Ini adalah perintah xplor2gmx yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
xplor2gmx - Konversi pembatasan jarak XPLOR ke format Gromacs
RINGKASAN
xplor2gmx (residu mengimbangi) masukan.pdb
DESKRIPSI
xplor2gmx membaca file input XPLOR dengan data pembatasan jarak seperti yang terkadang ditemukan di
basis data pdb (http://www.pdb.org). Dari file input ini, batasan dihedral harus
dihilangkan, sehingga hanya batasan jarak yang tersisa. Script dapat menangani ambigu
pembatasan. Ini mengubah batasan jarak ke format GROMACS.
File pembatasan (.dat) harus disediakan di STDIN, dan file output yang sesuai (.itp) adalah
dikirim ke STDOUT.
CONTOH
xplor2gmx.pl 33 conf.pdb < restraints.dat > disre.itp
PILIHAN
xplor2gmx membutuhkan dua opsi baris perintah: pertama, offset residu (bilangan bulat); kedua,
nama file .pdb. File pdb harus memiliki nomor atom yang benar.
Gunakan xplor2gmx online menggunakan layanan onworks.net
