Ini adalah aplikasi Linux bernama iCAS - Sistem Perakitan Klon Illumina untuk dijalankan di Linux online yang rilis terbarunya dapat diunduh sebagai icas_v062.tar.bz2. Ini dapat dijalankan secara online di penyedia hosting gratis OnWorks untuk workstation.
Unduh dan jalankan aplikasi ini secara online bernama iCAS - Sistem Perakitan Klon Illumina untuk dijalankan di Linux online dengan OnWorks secara gratis.
Ikuti petunjuk ini untuk menjalankan aplikasi ini:
- 1. Download aplikasi ini di PC Anda.
- 2. Masuk ke file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan username yang anda inginkan.
- 3. Upload aplikasi ini di filemanager tersebut.
- 4. Jalankan emulator online OnWorks Linux atau Windows online atau emulator online MACOS dari situs web ini.
- 5. Dari OS Linux OnWorks yang baru saja Anda mulai, buka file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang Anda inginkan.
- 6. Download aplikasinya, install dan jalankan.
iCAS - Sistem Perakitan Klon Illumina untuk dijalankan di Linux online
Ad
DESKRIPSI
Pengurutan klon demi klon, sebagai sarana untuk mencapai rakitan berkualitas tinggi untuk genom besar dan kompleks, terus menjadi relevansi besar di era pengurutan throughput tinggi. Namun, rakitan yang diperoleh menggunakan perakit seluruh genom saat ini sering terfragmentasi dan terkadang memiliki masalah kelengkapan genom karena karakteristik data yang berbeda yang diperkenalkan oleh pengurutan multipleks.Dengan iCAS, proses penyaringan data didasarkan pada algoritme frekuensi kmer baru, yang menghasilkan pembacaan pra-perakitan yang hampir sempurna. Contigs dihasilkan menggunakan algoritme perakitan yang berbeda dan kemudian digabungkan bersama untuk mencapai kontinuitas yang lebih lama. Menyelaraskan kembali semua pembacaan kembali ke contigs draft dan mengkalibrasi ulang setiap basis urutan mencapai konsensus akhir. Menggunakan klon jadi untuk QC, pipa dapat memperoleh rakitan dengan cakupan klon 99.7% dan kualitas dasar konsensus Q39.
Dikembangkan di Wellcome Trust Sanger Institute.
Para penonton
Sains/Penelitian
Bahasa Pemrograman
Perl, C
Ini adalah aplikasi yang juga dapat diambil dari https://sourceforge.net/projects/icas/. Ini telah di-host di OnWorks untuk dijalankan secara online dengan cara termudah dari salah satu Sistem Operasi gratis kami.
