Ini adalah perintah sederhana yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
sederhana - penghitung kmer berbasis array yang jelas
RINGKASAN
sederhana [-f|-r|-C] [-c kompresi] [-m ukuran mersize] -i memasukkan -o keluaran
DESKRIPSI
sederhana adalah penghitung mer yang sangat sederhana. Ini mengalokasikan array 32-bit raksasa, mengisi
array dengan mers, sortir, dan tulis outputnya. Ini akan mengalokasikan 4 byte per kmer. k=16
akan membutuhkan 16 GB untuk dijalankan.
PILIHAN
-i memasukkan
-o keluaran
-m ukuran mersize
ukuran mer. Standarnya adalah 22
-f maju kmer (ini adalah default)
-r mundur kmer
-C kmer kanonik (secara leksikografis lebih kecil dari kmer maju dan mundur di masing-masing
lokasi)
-c # mer kompresi
Gunakan online sederhana menggunakan layanan onworks.net
