Ini adalah aplikasi Linux bernama gsasnp2 untuk dijalankan di Linux online yang rilis terbarunya dapat diunduh sebagai gsasnp2-linux-cmd-ubuntu.zip. Ini dapat dijalankan secara online di penyedia hosting gratis OnWorks untuk workstation.
Unduh dan jalankan secara online aplikasi bernama gsasnp2 ini untuk dijalankan di Linux online dengan OnWorks secara gratis.
Ikuti petunjuk ini untuk menjalankan aplikasi ini:
- 1. Download aplikasi ini di PC Anda.
- 2. Masuk ke file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan username yang anda inginkan.
- 3. Upload aplikasi ini di filemanager tersebut.
- 4. Jalankan emulator online OnWorks Linux atau Windows online atau emulator online MACOS dari situs web ini.
- 5. Dari OS Linux OnWorks yang baru saja Anda mulai, buka file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang Anda inginkan.
- 6. Download aplikasinya, install dan jalankan.
Tangkapan layar
Ad
gsasnp2 untuk dijalankan di Linux online
DESKRIPSI
* GSA-SNP2 adalah penerus GSA-SNP (Nam et al. 2010, masalah server web NAR). GSA-SNP2 menerima data ringkasan GWAS manusia (angka rs, nilai-p) atau nilai-p bijaksana-gen dan mengeluarkan gen-gen jalur yang 'diperkaya' dengan gen-gen yang terkait dengan fenotipe yang diberikan. Ini juga menyediakan jaringan interaksi protein lokal dan global di jalur terkait.* Artikel: SYoon, HCTNguyen, YJYoo, JKim, BBaik, SKim, JKim, SKim, DNam, "Pengayaan jalur yang efisien dan analisis jaringan data ringkasan GWAS menggunakan GSA-SNP2", Penelitian Asam Nukleat, Vol. 46(10), e60(2018).
* ID PubMed: 29562348
*DOI: 10.1093/nar/gky175
-> HARAP PINDAHKAN ATAU BUAT SALINAN FOLDER 'DATA' KE FOLDER UJI INTENSIF ANDA (FOLDER TERTENTU LINUX, MAC, ATAU WINDOWS) UNTUK MENGIZINKAN PROGRAM MENEMUKAN DATA YANG TELAH DIRANCANG.
* PERBARUI CATATAN:
-> 7 Agustus-2019: tambahkan pembaruan untuk Ubuntu-19.04. Anda perlu menginstal Boost library (Sudo apt-get install libboost-all-dev)
-> Mar-7-2018: merevisi istilah header di file output
Fitur
- 1/ 'KONTROL KESALAHAN TYPE I YANG LAYAK' dicapai dengan dua proses berikut: A) Skor gen 'disesuaikan' dengan jumlah SNP yang ditetapkan untuk setiap gen menggunakan kurva tren spline kubik monoton. B) Gen yang berdekatan dengan korelasi antar-gen yang tinggi dalam setiap jalur telah dihapus
- 2/ 'DAYA TINGGI DAN PERHITUNGAN CEPAT' berdasarkan model set acak
- 3/ 'TIDAK ADA PARAMETER GRATIS KRITIS'
- 4/ 'JARINGAN INTERAKSI PROTEIN' di antara gen anggota divisualisasikan untuk jalur yang signifikan. Fungsi ini memungkinkan pengguna untuk memprioritaskan sub-jaringan inti di dalam dan di seluruh jalur yang signifikan. Jaringan STRING dan HIPPIE saat ini tersedia
- 5/ 'MUDAH DIGUNAKAN': Ini hanya membutuhkan data ringkasan GWAS (atau nilai p gen) dan hanya membutuhkan satu atau dua menit untuk mendapatkan hasil. Alat jalur mandiri yang kuat lainnya memerlukan input korelasi SNP juga dan membutuhkan waktu yang lebih lama. Pengguna juga dapat mengunggah rangkaian gen jalur dan jaringan interaksi protein mereka sendiri.
User interface
Win32 (MS Windows), Baris perintah
Bahasa Pemrograman
C++, PHP, JavaScript
Ini adalah aplikasi yang juga dapat diambil dari https://sourceforge.net/projects/gsasnp2/. Ini telah di-host di OnWorks untuk dijalankan secara online dengan cara termudah dari salah satu Sistem Operasi gratis kami.