Ini adalah perintah sam-stats yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
sam-stats - ea-utils: menghasilkan statistik yang dicerna
RINGKASAN
sam-statistik [Pilihan] [file1] [file2...mengajukan]
DESKRIPSI
Versi: 1.38.681
Menghasilkan banyak statistik yang mudah dicerna untuk file yang terdaftar
Opsi (default di parens):
-D Melacak beberapa keberpihakan -O PREFIX Awalan keluaran memungkinkan
output yang diperluas (lihat di bawah) -R Cakupan FIL/keluaran RNA (cakupan, bias 3', dll,
menyiratkan -A) -A Laporkan semua tanda chr, meskipun ada lebih dari 1000 -b INT
Jumlah pembacaan ke sampel untuk statistik per basis (1M) -S INT Ukuran tanda tangan ascii
(30) -x Ekstensi file FIL untuk menangani banyak file (statistik) -M Hanya
timpa jika lebih baru (memerlukan -x, atau beberapa file) -B Masukan bam, jangan
repot-repot melihat sihir -z Jangan gagal saat nol entri di sam
KELUARAN:
Jika satu file ditentukan, maka outputnya adalah standar keluar. Jika banyak file adalah
ditentukan, atau jika -x opsi disediakan, file outputnya adalah . . Bawaan
ekstensi adalah 'statistik'.
Statistik Lengkap:
: rata-rata, maks, stdev, median, Q1 (25 persentil), Q3
dibaca : # entri dalam file sam, mungkin tidak # dibaca
phred : skala phred yang digunakan
bsize : # bacaan yang digunakan untuk statistik kualitas
bacaan yang dipetakan
: jumlah pembacaan yang selaras (urutan id probe yang unik)
pangkalan yang dipetakan
: total panjang bacaan yang disejajarkan
meneruskan
: jumlah bacaan yang disejajarkan ke depan
membalikkan
: jumlah bacaan yang disejajarkan terbalik
tarif snp
: basis tidak cocok / basis total (tarif snv)
tarif masuk
: masukkan basis / basis total
del tarif
: basis yang dihapus / basis total
persen ketidakcocokan
: persen bacaan yang tidak cocok
persen menyelaraskan
: persen bacaan yang selaras
len
: baca statistik panjang, diabaikan jika panjang tetap
petaq
: statistik untuk kualitas pemetaan
memasukkan
: statistik untuk ukuran sisipan
% : persentase basis yang dipetakan per chr, diikuti dengan tanda tangan
Disampelkan statistik (1 jt membaca maks):
kualitas dasar : statistik untuk kualitas dasar %A,%T,%C,%G : persentase dasar
Arti of itu per-kromosom tanda tangan:
Histogram ascii yang dipetakan dibaca berdasarkan posisi kromosom. Ini hanya output jika
SAM/BAM asli memiliki header. Nilainya adalah log2 dari # bacaan yang dipetakan di
setiap posisi + ascii '0'.
luas keluaran mode menghasilkan a set of file:
.stats : keluaran utama
.fastx : keluaran yang kompatibel dengan fastx-toolkit
.rcov : jumlah & cakupan per-referensi
.xdist : distribusi ketidakcocokan
.ldist : distribusi panjang (jika ada)
.mqdist
: pemetaan distribusi kualitas
Gunakan sam-stats online menggunakan layanan onworks.net
