Ini adalah perintah quiver yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
quiver - pemanggil konsensus genom yang dirancang untuk data Pacific Biosciences
DESKRIPSI
Gemetar adalah algoritma untuk memanggil konsensus yang sangat akurat dari beberapa pembacaan PacBio,
menggunakan pasangan-HMM yang mengeksploitasi panggilan dasar dan metrik QV untuk menyimpulkan dasar yang sebenarnya
urutan DNA.
Data fillet Persyaratan
Untuk memungkinkan panggilan konsensus yang paling akurat, Quiver menggunakan baterai
metrik nilai kualitas yang dihitung oleh pemanggil dasar. Jika Anda menggunakan SMRTportal
versi instalasi 1.4 atau lebih baru, maka SMRTportal akan memuat semua informasi Quiver
kebutuhan, sehingga Anda dapat melewati sisa bagian ini.
Di SMRTportal versi 1.3.3 dan sebelumnya, secara default hanya sebagian dari nilai kualitas ini
termasuk dalam .cmp.h5 file yang dihasilkan oleh SMRTanalysis. Untuk mendapatkan .cmp.h5 dengan semua
QV dimuat, Anda harus menggunakan RS_Pemetaan_QV protokol untuk membuat cmp.h5 file untuk
Gemetar.
Jika Anda menggunakan versi yang lebih lama dari SMRTportal/SMRTanalysis 1.3.3, harap tingkatkan.
CONTOH
Running Gemetar
Sebagai contoh,
$ quiver -j8 selaras_reads.bam \
> -r path/ke/lambda.fasta \
> -o varians.gff -o konsensus.fasta
akan menggunakan 8 CPU untuk menjalankan Quiver pada selaras_baca.bam, mengeluarkan urutan konsensus dan
varian.
Perhatikan bahwa jika Anda menggunakan file cmp.h5 dan belum menggunakan RS_Pemetaan_QV protokol untuk
buat file itu---atau jika file bas.h5 sumber dihasilkan oleh instrumen pra-1.3.1
perangkat lunak --- cmp.h5 tidak akan berisi baterai penuh metrik QV yang diperlukan untuk optimal
Akurasi bergetar. Perintah akan tetap berfungsi, tetapi akan memberikan peringatan bahwa
akurasi akan kurang optimal.
Run Gemetar on kelipatan Memasukkan File
Beberapa file penyelarasan dalam FOFN (File of File Names) dapat bergetar terhadap satu
referensi (Konsensus Genomik >= 1.1.0).
Contoh masukan FOFN:
$ cat selaras_reads.fonn
/path/ke/reads1.bam
/path/ke/reads2.bam
dapat digunakan sebagai pengganti file reads:
$ quiver -j8 selaras_reads.fonn \
> -r path/ke/lambda.fasta \
> -o varians.gff -o konsensus.fasta
Quiver juga dapat digunakan dengan file XML DataSet. Lihat pbcore untuk detail tentang menghasilkan yang baru
File XML DataSet untuk file perataan Anda.
Sangat akurat majelis konsensus
Quiver memungkinkan akurasi konsensus pada rakitan genom pada akurasi yang mendekati atau bahkan
melebihi Q60 (satu kesalahan per juta basis). Jika Anda menggunakan protokol perakitan HGAP di
SMRTportal 2.0 atau lebih baru, Quiver berjalan secara otomatis sebagai langkah "pemolesan perakitan" terakhir.
Gunakan quiver online menggunakan layanan onworks.net
