Ini adalah aplikasi Linux bernama codonPhyML yang rilis terbarunya dapat diunduh sebagai codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip. Ini dapat dijalankan secara online di penyedia hosting gratis OnWorks untuk workstation.
Unduh dan jalankan online aplikasi ini bernama codonPhyML dengan OnWorks secara gratis.
Ikuti petunjuk ini untuk menjalankan aplikasi ini:
- 1. Download aplikasi ini di PC Anda.
- 2. Masuk ke file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan username yang anda inginkan.
- 3. Upload aplikasi ini di filemanager tersebut.
- 4. Jalankan emulator online OnWorks Linux atau Windows online atau emulator online MACOS dari situs web ini.
- 5. Dari OS Linux OnWorks yang baru saja Anda mulai, buka file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang Anda inginkan.
- 6. Download aplikasinya, install dan jalankan.
Tangkapan layar
Ad
kodonPhyML
DESKRIPSI
codonPhyML menggunakan model evolusi kodon Markovian dalam rekonstruksi filogeni. Mengingat satu set spesies yang dicirikan oleh urutan DNA mereka sebagai input, codonPhyML akan mengembalikan pohon filogenetik yang paling menggambarkan hubungan evolusioner mereka. Makalah kami yang menjelaskan codonPhyML telah diterbitkan dalam jurnal "Molecular Biology and Evolution" (MBE). Untuk lebih jelasnya, ikuti tautan: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML ada di sampul MBE! Lihat ini (Agustus 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.Untuk CodonPhyML versi multimodel, gunakan tarbal 'codonphyml_multi.tgz'.
Fitur
- Model evolusi kodon Markovian: Goldman & Yang 1994, Muse & Gaut 1994, Kosiol dkk 2007, Schneider dkk 2005, Yap dkk 2010
- Heuristik pencarian topologi pohon NNI dan SPR
- parameter tingkat substitusi diperkirakan dengan kemungkinan maksimum
- dukungan multicore melalui OpenMP
- kemungkinan sebanding di seluruh model yang berbeda (yaitu AA, NT dan CODON)
Para penonton
Sains/Penelitian, Pendidikan
User interface
Konsol/Terminal, Baris Perintah
Bahasa Pemrograman
C
Ini adalah aplikasi yang juga dapat diambil dari https://sourceforge.net/projects/codonphyml/. Ini telah di-host di OnWorks untuk dijalankan secara online dengan cara termudah dari salah satu Sistem Operasi gratis kami.
