof' ditambahkan ke nama file input.

Keluaran format
Format RDB beranotasi sendiri, lihat contoh keluaran di /bagikan/profphd/prof/exa.

REFERENSI

Rost, B. dan Sander, C. (1994a). Menggabungkan informasi evolusioner dan jaringan saraf untuk
memprediksi struktur sekunder protein. protein, 19(1), 55-72.
Rost, B. dan Sander, C. (1994b). Konservasi dan prediksi aksesibilitas pelarut di
keluarga protein. protein, 20(3), 216-26.
Rost, B., Casadio, R., Fariselli, P., dan Sander, C. (1995). Heliks transmembran
diprediksi dengan akurasi 95%. Ilmu Protein, 4(3), 521-33.

PILIHAN

Lihat setiap kata kunci untuk bantuan lebih lanjut. Sebagian besar kemungkinan besar akan rusak.

pola konektivitas alternatif (default=3)

3 prediksi detik + acc + htm

acc memprediksi aksesibilitas pelarut, hanya

ali menambahkan penyelarasan ke file keluaran PROF yang 'dapat dibaca manusia'

lengkungan
arsitektur sistem (misalnya: SGI64|SGI5|SGI32|SUNMP|ALPHA)

ascii
tulis file keluaran PROF yang 'dapat dibaca manusia'

terbaik
PROF dengan akurasi terbaik dan run-time terlama

kedua
memprediksi struktur sekunder dan aksesibilitas pelarut

data
data= untuk HTML keluar: hanya bagian prediksi yang tertulis

men-debug
simpan sebagian besar file perantara, cetak pesan debug

dirWork
direktori kerja, default: direktori sementara dari File::Temp::tempdir. Harus sepenuhnya
jalur yang memenuhi syarat.

Dikenal untuk bekerja.

lakukanEval
LAKUKAN evaluasi untuk daftar (hanya untuk struktur dan daftar yang diketahui)

lakukanFilterHssp
filter file HSSP input (tidak termasuk beberapa pasangan)

lakukanHtmfil
LAKUKAN filter prediksi membran (default)

lakukan
LAKUKAN periksa kekuatan heliks membran yang diprediksi (default)

lakukanHtmref
LAKUKAN perbaiki prediksi membran (default)

lakukanHtmtop
DO membran helix topologi (default)

dssp
konversi PROF ke format DSSP

memperluas
perluas penyisipan saat mengonversi output ke format MSF

cepat
PROF dengan akurasi terendah dan kecepatan tertinggi

fileCasp
nama keluaran PROF dalam format CASP (file.caspProf)

fileDssp
nama keluaran PROF dalam format DSSP (file.dsspProf)

fileHtml
nama keluaran PROF dalam format HTML (file.htmlProf)

fileMsf
nama keluaran PROF dalam format MSF (file.msfProf)

fileNotHtm
nama file yang ditandai bahwa tidak ada heliks membran yang ditemukan

fileOut
nama keluaran PROF dalam format RDB (file.rdbProf)

Dikenal untuk bekerja.

fileProf
nama keluaran PROF dalam format yang dapat dibaca manusia (file.prof)

Rusak.

fileRdb
nama keluaran PROF dalam format RDB (file.rdbProf)

Dikenal untuk bekerja.

fileSaf
nama keluaran PROF dalam format SAF (file.safProf)

menyaring
filter file HSSP input (tidak termasuk beberapa pasangan)

baik
PROF dengan akurasi yang baik dan kecepatan sedang

grafik
tambahkan grafik ASCII ke file keluaran PROF yang 'dapat dibaca manusia'

htm gunakan: 'htm= ' memberikan minimal transmembran helix terdeteksi default adalah 'htm=0'
(resp. htm=0.8) angka yang lebih kecil lebih banyak positif palsu dan lebih sedikit negatif palsu!

argumen html
'hmtl' atau 'html= ' tulis format HTML prediksi 'html' akan menghasilkan
bahwa output PROF dikonversi ke HTML 'html=body' membatasi file HTML ke
Bagian tag HTML_BODY 'html=head' membatasi file HTML ke bagian tag HTML_HEADER
'html=all' memberikan HEADER dan BODY

pertahankanKonv
pertahankan konversi file input ke format HSSP

argumen keepFilter
<*|doKeepFilter=1> simpan file HSSP yang difilter

pertahankan argumen Hssp
<*|doKeepHssp=1> simpan file HSSP perantara

argumen keepNetDb
<*|doKeepNetDb=1> simpan file DbNet perantara

argumen daftar
<*|isList=1> file input adalah daftar file

msf mengkonversi PROF ke dalam format MSF

bagus
berikan 'nice-D' untuk menetapkan nilai (prioritas) pekerjaan yang bagus

tidak adaProFHead
JANGAN menyalin file dengan tabel ke direktori lokal

tidak ada pencarian
kependekan dari doSearchFile=0, yaitu tidak mencari file DB

noascii
surpress menulis file hasil ASCII (yaitu dapat dibaca manusia)

tidakhtml
surpress menulis file hasil HTML

tidak ada gunanya
pekerjaan tidak akan menyenangkan, yaitu tidak dijalankan dengan prioritas yang lebih rendah

tidakEval
JANGAN periksa akurasi bahkan ketika strukturnya diketahui

bukanHtmfil
JANGAN menyaring prediksi membran

tidak
JANGAN periksa apakah heliks membran cukup kuat atau tidak

tidakHtmref
JANGAN perbaiki prediksi membran

bukan Htmtop
JANGAN topologi heliks membran

nresPerLineAli
Jumlah karakter yang digunakan untuk file MSF. Standar: 50.

angkaMin
Jumlah residu minimal untuk menjalankan jaringan, jika tidak prd=symbolPrdShort. Standar: 9.

memilihJuri
Menambahkan PHD ke juri. Bawaan: `normal, gunakanPHD'.

Banyak parameter lain mengubah default untuk yang satu ini sebagai efek samping, daftarnya adalah
tidak komprehensif:

phd, nophd, /^para(3|Keduanya|Sec|Acc|Htm|CapH|CapE|CapHE)/, /^para?/, jct

para3
File parameter untuk detik+acc+htm. Bawaan: ` /net/PROFboth_best.par'.

paraAcc
File parameter untuk acc. Bawaan: ` /net/PROFacc_best.par'.

paraKeduanya
File parameter untuk detik+ac. Bawaan: ` /net/PROFboth_best.par'.

paraSec
File parameter untuk detik. Bawaan: ` /net/PROFsec_best.par'.

riSubAcc
Indeks keandalan minimal (RI) untuk subset PROFacc. Standar: 4.

riSubSec
Indeks keandalan minimal (RI) untuk subset PROFsec. Standar: 5.

riSubSym
Simbol untuk residu yang diprediksi dengan RI < riSubSec/Acc. Bawaan: `.'.

melewati
masalah, manual, petunjuk, notasi, txt, diketahui, SELESAI, Tanggal, tanggal, aa, Lhssp, numaa,
kode

saf mengkonversi PROF ke dalam format SAF

scrTambahBantuan
scrTujuan
pengalihan jaringan saraf

scrBantuanTxt
Format file masukan yang diterima:
hssp, dssp, msf, saf, fastamul, pirmul, fasta, pir, gcg, swiss

tulis
list_of_files (atau file tunggal) parameter_file

scrNama
prof

scrNarg
2

detik memprediksi struktur sekunder, hanya

diam
tidak ada informasi yang ditulis ke layar - ini adalah default

lewatiHilang
jangan batalkan jika file input hilang!

sumber data
prof

uji
hanyalah sebuah ujian (lebih cepat)

terjemahkan-pekerjaan-dalam-param-nilai
String 'jobid' diganti dengan $par{jobid}

tst menjalankan program dengan cepat, akurasi rendah

pemakai
nama pengguna

--Versi: kapan
Versi cetak

Gunakan prof online menggunakan layanan onworks.net