velveth_de - Daring di Awan

PROGRAM:

NAMA

velveth_de - program hashing sederhana (versi colorspace)

DESKRIPSI

velveth - program hashing sederhana Versi 1.2.09

PILIHAN

-strand_spesifik
: untuk data sekuensing transkriptom spesifik untai (default: nonaktif)

-menggunakan kembali_Urutan
: gunakan kembali file Sequences (atau tautan) yang sudah ada di direktori (tidak perlu memberikan yang asli
nama file dalam kasus ini (default: off)

-menggunakan kembali_biner
: menggunakan kembali file urutan biner (atau tautan) yang sudah ada di direktori (tidak perlu menyediakan
nama file asli dalam hal ini (default: off)

-tidakHash
: cukup siapkan file Sequences, jangan hash reads atau siapkan file Roadmaps
(default: mati)

-buat_biner
: buat file biner CnyUnifiedSeq (default: mati)

Ringkasan:

- Pendek tunggal akhir berbunyi:
beludru Assem 29 -pendek -cepat s_1_sequence.txt

- Berpasangan-akhir pendek membaca (ingat untuk menjalin dipasangkan membaca):
beludru Assem 31 -berpasangan pendek -cepat disisipkan.fna

- Bacaan pendek akhir berpasangan (menggunakan file terpisah untuk bacaan berpasangan)

beludru Assem 31 -berpasangan pendek -cepat -terpisah kiri.fa kanan.fa

- Dua saluran dan beberapa panjang berbunyi:
beludru Assem 43 -pendek -cepat belum dipetakan.fna -berpasangan panjang -cepat SangerReads.fasta

- Tiga saluran:
beludru Assem 35 -berpasangan pendek -cepat pe_lib1.fasta -shortpaired2 pe_lib2.fasta
-pendek3 se_lib1.fa

Keluaran:
direktori/direktori Roadmaps/Urutan

[Kedua file diambil oleh grafik, jadi tolong tinggalkan di sana]

HAK CIPTA

Hak Cipta 2007, 2008 Daniel Zerbino ([email dilindungi])
Ini adalah perangkat lunak gratis; lihat sumber untuk kondisi penyalinan. TIDAK ADA garansi; bukan
bahkan untuk DAGANG atau KESESUAIAN UNTUK TUJUAN TERTENTU.

Pengaturan kompilasi: CATEGORIES = 2 MAXKMERLENGTH = 31 OPENMP COLOR

Penggunaan: ./velveth direktori hash_length {[-file_format][-read_type][-separate|-interleaved]
filename1 [namafile2 ...]} {...} [opsi]

direktori
: nama direktori untuk file keluaran

panjang_hash
: SALAH SATU bilangan bulat ganjil (jika genap, akan dikurangi) <= 31 (jika di atas, akan menjadi
dikurangi) : ATAU: m,M,s di mana m dan M adalah bilangan bulat ganjil (jika tidak, mereka akan menjadi
dikurangi) dengan m < M <= 31 (jika di atas, akan dikurangi)

dan s adalah langkah (bilangan genap). Velvet kemudian akan melakukan hash dari k=m ke k=M dengan langkah
s

nama file
: jalur ke file urutan atau - untuk input standar

File format pilihan:
-cepat -cepat -mentah -cepat.gz -cepat.gz -mentah.gz -sama -bam -fmtOtomatis

(Catatan: -fmtOtomatis akan mendeteksi fasta atau fastq, dan akan mencoba program berikut untuk
dekompresi: gunzip, pbunzip2, bunzip2

File tata ruang Pilihan untuk dipasangkan membaca (hanya untuk puasa dan cepat format):
-disisipkan
: File berisi bacaan berpasangan yang disisipkan dalam satu file (default)

-terpisah
: Baca 2 file terpisah untuk bacaan berpasangan

Baca mengetik pilihan:
-pendek -berpasangan pendek

-pendek2 -shortpaired2

-panjang -berpasangan panjang

-referensi

Gunakan velveth_de online menggunakan layanan onworks.net