Ray - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

Ray - merakit genom secara paralel menggunakan antarmuka penyampaian pesan

RINGKASAN

mpexec -n NUMBER_OF_RANKS Sinar -k KMERPANJANG -p l1_1.cepatq l1_2.cepatq -p l2_1.fastq
l2_2.fastq -o uji

mpexec -n NUMBER_OF_RANKS Ray Ray.conf # dengan perintah dalam file

DESKRIPSI:

Perakit genom Ray dibangun di atas RayPlatform, berbasis plugin generik
mesin komputasi terdistribusi dan paralel yang menggunakan antarmuka pengiriman pesan untuk
lewat pesan.

Ray menargetkan beberapa aplikasi:

- perakitan genom de novo (dengan Ray vanilla) - perakitan meta-genom de novo (dengan
Ray Meta) - perakitan transkriptom de novo (berfungsi, tetapi tidak banyak diuji) -
kuantifikasi kelimpahan contig - kuantifikasi konsorsium mikrobioma
anggota (dengan Komunitas Ray) - kuantifikasi ekspresi transkrip - taksonomi
pembuatan profil sampel (dengan Komunitas Ray) - pembuatan profil ontologi gen sampel
(dengan Ray Ontologi)

-bantu

Menampilkan halaman bantuan ini.

-versi

Menampilkan versi Ray dan opsi kompilasi.

Menggunakan file konfigurasi

Ray dapat diluncurkan dengan mpiexec -n 16 Ray Ray.conf File konfigurasi dapat
sertakan komentar (dimulai dengan #).

Panjang K-mer

-k kmerPanjang

Memilih panjang k-mers. Nilai defaultnya adalah 21. Pasti ganjil karena
simpul pelengkap-balik disimpan bersama. Panjang maksimum ditentukan pada
kompilasi oleh MAXKMERLENGTH K-mer yang lebih besar menggunakan lebih banyak memori.

Masukan

-p leftSequenceFile rightSequenceFile [Penyimpangan standarOuterDistance rata-rata]

Menyediakan dua file yang berisi bacaan akhir berpasangan. rata-rataOuterDistance dan
standardDeviation secara otomatis dihitung jika tidak disediakan.

-i interleavedSequenceFile [AverageOuterDistance standardDeviation]

Menyediakan satu file yang berisi bacaan ujung berpasangan yang disisipkan. rata-rataJarak Luar
dan standardDeviation secara otomatis dihitung jika tidak disediakan.

-s urutanFile

Menyediakan file yang berisi bacaan ujung tunggal.

Output

-o Direktori keluaran

Menentukan direktori untuk file yang dikeluarkan. Standarnya adalah RayOutput

Opsi perakitan (default berfungsi dengan baik)

-nonaktifkan-daur ulang

Menonaktifkan daur ulang baca selama pembacaan perakitan akan dibebaskan dalam 3 kasus: 1.
jarak tidak cocok untuk sepasang 2. yang dibaca belum ketemu jodohnya 3.
populasi perpustakaan menunjukkan penempatan yang salah, lihat Lintasan pengulangan terbatas
dengan urutan berpasangan. Sebastien Boisvert, Elenie Godzaridis, Francois Laviolette
& Jacques Corbeil. Lokakarya Satelit RECOMB Tahunan Pertama tentang Paralel Massive
Urutan, 26-27 Maret 2011, Vancouver, BC, Kanada.

-nonaktifkan-scaffolder

Menonaktifkan perancah.

-minimum-contig-panjang minimumContigLength

Mengubah panjang contig minimum, defaultnya adalah 100 nukleotida

-ruang-warna

Berjalan di ruang warna Memerlukan file csfasta. Diaktifkan secara otomatis jika file csfasta
disediakan.

-gunakan-maksimum-cakupan benih maksimumSeedCoverageDepth

Mengabaikan benih apa pun dengan kedalaman cakupan di atas ambang batas ini. Standarnya adalah
4294967295.

-gunakan-minimum-cakupan benih minimumKedalaman Cakupan Benih

Mengatur kedalaman tutupan benih minimum. Jalur apa pun dengan kedalaman cakupan lebih rendah dari
ini akan dibuang. Standarnya adalah 0.

Mesin penyimpanan terdistribusi (semua nilai ini untuk setiap peringkat MPI)

-bloom-filter-bit bit

Mengatur jumlah bit untuk filter Bloom Default adalah 268435456 bit, 0 bit
menonaktifkan filter Bloom.

-hash-table-bucket Ember

Menetapkan jumlah awal ember. Harus menjadi kekuatan 2! Nilai bawaan:
268435456

-hash-tabel-ember-per-grup Ember

Menyetel jumlah ember per grup untuk penyimpanan jarang Nilai default: 64, Harus
antara >=1 dan <= 64

-hash-tabel-beban-faktor-ambang ambang

Menyetel ambang faktor beban untuk pengubahan ukuran waktu nyata Nilai default: 0.75, harus
>= 0.5 dan < 1

-hash-tabel-verbositas

Mengaktifkan verbositas untuk mesin penyimpanan terdistribusi

Kelimpahan biologis

-pencarian cariDirektori

Menyediakan direktori yang berisi file fasta untuk dicari dalam grafik de Bruijn.
Kelimpahan biologis akan ditulis ke RayOutput/BiologicalAbundances Lihat
Dokumentasi/BiologicalAbundances.txt

-satu-warna-per-file

Menetapkan satu warna per file, bukan satu per urutan. Secara default, setiap urutan dalam
setiap file memiliki warna yang berbeda. Untuk file dengan jumlah urutan yang besar, gunakan
satu warna per file mungkin lebih efisien.

Pembuatan profil taksonomi dengan grafik de Bruijn berwarna

-dengan-taksonomi Genom-ke-Taxon.tsv TreeOfLife-Edges.tsv Nama-Taxon.tsv

Menyediakan taksonomi. Menghitung dan menulis profil taksonomi terperinci. Melihat
Dokumentasi/Taxonomy.txt untuk detailnya.

-gen-ontologi Ketentuan Ontologi.txt
Anotasi.txt

Menyediakan ontologi dan anotasi. OntologyTerms.txt diambil dari
http://geneontology.org Annotations.txt adalah file 2 kolom (menangani EMBL_CDS &
pengenal ontologi gen) Lihat Dokumentasi/GeneOntology.txt

Output lainnya

-aktifkan-lingkungan

Menghitung lingkungan contig dalam grafik de Bruijn File keluaran:
RayOutput/NeighbourhoodRelations.txt

-amos

Menulis file AMOS yang disebut RayOutput/AMOS.afg File AMOS berisi posisi baca
pada contig. Dapat dibuka dengan perangkat lunak dengan antarmuka pengguna grafis.

-tulis-kmers

Menulis grafik k-mer ke RayOutput/kmers.txt File yang dihasilkan tidak digunakan oleh
Sinar. File yang dihasilkan sangat besar.

-tulis-baca-spidol

Menulis penanda baca ke disk.

-tulis-benih

Menulis urutan DNA benih ke RayOutput/Rank .RaySeeds.fasta

-tulis-ekstensi

Menulis urutan DNA ekstensi ke RayOutput/Rank .RayExtensions.fasta

-tulis-contig-paths

Menulis jalur contig dengan nilai cakupan ke RayOutput/Rank .RayContigPaths.txt

-tulis-penanda-ringkasan

Menulis statistik penanda.

Penggunaan memori

-tampilkan-memori-penggunaan

Menunjukkan penggunaan memori. Data diambil dari / proc di GNU/Linux Membutuhkan __linux__

-tampilkan-memori-alokasi

Menunjukkan acara alokasi memori

verbositas algoritma

-tampilkan-ekstensi-pilihan

Menunjukkan pilihan yang dibuat (dengan pilihan lain) selama ekstensi.

-acara-akhir-konteks

Menunjukkan konteks akhir dari setiap ekstensi. Menunjukkan anak-anak dari simpul di mana
ekstensi terlalu sulit.

-tunjukkan-jarak-ringkasan

Menampilkan ringkasan jarak terluar yang digunakan untuk jalur ekstensi.

-tunjukkan-konsensus

Menunjukkan konsensus ketika pilihan dilakukan.

Pos pemeriksaan

-tulis-pos pemeriksaan direktori pos pemeriksaan

Tulis file pos pemeriksaan

-baca-pos pemeriksaan direktori pos pemeriksaan

Baca file pos pemeriksaan

-baca-tulis-pos pemeriksaan direktori pos pemeriksaan

Membaca dan menulis file pos pemeriksaan

Perutean pesan untuk sejumlah besar inti

-rute-pesan

Mengaktifkan router pesan Ray. Dinonaktifkan secara default. Pesan akan dialihkan
sesuai sehingga peringkat mana pun dapat berkomunikasi secara langsung hanya dengan beberapa orang lainnya.
Tanpa -rute-pesan, peringkat mana pun dapat berkomunikasi langsung dengan peringkat lainnya.
File yang dihasilkan: Routing/Connections.txt, Routing/Routes.txt dan
Perutean/RelayEvents.txt dan Perutean/Ringkasan.txt

-tipe koneksi mengetik

Mengatur jenis koneksi untuk rute. Nilai yang diterima adalah debruijn, hypercube,
polytope, group, random, kautz dan complete. Standarnya adalah debruijn.

debruijn: grafik de Bruijn penuh alfabet dan diameter hypercube yang diberikan: a
hypercube, alfabet adalah {0,1} dan simpul adalah kekuatan dari 2 polytope: sebuah cembung
politop beraturan, alfabet adalah {0,1,...,B-1} dan simpulnya adalah pangkat dari grup B:
model konyol di mana satu perwakilan per kelompok dapat berkomunikasi dengan orang luar
acak: Erdos-Renyi model kautz: graf de Kautz penuh, yang merupakan subgraf dari de
Grafik Bruijn selesai: grafik lengkap dengan semua kemungkinan koneksi

Dengan tipe debruijn, jumlah rangking pasti merupakan kekuatan dari sesuatu.
Contoh: 256 = 16*16, 512=8*8*8, 49=7*7, dan seterusnya. Jika tidak, jangan gunakan debruijn
perutean tetapi gunakan yang lain Dengan tipe kautz, jumlah peringkat n harus
n=(k+1)*k^(d-1) untuk beberapa k dan d

-perutean-grafik-derajat gelar

Menentukan derajat keluar untuk grafik perutean. Lihat Dokumentasi/Routing.txt

Pengujian perangkat keras

-uji-jaringan-saja

Menguji jaringan dan kembali.

-tulis-jaringan-tes-data mentah

Menulis satu file tambahan per peringkat yang merinci pengujian jaringan.

-pertukaran JumlahPertukaran

Mengatur jumlah pertukaran

-nonaktifkan-network-test

Melewati tes jaringan.

Debugging

-verifikasi-pesan-integritas

Memeriksa keandalan data pesan untuk pesan yang tidak kosong. tambahkan '-D CONFIG_SSE_4_2'
di Makefile untuk menggunakan instruksi perangkat keras (SSE 4.2)

-jalankan-profiler

Menjalankan profiler saat kode berjalan. Secara default, hanya tampilkan peringatan perincian.
Menjalankan profiler meningkatkan waktu berjalan.

-dengan-profil-detail

Menunjukkan jumlah pesan yang dikirim dan diterima di setiap metode selama di setiap waktu
irisan (epoch). Kebutuhan -jalankan-profiler.

-acara-komunikasi-acara

Menampilkan semua pesan yang dikirim dan diterima.

-tunjukkan-baca-penempatan

Menunjukkan penempatan baca dalam grafik selama ekstensi.

-debug-gelembung

Men-debug kode gelembung. Gelembung dapat disebabkan oleh situs heterozigot atau kesalahan pengurutan
atau peristiwa (tidak diketahui) lainnya

-debug-biji

Debug kode benih. Benih adalah jalur dalam grafik yang cenderung unik.

-debug-fusi

Debug kode fusi.

-debug-perancah

Debug perancah.

FILE

File masukan

Catatan: format file ditentukan dengan ekstensi file.

.fasta .fasta.gz (membutuhkan HAVE_LIBZ=y saat kompilasi) .fasta.bz2 (membutuhkan HAVE_LIBBZ2=y
saat kompilasi) .fastq .fastq.gz (membutuhkan HAVE_LIBZ=y saat kompilasi) .fastq.bz2
(membutuhkan HAVE_LIBBZ2=y saat kompilasi) .sff (bacaan berpasangan harus diekstraksi secara manual)
.csfasta (pembacaan ruang warna)

File yang dikeluarkan

Perancah

RayOutput/Perancah.fasta

Urutan perancah dalam format FASTA

RayOutput/ScaffoldComponents.txt

Komponen setiap perancah

RayOutput/ScafffoldLengths.txt

Panjang setiap perancah

RayOutput/ScaffoldLinks.txt

Tautan perancah

tambahan

RayOutput/Contigs.fasta

Urutan bersebelahan dalam format FASTA

RayOutput/ContigLengths.txt

Panjang barisan yang bersebelahan

Ringkasan

RayOutput/OutputNumbers.txt

Jumlah keseluruhan untuk majelis

grafik de Bruijn

RayOutput/CakupanDistribusi.txt

Distribusi nilai cakupan

RayOutput/CoverageDistributionAnalysis.txt

Analisis distribusi cakupan

RayOutput/derajatDistribusi.txt

Distribusi derajat masuk dan keluar

RayOutput/kmers.txt

grafik k-mer, opsi yang diperlukan: -tulis-kmers

File yang dihasilkan tidak dimanfaatkan oleh Ray. File yang dihasilkan sangat besar.

Langkah perakitan

RayOutput/SeedLengthDistribution.txt

Distribusi panjang benih

RayOutput/Peringkat .OptimalReadMarkers.txt

Baca penanda.

RayOutput/Peringkat .RaySeeds.fasta

Urutan DNA benih, opsi yang diperlukan: -tulis-benih

RayOutput/Peringkat .RayExtensions.fasta

Urutan DNA ekstensi, opsi yang diperlukan: -tulis-ekstensi

RayOutput/Peringkat .RayContigPaths.txt

Jalur contig dengan nilai cakupan, opsi yang diperlukan: -tulis-contig-paths

Bacaan berpasangan

RayOutput/LibraryStatistics.txt

Estimasi jarak luar untuk bacaan berpasangan

RayOutput/Perpustakaan .txt

Frekuensi untuk jarak terluar yang diamati (ukuran sisipkan + panjang baca)

sekat

RayOutput/NumberOfSequences.txt

Jumlah bacaan di setiap file

RayOutput/SequencePartition.txt

Partisi urutan

Perangkat lunak sinar

RayOutput/RayVersion.txt

Versi Ray

RayOutput/RayCommand.txt

Perintah yang sama persis disediakan

AMOS

RayOutput/AMOS.afg

Representasi perakitan dalam format AMOS, opsi yang diperlukan: -amos

Komunikasi

RayOutput/MessagePassingInterface.txt

Jumlah pesan yang dikirim

RayOutput/NetworkTest.txt

Latensi dalam mikrodetik

RayOutput/Peringkat JaringanTestData.txt

Data mentah uji jaringan

DOKUMENTASI

- mpexec -n 1 sinar -bantu|kurang (selalu up-to-date) - Halaman bantuan ini (selalu
up-to-date) - Direktori Documentation/ - Manual (Portable Document Format):
InstructionManual.tex (dalam Dokumentasi) - Arsip milis:
http://sourceforge.net/mailarchive/forum.php?forum_name=pengguna-denovoassembler

PENULIS

Ditulis oleh Sebastien Boisvert.

PELAPORAN BUG

Laporkan bug ke [email dilindungi] Halaman rumah:
<http://denovoassembler.sourceforge.net/>

HAK CIPTA

Program ini adalah perangkat lunak gratis: Anda dapat mendistribusikannya kembali dan/atau memodifikasinya di bawah
ketentuan Lisensi Publik Umum GNU sebagaimana diterbitkan oleh Perangkat Lunak Bebas
Foundation, versi 3 dari Lisensi.

Program ini disebarluaskan dengan harapan dapat bermanfaat, tapi TANPA APAPUN
JAMINAN; bahkan tanpa jaminan tersirat tentang DAGANG atau KESESUAIAN UNTUK A
TUJUAN TERTENTU. Lihat Lisensi Publik Umum GNU untuk lebih jelasnya.

Anda telah menerima salinan GNU General Public License bersama dengan program ini
(lihat LISENSI).

Sinar 2.1.0

Lisensi untuk Ray: Lisensi Publik Umum GNU versi 3 Versi RayPlatform: Lisensi 1.1.0
untuk RayPlatform: GNU Lesser General Public License versi 3

MAXKMERLENGTH: 32 KMER_U64_ARRAY_SIZE: 1 Kedalaman cakupan maksimum yang disimpan oleh CoverageDepth:
4294967295 MAXIMUM_MESSAGE_SIZE_IN_BYTES: 4000 byte FORCE_PACKING = n ASSERT = n
HAVE_LIBZ = y HAVE_LIBBZ2 = y CONFIG_PROFILER_COLLECT = n CONFIG_CLOCK_GETTIME = n
__linux__ = y _MSC_VER = n __GNUC__ = y RAY_32_BITS = n RAY_64_BITS = y standar MPI
versi: MPI 2.1 Pustaka MPI: Open-MPI 1.4.2 Kompilator: GNU gcc/g++ 4.4.5

Gunakan Ray online menggunakan layanan onworks.net