xcrysden - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

xcrysden - visualisator struktur kristal dan molekul

RINGKASAN

xcrysden [pilihan khusus]
xcrysden [pilihan khusus] format-opsi fillet|direktori

DESKRIPSI

XCrySden adalah program visualisasi struktur kristal dan molekul, yang bertujuan untuk:
tampilan isosurfaces dan kontur, yang dapat ditumpangkan pada struktur kristal
dan secara interaktif diputar dan dimanipulasi.

KHUSUS PILIHAN

-h
--membantu
Tampilkan pesan bantuan.

-v
--Versi: kapan
Tampilkan informasi versi program.

-u id
--menggunakan id
Muat XCrySDen yang disematkan ke jendela wadah dengan window-ID=id.

-r redup
--dikurangi redup
Kurangi dimensi periodik file XSF menjadi redup. Harus ditentukan sebelumnya --xsf pilihan,
misalnya, xcrysden -r 2 --xsf fillet.

-c fillet
--kebiasaan fillet
Muat definisi khusus dari file tertentu (sintaksnya adalah dari
~/.xcrysden/definisi khusus).

-a fillet
--atribut fillet
Muat atribut dari file. Format file atribut adalah sebagai berikut:

WARNA ELEMEN
nomor atom1 red1 blue1 green1
nomor atom2 red2 blue2 green2
...
ELEMENTRADIUS
nomor atom1 radius1
nomor atom2 radius2
...

-l fillet
--lampu fillet
Muat parameter lampu dari file berformat lampu XCrySDen.

FORMAT PILIHAN

--xsf fillet
Muat struktur dari file berformat XCrySDen's-Structure-File (XSF).

--animxsf fillet
--axsf fillet
Muat structres dari file berformat Animated-XCrySDen's-Structure-File (AXSF).

--bxsf fillet
Muat band dari file BXSF (Band-XSF) dan visualisasikan Fermi Surface.

--xmol fillet
--xyz fillet
Muat struktur dari file berformat XYZ.

--pdb fillet
Muat struktur dari file berformat PDB.

--gzmat fillet
Memuat struktur dari Gaussian Z-matrix (membutuhkan program Open-Babel).

--gaussian_out fillet
--gxx_out fillet
--g98_keluar fillet
Muat struktur dari file keluaran Gaussian. Hanya perhitungan satu poin dan
menjalankan optimasi didukung sejauh ini. Untuk menjalankan optimasi dimungkinkan untuk
membuat semua struktur yang dihasilkan selama menjalankan.

--kubus fillet
--gXX_kubus fillet
--g98_kubus fillet
Muat struktur dari file kubus Gaussian. File kubus harus diproduksi dengan
Cube=Pilihan kartu. Hanya file kubus skalar yang didukung, yaitu, Kubus=(Kartu,Kepadatan)
atau Kubus=(Kartu,Orbital) atau Kubus=(Kartu,Potensi). Lihat manual GAUSSIAN untuk
arti dari kata kunci ini.

--kristal_inp fillet
Struktur beban dari CRYSTAL (http://httphttp://www.crystal.unito.it/) berkas masukan.

--kristal_f9 fillet
Struktur beban dari CRYSTAL (http://httphttp://www.crystal.unito.it/) unit fortran 9.

--wien_struct kepala file|fillet|direktori
Struktur beban dari WIEN2k (http://www.wien2k.at/) struct-file, di mana:

kepala file = nama file struct tanpa .struktur perpanjangan,
fillet = nama file,
direktori = nama direktori kasus.

--wien_kpath direktori|file-struktur
Baca struktur file dan render zona Brillouin pertama dengan k-point khusus. K-path bisa jadi
dipilih secara interaktif dengan mengklik mouse pada k-point khusus. Pengguna harus menentukan EMIN
dan EMAKS energi dan jumlah total k-points di sepanjang jalan. Nomor ini hanya
perkiraan jumlah total k-point, karena XCrySDen mencoba menjadi sangat seragam
pengambilan sampel titik-k di sepanjang jalur (jangan tentukan jumlah maksimum k- yang diizinkan WIEN2k
poin, karena XCrySDen mungkin menghasilkan beberapa poin lagi).

--wien_renderdensitas direktori
Baca struktur, keluaran, dan rho file dan membuat struktur kristal dan dihitung sebelumnya
kepadatan muatan.

--wien_densitas direktori
Wilayah 2D atau 3D untuk penghitungan kerapatan muatan dipilih secara interaktif oleh
mengklik mouse. XCrySDen menghasilkan in5 file(s), menghitung dan membuat kepadatan muatan
baik sebagai isoline/colorplanes (2D) atau isosurfaces (3D).

--wien_fermisurface direktori
Munculkan jendela tugas untuk pembuatan permukaan Fermi. Setelah beberapa langkah, Fermi
permukaan (semoga) digambar sebagai isosurface 3D.

--fhi_inpini fillet
Struktur beban dari FHI98MD inp.ini file yang diformat.

--fhi_coord fillet
Struktur beban dari FHI98MD koordinat.out file yang diformat.

--pwi
--pw_inp fillet
Muat struktur dari pw.x memasukkan file. pw.x adalah program gelombang bidang pseudopotensial dari
distribusi Quantum-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).

--pwo
--pw_out fillet
Muat struktur dari pw.x keluaran file. pw.x adalah program gelombang bidang pseudopotensial dari
distribusi Quantum-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).

-s naskah
--naskah naskah
Muat skrip dari file yang berisi skrip Tcl.

Gunakan xcrysden online menggunakan layanan onworks.net