Ini adalah scopparsee perintah yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
scopparse - Hasilkan file DCF dari file SCOP mentah.
RINGKASAN
ruang angkasa -file kelas masuk -desinfile.dll masuk -hidung boolean -nomultichain boolean
[-nominator boolean] -file dcf file keluar
ruang angkasa -bantu
DESKRIPSI
ruang angkasa adalah program baris perintah dari EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paket Perangkat Lunak"). Ini adalah bagian dari grup perintah "Utils: Pembuatan basis data".
PILIHAN
Memasukkan bagian
-file kelas masuk
Opsi ini menentukan nama file klasifikasi SCOP mentah dir.cla.scop.txt_X.XX
(memasukkan). Ini adalah file klasifikasi SCOP mentah yang tersedia di
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/dir.cla.scop.txt_1.57.
-desinfile.dll masuk
Opsi ini menentukan nama file deskripsi SCOP mentah dir.des.scop.txt_X.XX
(memasukkan). Ini adalah file deskripsi SCOP mentah yang tersedia di
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/dir.des.scop.txt_1.57.
Wajib bagian
-hidung boolean
Opsi ini menentukan apakah akan menghilangkan domain yang terdiri dari lebih dari satu segmen.
Ini diperlukan jika urutan residu berkelanjutan diperlukan. Nilai default: N
-nomultichain boolean
Opsi ini menentukan apakah akan menghilangkan domain yang terdiri dari segmen dari lebih dari satu
rantai. Ini diperlukan jika urutan residu berkelanjutan diperlukan. Nilai bawaan:
N
Tambahan bagian
-nominator boolean
Opsi ini menentukan apakah akan menghilangkan domain dari kelas minor (didefinisikan sebagai apa saja
tidak di kelas 'Semua protein alfa', 'Semua protein beta', 'Protein alfa dan beta
(a/b)' atau 'Protein alfa dan beta (a+b)'). Ini perlu atau sesuai untuk banyak orang
analisis. Nilai default: N
Keluaran bagian
-file dcf file keluar
Opsi ini menentukan nama file SCOP DCF (file klasifikasi domain) (output).
Sebuah 'file klasifikasi domain' berisi klasifikasi dan data lain untuk domain dari
database SCOP atau CATH. File dihasilkan dengan menggunakan DOMAINER dan dalam DCF
format (seperti EMBL). Informasi urutan domain dapat ditambahkan ke file dengan menggunakan
DOMAINSEQ. Nilai default: test.scop
Gunakan scopparsee online menggunakan layanan onworks.net
