Ini adalah aplikasi Linux bernama ISVASE yang rilis terbarunya dapat diunduh sebagai ISVASE1.1.tar.gz. Ini dapat dijalankan secara online di penyedia hosting gratis OnWorks untuk workstation.
Unduh dan jalankan secara online aplikasi bernama ISVASE dengan OnWorks ini secara gratis.
Ikuti petunjuk ini untuk menjalankan aplikasi ini:
- 1. Download aplikasi ini di PC Anda.
- 2. Masuk ke file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan username yang anda inginkan.
- 3. Upload aplikasi ini di filemanager tersebut.
- 4. Jalankan emulator online OnWorks Linux atau Windows online atau emulator online MACOS dari situs web ini.
- 5. Dari OS Linux OnWorks yang baru saja Anda mulai, buka file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang Anda inginkan.
- 6. Download aplikasinya, install dan jalankan.
Tangkapan layar
Ad
ISVASE
DESKRIPSI
Untuk menghasilkan mRNA matang yang benar, ekson harus diidentifikasi dan digabungkan bersama secara tepat dan efisien dengan mekanisme penyambungan RNA. Perlu dicatat bahwa sekitar sepertiga atau setengah dari semua mutasi penyebab penyakit mempengaruhi penyambungan RNA. Namun, ada sedikit alat bioinformatika untuk secara langsung mengidentifikasi varian urutan yang terkait dengan peristiwa penyambungan (SVASE) berdasarkan data RNA-seq. Kami mengembangkan ISVASE, alat sederhana dan nyaman untuk mengidentifikasi SVASE secara langsung menggunakan data RNA-seq. Dibandingkan dengan perangkat lunak PVAAS yang ada, metode kami memiliki beberapa keunggulan seperti filter yang bergantung pada aturan yang ketat dan filter statistik di setiap langkah, varian urutan deteksi untuk peristiwa penyambungan yang diketahui, varian urutan identifikasi dalam dua bagian penyambungan (persimpangan) secara terpisah, deteksi pergeseran persimpangan peristiwa jika memberikan anotasi penyambungan yang diketahui, mengevaluasi sinyal penyambungan, membandingkan dengan mutasi DNA yang diketahui dan/atau data pengeditan RNA, dan waktu berjalan yang singkat.
Fitur
- Ini adalah alat pertama untuk mengidentifikasi varian urutan yang terkait dengan peristiwa penyambungan untuk varian penyambungan baru dan varian penyambungan yang diketahui.
- ISVASE mengidentifikasi varian urutan untuk setiap varian splicing terlebih dahulu, kemudian mengidentifikasi varian urutan untuk semua varian splicing terkait (awal atau akhir persimpangan yang sama) untuk analisis perbandingan dan uji statistik.
- ISVASE mengidentifikasi dan menilai varian urutan untuk kedua bagian persimpangan secara terpisah, yang selanjutnya dapat membedakan efek varian urutan untuk bagian persimpangan yang berbeda.
- ISVASE menerapkan beberapa filter ketat yang bergantung pada aturan dan filter statistik dalam langkah yang berbeda.
- ISVASE mempertimbangkan peristiwa pergeseran persimpangan dan sinyal persimpangan (5' ss dan 3' ss) untuk menghilangkan varian penyambungan palsu.
- ISVASE dapat menggunakan data mutasi DNA dan pengeditan RNA yang disediakan pengguna untuk menentukan jenis sumber varian urutan.
- ISVASE memperoleh urutan mengapit varian urutan untuk pencarian motif penambah splicing eksonik.
- ISVASE dapat mengonversi file varian urutan default menjadi file format input ANNOVAR untuk anotasi varian.
- ISVASE menggunakan 8 angka untuk menunjukkan karakteristik varian urutan yang terkait dengan peristiwa splicing.
Para penonton
Sains/Penelitian
Bahasa Pemrograman
Perl
Kategori
Ini adalah aplikasi yang juga dapat diambil dari https://sourceforge.net/projects/isvase/. Ini telah di-host di OnWorks untuk dijalankan secara online dengan cara termudah dari salah satu Sistem Operasi gratis kami.
