Ini adalah aplikasi Linux bernama KMC-KaiC yang rilis terbarunya dapat diunduh sebagai KMC_KaiC_Original.zip. Ini dapat dijalankan secara online di penyedia hosting gratis OnWorks untuk workstation.
Unduh dan jalankan aplikasi ini secara online bernama KMC-KaiC dengan OnWorks secara gratis.
Ikuti petunjuk ini untuk menjalankan aplikasi ini:
- 1. Download aplikasi ini di PC Anda.
- 2. Masuk ke file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan username yang anda inginkan.
- 3. Upload aplikasi ini di filemanager tersebut.
- 4. Jalankan emulator online OnWorks Linux atau Windows online atau emulator online MACOS dari situs web ini.
- 5. Dari OS Linux OnWorks yang baru saja Anda mulai, buka file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang Anda inginkan.
- 6. Download aplikasinya, install dan jalankan.
Tangkapan layar
Ad
KMC-KaiC
DESKRIPSI
Kode ini adalah algoritma Kinetic Monte Carlo (KMC) khusus yang mensimulasikan model jam sirkadian Kai pasca-translasi.
Kode ini memungkinkan Anda untuk mensimulasikan sistem Kai pada tingkat heksamer dan monomer KaiC individu dan secara eksplisit melacak pergantian setiap nukleotida ATP. Terlepas dari hidrolisis ATP, semua reaksi mematuhi keseimbangan rinci.
Penerapan kode dijelaskan dalam artikel kami yang berjudul "Model yang konsisten secara termodinamik dari jam sirkadian Kai pasca-translasi", yang tersedia secara bebas di jurnal akses terbuka PLOS Computational Biology:
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005415
*UPDATE* Kami membuat versi model kami yang sepenuhnya dapat dibalik, termasuk reaksi terbalik untuk hidrolisis ATP. Hal ini memungkinkan untuk menjalankan model pada kesetimbangan termodinamika. Versi model ini dapat diunduh di bawah KMC_KaiC_Rev.zip.
Jika Anda ingin menggunakan model kami untuk penelitian Anda sendiri, silakan kutip makalah Biologi Komputasi PLoS kami.
Para penonton
Sains/Penelitian
User interface
Garis komando
Bahasa Pemrograman
C + +
Kategori
Ini adalah aplikasi yang juga dapat diambil dari https://sourceforge.net/projects/kmc-kaic/. Ini telah di-host di OnWorks untuk dijalankan secara online dengan cara termudah dari salah satu Sistem Operasi gratis kami.
